KhasaNewtonRahmanEtAl2000

Référence

Khasa, D.P., Newton, C.H., Rahman, M.H., Jaquish, B., Dancik, B.P. (2000) Isolation, characterization and inheritance of microsatellite loci in alpine larch and western larch. Genome, 43(3):439-448.

Résumé

Microsatellite loci or simple sequence repeat loci (SSRs) were isolated in alpine larch (Larix lyallii Parl.) and western larch (Larix occidentalis Nutt.). In total, 14 SSR loci were characterized; two [(TCT)4, A7] came from published Larix DNA sequence data, one (CA)17 was obtained from a partial non-enriched alpine larch total genomic DNA library, and the remaining 11 loci were obtained from larch genomic DNAs enriched for (CA)n repeats. The SSR regions in these clones could be divided into three categories: perfect repeat sequences without interruption, imperfect repeat sequences with interruption(s), and compound repeat sequences with adjacent tandem simple dinucleotides. Eight of the 14 loci analyzed were found to be polymorphic and useful markers after silver-staining polyacrylamide gel electrophoresis. In addition, several SSR primers developed for alpine larch were able to successfully amplify polymorphic loci in its related species, western larch, and among other closely related taxa within the Larix genus. The inheritance of microsatellite loci was verified by analysis of haploid megagametophyte and diploid embryo tissues of progeny obtained from controlled crosses between western larch and alpine larch. All microsatellite loci analyzed had alleles that segregated according to expected Mendelian frequencies. Two species-specific markers (UAKLly10a and UAKLla1) allow easy and rapid identification of specific genetic entry of alpine larch and western larch at any stage in the sporophyte phase of the life cycle. Therefore, these markers are efficient in identifying the parental species and to validate controlled crosses between these two closely related species. These results are important in tree improvement programs of alpine larch and western larch aimed at producing genetically improved hybrid stock for reforestation in Western Canada and U.S.A. Des locus microsatellites aussi appelés des répétitions de séquences simples (SSRs) ont été isolés chez le mélèze subalpin (Larix lyallii Parl.) et le mélèze de l’Ouest (Larix occidentalis Nutt.). Au total, 14 locus SSR ont été caractérisés: deux locus ont été obtenus des séquences d’ADN publiées du mélèze, un locus (CA)17, a été obtenu à partir d’une banque génomique partielle d’ADN total du mélèze subalpin et les 11 autres locus à partir d’une banque génomique d’ADN du mélèze subalapin, enrichie avec des répétitions de séquences simples (CA)n. Les régions SSR de ces clones ont été divisées en trois catégories: les séquences répétées parfaites sans interruption, les séquences répétées imparfaites avec interruption(s), et les séquences composées avec des dinucléotides simples adjacents en tandem. Parmi les 14 locus analysés en utilisant le gel de polyacrylamide coloré à l’argent, huit se sont avérés polymorphes et utiles comme marqueurs génétiques. Par surcroît, plusieurs paires d’amorces synthétisées en vue de l’amplification de microsatellites chez le mélèze subalpin, étaient capables d’amplifier avec succès des locus polymorphes chez son espèce voisine, le mélèze de l’Ouest, et chez plusieurs autres espèces voisines du genre Larix. L’hérédité de ces locus microsatellites a été vérifiée par l’analyse des tissus des mégagamétophytes haploïdes et des embryons diploúdes de la progéniture obtenue à partir de croisements contrôlés entre le mélèze subalpin et le mélèze de l’Ouest. Tous les locus microsatellites analysés avaient des allèles ségrégeant selon les fréquences Mendéliennes espérées. Deux marqueurs spécifiques (UAKLly10a et UAKLla1) de chacune de deux espèces, permettent une identification facile et rapide du matériel génétique du mélèze subalpin et du mélèze de l’Ouest quelque soit le stade de développement de ces deux espèces de mélèze. Donc, ces marqueurs sont aussi efficaces pour identifier les espèces parentales et valider les croisements contrôlés entre ces deux espèces voisines. Ces résultats sont importants dans des programmes d’amélioration génétique du mélèze subalpin et du mélèze de l’Ouest visant la production de matériel hybride

Format EndNote

Vous pouvez importer cette référence dans EndNote.

Format BibTeX-CSV

Vous pouvez importer cette référence en format BibTeX-CSV.

Format BibTeX

Vous pouvez copier l'entrée BibTeX de cette référence ci-bas, ou l'importer directement dans un logiciel tel que JabRef .

@ARTICLE { KhasaNewtonRahmanEtAl2000,
    AUTHOR = { Khasa, D.P. and Newton, C.H. and Rahman, M.H. and Jaquish, B. and Dancik, B.P. },
    TITLE = { Isolation, characterization and inheritance of microsatellite loci in alpine larch and western larch },
    JOURNAL = { Genome },
    YEAR = { 2000 },
    VOLUME = { 43 },
    PAGES = { 439-448 },
    NUMBER = { 3 },
    ABSTRACT = { Microsatellite loci or simple sequence repeat loci (SSRs) were isolated in alpine larch (Larix lyallii Parl.) and western larch (Larix occidentalis Nutt.). In total, 14 SSR loci were characterized; two [(TCT)4, A7] came from published Larix DNA sequence data, one (CA)17 was obtained from a partial non-enriched alpine larch total genomic DNA library, and the remaining 11 loci were obtained from larch genomic DNAs enriched for (CA)n repeats. The SSR regions in these clones could be divided into three categories: perfect repeat sequences without interruption, imperfect repeat sequences with interruption(s), and compound repeat sequences with adjacent tandem simple dinucleotides. Eight of the 14 loci analyzed were found to be polymorphic and useful markers after silver-staining polyacrylamide gel electrophoresis. In addition, several SSR primers developed for alpine larch were able to successfully amplify polymorphic loci in its related species, western larch, and among other closely related taxa within the Larix genus. The inheritance of microsatellite loci was verified by analysis of haploid megagametophyte and diploid embryo tissues of progeny obtained from controlled crosses between western larch and alpine larch. All microsatellite loci analyzed had alleles that segregated according to expected Mendelian frequencies. Two species-specific markers (UAKLly10a and UAKLla1) allow easy and rapid identification of specific genetic entry of alpine larch and western larch at any stage in the sporophyte phase of the life cycle. Therefore, these markers are efficient in identifying the parental species and to validate controlled crosses between these two closely related species. These results are important in tree improvement programs of alpine larch and western larch aimed at producing genetically improved hybrid stock for reforestation in Western Canada and U.S.A. Des locus microsatellites aussi appelés des répétitions de séquences simples (SSRs) ont été isolés chez le mélèze subalpin (Larix lyallii Parl.) et le mélèze de l’Ouest (Larix occidentalis Nutt.). Au total, 14 locus SSR ont été caractérisés: deux locus ont été obtenus des séquences d’ADN publiées du mélèze, un locus (CA)17, a été obtenu à partir d’une banque génomique partielle d’ADN total du mélèze subalpin et les 11 autres locus à partir d’une banque génomique d’ADN du mélèze subalapin, enrichie avec des répétitions de séquences simples (CA)n. Les régions SSR de ces clones ont été divisées en trois catégories: les séquences répétées parfaites sans interruption, les séquences répétées imparfaites avec interruption(s), et les séquences composées avec des dinucléotides simples adjacents en tandem. Parmi les 14 locus analysés en utilisant le gel de polyacrylamide coloré à l’argent, huit se sont avérés polymorphes et utiles comme marqueurs génétiques. Par surcroît, plusieurs paires d’amorces synthétisées en vue de l’amplification de microsatellites chez le mélèze subalpin, étaient capables d’amplifier avec succès des locus polymorphes chez son espèce voisine, le mélèze de l’Ouest, et chez plusieurs autres espèces voisines du genre Larix. L’hérédité de ces locus microsatellites a été vérifiée par l’analyse des tissus des mégagamétophytes haploïdes et des embryons diploúdes de la progéniture obtenue à partir de croisements contrôlés entre le mélèze subalpin et le mélèze de l’Ouest. Tous les locus microsatellites analysés avaient des allèles ségrégeant selon les fréquences Mendéliennes espérées. Deux marqueurs spécifiques (UAKLly10a et UAKLla1) de chacune de deux espèces, permettent une identification facile et rapide du matériel génétique du mélèze subalpin et du mélèze de l’Ouest quelque soit le stade de développement de ces deux espèces de mélèze. Donc, ces marqueurs sont aussi efficaces pour identifier les espèces parentales et valider les croisements contrôlés entre ces deux espèces voisines. Ces résultats sont importants dans des programmes d’amélioration génétique du mélèze subalpin et du mélèze de l’Ouest visant la production de matériel hybride },
    KEYWORDS = { database search, enriched library, inheritance, Larix, microsatellites, simple sequence repeats, PCR },
    OWNER = { brugerolles },
    TIMESTAMP = { 2007.12.05 },
}

********************************************************** ***************** Facebook Twitter *********************** **********************************************************

Abonnez-vous à
l'Infolettre du CEF!

********************************************************** ***************** Pub - Mycorhizes_2019 ****************** **********************************************************

********************************************************** ***************** Pub - Symphonies_Boreales ****************** **********************************************************

********************************************************** ***************** Boîte à trucs *************** **********************************************************

CEF-Référence
La référence vedette !

Jérémie Alluard (2016) Les statistiques au moments de la rédaction 

  • Ce document a pour but de guider les étudiants à intégrer de manière appropriée une analyse statistique dans leur rapport de recherche.

Voir les autres...