Jérôme Chapuis

Doctorant / PhD Student
English Below

Génomique fonctionnelle sur la virulence d' Ophiostoma novo-ulmi, agent responsable de la maladie hollandaise de l'orme

Université Laval
Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique
Département des sciences du bois et de la forêt
Pavillon Charles-Eugène Marchand, local 2263
1030 avenue de la Médecine
Québec (Québec) G1V 0A6
Canada

Directeur: Louis Bernier
Codirecteur: Ilga Porth

ou



Formation Académique

  • Maitrise (M.Sc.): IMVI  (Inféctiologie Microbiologie Virologie et Immunologie) spécialisé en mycologie médicale et environnementale, 2016 Université Paris Diderot (Paris 7) France.
  • Baccalauréat/Licence: Biochimie Biochimie Moléculaire , 2014 Université Paris Diderot (Paris 7) France.
  • Technique/ Brevet de Technicien Supérieur (BTS): Biotechnology , 2013 ENCPB Paris France.


Expériences Professionnelles (Stages en laboratoire)
(Du plus récent au plus ancien)

  • Analyse fonctionnelle d'une région du génome et recherche de variations structurales potentiellement impliquées dans l'adaptation au milieu fromager chez Penicillium roqueforti (Laboratory Ecologie, Systematique et Evolution, Team: Génétique et Ecologie Evolutive)
  • Analyse fonctionnelle d'un gène potentiellement impliqué dans la dégradation de la biomasse végétale (dégradation de lignine) chez Podospora anserina (Laboratoire des énergies de demain, team: Génétique et Epi-génétique des Champignons).
  • Construction d'un nouveau plasmide navette et délétion de gènes pour analyse transcriptomique pour Candida albicans (Institut Pasteur équipe: Biology et Pathologie Fongique).
  • Caractérisation de profil protéique de différentes souches bactérienne d'intérêt industriel (SANOFI-AVENTIS)
  • Surexpression et purification de deux versions mutées de l'intégrase de Vibrio cholerae (Institut Pasteur équipe: Plasticité du génome bactérien)
  • Mutagénèse aléatoire et cycles d'enrichissement de l'intégrase de Vibrio cholerae (Institut Pasteur équipe: Plasticité du génome bactérien)


Projet de doctorat

Contexte

Le premier cas de maladie hollandaise de l'orme a été rapporté à Dans le laboratoire dirigé par le Pr Louis Bernier,


English version

Academic background
French description in links

  • Master of Sciences: IMVI  (Infectious Microbiology, Virology and Immunology) specialized in Environnemental and medical mycology, 2016 University Paris Diderot (Paris 7) France
  • Bachelor: Biochemistry and Molecular Biology , 2014 University Paris Diderot (Paris 7) France
  • Technical degree: Biotechnology , 2013 ENCPB Paris France.


Internships
More recent to oldest:

  • Functional analysis of a genomic region potentially implicated in cheese medium adaptation and recearch of structural variations implicated in cheese medium adaptation in Penicillium roqueforti (Laboratory Ecologie, Systematique et Evolution, Team: Génétique et Ecologie Evolutive)
  • Functional analysis of a gene potentially implicated in vegetal biomasse degradation in Podospora anserina (Laboratoire des énergies de demain, team: Génétique et Epi-génétique des Champignons)
  • Construction of a new shuttle plasmid for Candida albicans and Knock-Out of genes for transcriptional analysis in C. albicans, Pasteur Institut team: Fungal Biology and pathogenicity.
  • Caracterization of proteic profil of bacterial sttrains by SDS-PAGE, SANOFI-AVENTIS
  • Overexpression and purification of two mutants of the Integrase of Vibrio cholerae, Pasteur Institut team: Bacterial Genome Plasticity.
  • random mutagenesis and enrichment cycles of the integrase of Vibrio cholerae, Pasteur Institut team: Bacterial Genome Plasticity.



PhD project

PhD project

In the lab of forest Pathology directed by Louis Bernier, I am comparing the two agents responsible of dutch elm disease. It is estimated this disease killed arround one billion elms in 100 years. The pandemic began in France in 1917 and was cause by the first specie, Ophiostoma ulmi. It scattered in all Europe very rapidly. This fungi arrived in North America in 30s, while in Europ, the severity of this pandemic was decreasing. In 40s, a new specie, more virulent, appaered simultaneously in Europe and North America, Ophiostoma novo-ulmi. The second specie completly replaced the first one certainsly because it is more virulent and maybe more fit.

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Écoles d'été et formations

École d'été : Aménagement des écosystèmes forestiers 
30 juillet au 10 août 2018, FERLD (Abitibi)
École d'été : Modélisation de la biodiversité 
19 au 24 août 2018, Orford

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CEF-Référence
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Jérémie Alluard (2016) Les statistiques au moments de la rédaction 

  • Ce document a pour but de guider les étudiants à intégrer de manière appropriée une analyse statistique dans leur rapport de recherche.

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