Ateliers offerts la première journée du Colloque du CEF 2022

À noter que les ateliers auront lieu sur le campus de l'université de Sherbrooke.

Triés par ordre de durée et du nombre minimum de personnes nécessaire pour que l'atelier ait lieu.

Les ateliers se dérouleront dans la langue du titre de l'atelier.

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  • Journée complète (8h)
  • Niveau débutant


  • Vous devez apporter un ordinateur portable pour participer à cet atelier.


  • Min. de participants: 6
  • Max. de participants: 30

Introduction à la cartographie avec QGIS
Apprenez à réaliser une carte avec le très populaire logiciel open source et gratuit QGIS. Nous verrons en quoi consiste l'information géographique, où la trouver, comment résoudre les problèmes de projections et, surtout, comment construire une carte à insérer dans un article ou un rapport.

Learn how to make a map with the popular open source and free QGIS software. We'll see what is geographic information, where to find it, how to solve projection problems and, most importantly, how to build a map to insert into an article or report.

Animé par Pierre Racine  ()
Professionnel de recherche, Centre d'étude de la forêt, Université Laval
Pierre est professionnel de recherche pour le CEF à l'Université Laval depuis 2006. Il est expert de ArcGIS, QGIS et PostGIS et programme dans de nombreux langages depuis plus d'une trentaine d'années.



  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Vous devez apporter un ordinateur portable pour participer à cet atelier.


  • Min. de participants: 8
  • Max. de participants: 20

Apprentissage profond appliqué à l'observation de la Terre
L'avènement des techniques d'apprentissage profond appliquées aux données d'observation de la Terre a permis des avancés majeures dans différents types d' application. L’atelier propose une introduction à l'apprentissage profond appliqué à l'imagerie et comportera un survol des bases théoriques qui permettront aux participants de comprendre les fondements théoriques de ce type de technique. Par la suite, des exercices pratiques dans Google Colab seront proposés visant à appliquer les techniques liées aux réseaux de neurones convolutifs dans des applications concrètes en classification d'images. Les participants pourront se familiariser avec la mise en place de pipeline de traitement de données en apprentissage profond, l'application des librairies principales, les stratégies d’entraînement, le suivi des métriques, etc. Finalement, on terminera par une brève introduction à l'utilisation de R pour ce type d'approche. L’atelier s’adresse principalement aux étudiants (priorité aux cycles supérieurs) et aux professionnels de l’information géospatiale qui ne sont pas encore familiers avec l’apprentissage profond.
Des connaissances en programmation Python (débutant / intermédiaire) sont requises ainsi qu'un laptop récent avec un compte Google actif (Google Drive), un fureteur Chrome ou Firefox à jour et optionnellement un compte gratuit sur le service WandB (https://wandb.ai/signup). Idéalement, familiarisez-vous avec Google Colab au préalable (https://colab.research.google.com/notebooks/intro.ipynb, https://colab.research.google.com/notebooks/basic_features_overview.ipynb).

The advent of Deep Learning techniques applied to Earth observation data has led to major advances in various types of applications. The workshop will provide an introduction to deep learning applied to Earth observation and will include an overview of the theoretical foundations of this type of technique. Then, practical exercises in Google Colab will be proposed to apply the techniques related to Convolutional Neural Networks in practical applications regarding image classification. Participants will learn how to set up a deep learning data processing pipeline, how to apply standard libraries, training strategies, metrics tracking, etc. Finally, we will end with a brief introduction to the use of R for this type of approach. The workshop is primarily intended for students (priority to graduate students) and geospatial information professionals who are not yet familiar with deep learning.
Knowledge of Python programming (beginner/intermediate) is required as well as a recent laptop with an active Google account (Google Drive), an up-to-date Chrome or Firefox browser and optionally a free account on the WandB service (https://wandb.ai/signup). Ideally, familiarize yourself with Google Colab beforehand (https://colab.research.google.com/notebooks/intro.ipynb, https://colab.research.google.com/notebooks/basic_features_overview.ipynb).


Animé par Samuel Foucher  ()
Professeur, Université de Sherbrooke
Samuel Foucher est professeur en science des données géospatiales au département de géomatique appliquée de l'Université de Sherbrooke. Ses expertises principales portent sur les plateformes scientifiques pour l’exploitation des données massives en observation de la Terre ainsi que l’application de l’apprentissage profond aux sciences de l’environnement. Il a plus de 25 ans d’expérience en recherche et développement en milieu industriel dans différents domaines d’application. Parmi ses autres domaines de compétences, on peut citer le traitement d’image et en particulier l’imagerie SAR, l’analyse multi-échelle, la détection d’objets appliquée à l’inventaire faunique, la fusion de données et l’apprentissage automatique appliquée aux graphes.



  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Vous devez apporter un ordinateur portable pour participer à cet atelier.


  • Min. de participants: 8
  • Max. de participants: 20

Visualisation des données / Data visualization
Parce que « Une image vaut mille mots » (Confucius), venez participer à cet atelier pour apprendre des astuces et des outils afin d’améliorer et modifier facilement vos figures et tableaux et mieux présenter vos résultats dans des posters, des présentations et des articles. Nous allons utiliser différents programmes tels que R, Illustrator et Inkscape. Nos résultats doivent être présentés de manière à refléter le mieux possible ces merveilleux processus naturels que nous avons analysé pendant plusieurs années ! Vous pouvez apporter vos propres données!
Atelier bilingue.

Because “A picture is worth a thousand words” (Confucius), come to learn in this workshop tips and tools to improve and easily modify your figures and tables and to better present your results for posters, presentations and articles. We will use different programs, such as R Illustrator and Inkscape. Our results should be presented to reflect as better as possible those wonderful patterns in nature we study for years! You can bring your own data!
Bilingual workshop.


Animé par Juanita Carolina Rodríguez Rodríguez  ()
Auxiliaire de recherche et d’enseignement, spécialisation en traitement des données biologiques, CEF
Juanita est auxiliaire de recherche et d’enseignement, spécialisation en traitement des données biologiques pour le CEF pôle UQAT. Biologiste de formation en Colombie, elle a fait une maîtrise en biotechnologie en France et en Allemagne et est actuellement finissante du Doctorat en Sciences de l’Environnement à l’UQAT à Rouyn-Noranda. Elle travaille sur l’écologie de forêts en incluant les interactions plant-microorganismes.

Juanita is a research and teaching assistant, specializing in biological data processing for the CEF pole UQAT. She studied Biology in Colombia, she has a master's degree in biotechnology developed in France and Germany and is currently finishing her PhD in Environmental Sciences at UQAT in Rouyn-Noranda. She works on forest ecology including plant-microorganism interactions.



  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Cet atelier aura lieu dans un laboratoire informatique. Vous n'avez pas à apporter votre ordinateur portable.


  • Min. de participants: 8
  • Max. de participants: 25

Introduction à l’utilisation des drones en milieu forestier
Cet atelier vise à introduire les concepts et les étapes reliés à l'utilisation de drones pour réaliser des projets de télédétection en milieu forestier. Il abordera notamment : les principes fondamentaux de télédétection par drone, la planification d’une mission d’acquisition d’imagerie par drone ainsi que le prétraitement et traitement d’imagerie visible-infrarouge acquise en milieu forestier. L’atelier aura lieu dans un laboratoire informatique et inclut des présentations magistrales ainsi que le traitement d’un jeu de données sur Pix4D. Une connaissance de base en SIG est souhaitable.

Animé par:
Jerome Theau  ()
Professeur, Université de Sherbrooke
Jérôme Théau est professeur au Département de géomatique de l'Université de Sherbrooke. Il est également chercheur au Centre d'applications et de recherches en télédétection (CARTEL) ainsi qu'au Centre de la science et de la biodiversité du Québec (CSBQ). Pionnier dans le domaine au Québec, il cumule près de 15 ans d’expérience dans l’utilisation des drones appliquée à l’environnement. Ses recherches portent notamment sur l’agriculture de précision ainsi que la conservation et l’inventaire faunique.

Anne-Marie Dubois  ()
Professionnelle de recherche, Cerfo
Anne-Marie Dubois est professionnelle de recherche au laboratoire de télédétection forestière du CERFO. Elle enseigne également à temps partiel dans le programme de technologie de la géomatique au Cégep de Limoilou. Compétente dans l’utilisation de plusieurs logiciels SIG et de photogrammétrie, elle a aussi travaillé sur plusieurs projets d’extraction de modèles numériques de surface, de préparation et d’analyse de données lidar, de modélisation hydrographique et de classification d’images semi-dirigée.



  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Vous devez apporter un ordinateur portable pour participer à cet atelier.


  • Min. de participants: 8
  • Max. de participants: 60

NASA Earth Science for Forestry, Fire, and Climate Research and Applications in Northern Ecosystems
The first part of this workshop will include a description of upcoming NASA missions and trainings that are of interest to the broader forestry, natural resources, and wildland fire communities of northern, Boreal, and Arctic regions. The second part will include hands-on training on how to access and process featured NASA Earth Science data. This workshop will also include a town hall-style session in the third part, in which we propose to discuss the data and knowledge intersection needs of forestry, fire ecology, and remote sensing/geospatial science to better understand boreal and Arctic fires and fire regimes. Canada’s WildFireSat will be invited to participate in this third part as either in-person and/or virtually.

La première partie de cet atelier présentera les prochaines missions et formations de la NASA d'intérêt pour les communautés plus larges de la foresterie, des ressources naturelles et des feux de forêt des régions du Nord, de la région boréale et de l'Arctique. La deuxième partie sera consacrée à une formation pratique sur la façon d'accéder et de traiter les données vedettes des sciences de la Terre de la NASA. La troisième heure sera consacrée à une discussion sur les besoins d'intersecter les données et les connaissances sur la foresterie, l'écologie des feux de forêt et la télédétection et les science géospatiale pour mieux comprendre les incendies et les régimes des incendies boréaux et arctiques. Une membre de la mission GardeFeu de Ressources naturelles Canada sera invité à participer à cette troisième partie en personne et/ou virtuellement.

Animé par:
Jessica McCarty  ()
Associate Professor & Graduate Program Adviser, NASA FireSense and Miami University
Dr. Jessica McCarty has more than 15 years’ experience in applications of remote sensing and geospatial science to quantify wildland and human-caused fires, fire emissions, forestry and natural resources, agriculture and food security, and land-cover/land-use change. She is a NASA-funded PI and author or co-author of more than 30 peer-reviewed journal articles, four data citations, and one NASA Technology Transfer. In summer 2022, she was appointed an Associate Program Manager for NASA's Earth Science Applied Sciences Wildfires program.

Joanne Hall  ()
Assistant Research Professor, NASA FireSense and University of Maryland, College Park
Dr. Joanne Hall has over 10 years of graduate and post-graduate research and teaching experience. Her current research interests lie in the broad areas of satellite mapping of land-cover and land-use change, with a particular emphasis on active fire and burned area mapping. She received her Ph.D. in Geographical Sciences with an emphasis on Remote Sensing and Geographical Information Sciences from the University of Maryland. She also has two MSc. Degrees, one in Atmospheric and Oceanic Science from the University of Maryland, and the other in Environmental Geoscience from the University of Bristol, U.K.


Morgan Crowley  ()
Forest Fire Research Scientist, Canada’s WildFireSat, Great Lakes Forestry Centre, Canada Forest Service
My research focuses on mapping and analyzing wildfire progressions in Canada. I am broadly interested in satellite remote sensing, wildland fires, geospatial ecology, and Google Earth Engine. I am also engaged in multiple external collaborations examining social-ecological systems. In addition to my research, I serve as an organizer of the Ladies of Landsat organization and dedicate my time to increasing diversity, equity, inclusivity, and justice in the field of remote sensing.


  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Vous devez apporter un ordinateur portable pour participer à cet atelier.


  • Min. de participants: 4
  • Max. de participants: 15

Introduction aux bases de données avec les placettes-échantillons-permanentes du MFFP
Dans cet atelier, nous verrons comment récupérer les données des PEP du MFFP et comment faire l'extraction à l'aide de requêtes SQL.

Cette formation se veut une introduction aux bases de données relationnelles. Aucun pré-requis n'est nécessaire, seulement la curiosité et le désir d'acquérir de nouvelles compétences.

Vous devrez préalablement avoir installé le logiciel Microsoft Access sur votre portable pour participer à cet atelier.

Animé par Daniel Lesieur  ()
Professionel de recherche, Centre d'étude de la forêt, UQAM
Daniel est professionel de recherche au CEF depuis ses débuts. Il est spécialisé dans la gestion des bases de données.



  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Il s'agit d'un atelier de type magistral. Il n'est donc pas nécessaire d'apporter un ordinateur portable.


  • Min. de participants: 2
  • Max. de participants: 40

Comment faire avancer la science de concert avec les citoyens : un échange interdisciplinaire
Plusieurs groupes de recherche, dont certains oeuvrant au CEF, étudient les effets des changements globaux ainsi que les façons d’aider les écosytèmes forestiers à y faire face. Or, la récolte de données par des scientifiques selon des protocoles normalisés est très coûteuse et il est souvent impossible d'appliquer ces protocoles à de grandes échelles spatiales et sur de longues périodes. Dans ce contexte, la mobilisation de citoyens bénévoles est une avenue prometteuse et efficace pour la collecte de données scientifiques en grande quantité sur de vastes territoires. Cette approche, qualifiée de science participative, est déjà mise à profit pour des études de biodiversité.

Nous proposons un atelier ouvert à tous, organisé par le groupe de chercheurs ayant reçu un financement «Nouvelle initiative de recherche au CEF» au début de 2022 (Alison Munson, Louis Bernier et collègues). Nous voulons échanger avec tous les membres et les étudiants membres qui sont intéressés par le sujet. Pour l’atelier, nous avons invité des chercheurs qui ont déjà une expérience dans le domaine pour parler des meilleurs pratiques et de questions plus spécifiques sur la qualité des données. Après ces échanges, nous diviserons le groupe en 2 ou 3 sous-groupes pour discuter de projets potentiels (projet urbain, projet sud du Québec forêt privée, autre).

Many research groups, including some at CEF, are studying the effects of global change and ways to help forest ecosystems cope with it. However, data collection by scientists using standardized protocols is very costly and it is often impossible to apply these protocols at large spatial scales and over long periods of time. In this context, the mobilization of citizen volunteers is a promising and efficient way to collect scientific data in large quantities over large areas. This approach, called participatory science, is already used for biodiversity studies at different scales.

We propose a workshop open to all, organized by the group of researchers who received "New Research Initiative at CEF" funding in early 2022 (Alison Munson, Louis Bernier and colleagues). We want to share with all members and student members who are interested in the topic. For the workshop, we have invited researchers who already have experience in the field to talk about best practices and more specific questions about data quality. After these exchanges, we will divide the group into 2 or 3 sub-groups to discuss potential projects (urban project, southern Quebec private forest project, other).


Animé par:
Alison Munson  ()
Professeure, Centre d'étude de la forêt, Université Laval
Professeure chercheure en relations sol-plante et écologie fonctionnelle et co-titulaire de la Chaire sur l'arbre urbain et son milieu à l'Université Laval

Louis Bernier  ()
Professeur, Centre d'étude de la forêt, Université Laval
Professeure en pathologie forestière et génomique des pathogènes à l'Université Laval


Janani Sivarajah  ()
Professeure, Dép Sciences du bois et de la forêt, Université Laval
Professeure et co-titulaire de la Chaire sur l'arbre urbain et son milieu à l'Université Laval


  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Vous devez apporter un ordinateur portable pour participer à cet atelier.


  • Min. de participants: 2
  • Max. de participants: 60

Utilisation des produits dérivés du LiDAR (MNT, MHC, hydrographie)
La formation vise à favoriser l’utilisation de produits dérivés du LiDAR (modèle numérique de terrain, modèle de hauteur de canopée, hydrographie). Au-delà du simple affichage, l’interrogation et la manipulation de couches vectorielles et matricielles seront abordés. La formation se voulant interactive, les participants seront appelés à suggérer des secteurs qui leur sont d'intérêt pour l'exploration des différents produits. Les participants sont libres d’apporter leur ordinateur portable pour effectuer eux-mêmes les manipulations en parallèle. Notez que les exemples seront présentés à partir du système d’information géographique libre QGIS.

Animé par Jean-François Bourdon  ()
Analyste en télédétection, Direction des inventaires forestiers - Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs
Cueilleur de morilles depuis 2011, ingénieur forestier depuis 2013, analyste en télédétection depuis 2017 et évangéliste QGIS depuis 2020. Jean-François travaille à la Direction des inventaires forestiers du MFFP où il participe au développement de nouveaux produits dérivés du LiDAR en collaboration avec des équipes de recherche externes. Une part importante de ses tâches vise donc à appliquer des résultats de recherche à l'échelle du Québec.



  • Demi-journée (4h)
  • Niveau débutant


  • Il s'agit d'un atelier de type magistral. Il n'est donc pas nécessaire d'apporter un ordinateur portable.


  • Min. de participants: 15
  • Max. de participants: 60

Atelier de discussion sur les principes d'équité, diversité, l'inclusion et l'accessibilité dans la recherche
Cet atelier propose d'explorer les enjeux et les défis d'équité, diversité, d'inclusion et d'accessibilité dans la recherche sous la forme d'une série de deux tables de discussion. Nous invitons les membres du CEF de tous les niveaux à participer à une réflexion menant à identifier les actions individuelles et collectives que nous pouvons prendre pour reconnaître, réduire et contrer les effets négatifs des biais conscients et inconscients qui existent dans le monde de la recherche. Dans une atmosphère bienveillante et respectueuse, les personnes participantes pourront tester leurs connaissances sur le sujet tout en contribuant à l'ouverture d'esprit de notre centre de recherche. Nous proposons d'écrire et partager un texte court sur les grandes conclusions atteintes à la lumière de cette rencontre.

This workshop proposes to explore the issues and challenges of equity, diversity, inclusion and accessibility in research through a series of two table discussions. We invite EFC members at all levels to participate in a reflection leading to the identification of individual and collective actions we can take to recognize, reduce and counter the negative effects of conscious and unconscious biases that exist in the research world. In a caring and respectful atmosphere, participants will be able to test their knowledge on the subject while contributing to the open-mindedness of our research center. We propose to write and share a short text on the major conclusions reached in light of this meeting.

Animé par Isabelle Laforest-Lapointe  ()
Professeur adjointe, Université de Sherbrooke
Isabelle est professeure adjointe à l'Université de Sherbrooke depuis 2020 et titulaire de la Chaire de Recherche du Canada T2 en écologie microbienne appliquée. Elle a complété son doctorat à l'Université du Québec à Montréal (avec les Prs. Steven Kembel et Christian Messier, 2012-2017) ainsi que deux ans comme chercheure postdoctorale à l'University de Calgary (avec la Pre. Marie-Claire Arrieta, 2017-2019). Elle a également complété une MSc en écologie terrestre et gestion de la biodiversité à l'Universitat Autonoma de Barcelona (2010-2011) ainsi que les cours d'une MSc en statistiques à l'Universitat Politecnica de Catalunya (2011-2012). Son équipe de recherche utilise la génomique, la microbiologie, l'écologie, la bioinformatique et les statistiques pour étudier les interactions hôte-microbes chez les plantes et les humains.

La recherche, l'enseignement, la vulgarisation et coder sont ses grandes passions.



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