From CEF

Membres: JohnMackay

John MacKay

Membre associé
Biologie moléculaire, génétique et génomique

University of Oxford
Department of Plant Sciences
Oxford, United-Kingdom




Site départemental 

Personnel
Professionnels
Isabelle Giguère

Directions d'étudiants


Codirections

Doctorats
Hibat Allah Bouzidi

Ancien personnel
Sébastien Caron (Prof. de rech. 2017)
Genevieve J. Parent (Postdoc 2016)
Julien Prunier (Postdoc 2016)
Pierre Gagné (Prof. de rech. 2016)
Patrick Lenz (Postdoc 2015)
Sophie Laviolette (Prof. de rech. 2015)
Trevor Doerksen (Postdoc 2014)
Gilles Cotteret (Prof. de rech. 2014)
Sylvie Carles (Postdoc 2013)
Dominique Déchène (Tech. 2012)
Brian Boyle (Prof. de rech. 2011)
Brigitte Bigué (Prof. de rech. 2011)
Paul Desaulniers (Tech. 2011)
Fabienne Mathieu (Prof. de rech. 2010)
Pascal Poulin (Prof. de rech. 2010)
Pier-Luc Poulin (Prof. de rech. 2010)
Nathalie Pavy (Postdoc 2008)
Nancy Dallaire (Prof. de rech. 2008)
Nathalie Pavy (Prof. de rech. 2008)
Claude Bomal (Postdoc 2007)
Florian Lafarguette (Postdoc 2007)
Volker Jacobi (Prof. de rech. 2006)
Vicky Roy (Prof. de rech. 2005)

Étudiants diplômés
Dirigés
Solonirina Mahefasoa Elie Raherison (Ph.D. 2015)
Jukka-Pekka Verta (Ph.D. 2014)
Gaby Germanos (M.Sc. 2014)
Guillaume Tessier (M.Sc. 2014)
Patrick Lenz (Ph.D. 2011)
Élise Fortin (M.Sc. 2011)
David Joly (Ph.D. 2010)
Marie-Claude Nicole (Ph.D. 2010)
Frédéric Vigneault (Ph.D. 2009)
Sylvain Legay (Ph.D. 2008)
Frank Bedon (Ph.D. 2007)
Frédéric Pitre (Ph.D. 2007)
Caroline Côté (M.Sc. 2007)
Hugo Bérubé (M.Sc. 2006)
Codirigés
Atef Sahli (Ph.D. 2017)
Juliana Stival Sena (Ph.D. 2017)
Mebarek Lamara (Ph.D. 2017)
Claudia Mendez Espinoza (Ph.D. 2001)
FORMATION
THÈMES DE RECHERCHE

Nos activités portent sur les mécanismes de formation du bois chez les arbres forestiers et les divers aspects de la génétique qui contrôlent les caractéristiques du bois ayant un impact sur le rendement et la performance des produits forestiers. Je vise de plus à développer un champ d’expertise en génomique fonctionnelle appliquée aux arbres forestiers, permettant d’accélérer l’amélioration génétique des arbres et aussi, d’apporter de nouvelles méthodes pour l’analyse de divers phénomènes liés à la croissance, au développement, à la physiologie ainsi qu’à l’adaptation des arbres.

Il est membre de l’Institut de biologie intégrative et des systèmes à l’Université Laval. En plus de ses activités d’enseignement et de recherche, il a été vice-doyen de la Faculté de foresterie, géographie et géomatique de l’Université Laval (2012-2014).

RÉALISATIONS RÉCENTES

Nos travaux s’articulent autour de quatre thèmes reliés à la génétique et à l’amélioration des arbres forestiers :

  1. la génétique et la biologie moléculaire de la synthèse de la lignine et son impact sur la fabrication de la pâte à papier;
  2. l’application de la génomique aux arbres forestiers;
  3. la formation du bois chez les arbres et son contrôle moléculaire;
  4. le contrôle génétique de l’embryogénèse somatique chez le pin.

Nous avons identifié un pin portant une mutation génique au niveau d’une des enzymes normalement requises pour la synthèse de la lignine. Nos études ont démontré l’importante plasticité au niveau de la synthèse de la lignine, une des composantes principales du bois chez les arbres.

Nous avons également démontré que les pins ayant cette mutation génique sont plus faciles à déligner (réduire en pâte à papier) que les pins ‘normaux’ comparables, et que les papiers obtenus des ces arbres sont légèrement plus forts.

Au sein d’un groupe de recherche multi-institutionnel sur la génomique du pin, nous développons des méthodes pour l’analyse simultanée de l’expression de milliers de gènes, par l’emploi de la technique des microarray. Une première série d’expériences réalisées en 2001 à l’aide de microarray de gènes du pin vise à démontrer les applications potentielles de ces méthodes pour l’étude de la formation du bois et de son contrôle génétique. Cette approche prometteuse permet déjà d’analyser les mécanismes par lesquels les arbres s’adaptent aux conditions environnementales en modulant l’expression de divers gènes pendant la saison de croissance ou encore suite à une modification des conditions de culture.

Nos études sur l’embryogénèse somatique du pin ont mis en évidence le contrôle génétique pour l’induction des cultures embryogènes, suivant un mode d’action génétique surtout additif. Cette analyse génétique a aussi établi un lien entre le phénomène naturel de polyembronie chez les semences de pin et la capacité de produire une culture embryogène.

DISTINCTIONS RÉCENTES
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PUBLICATIONS
Profil Google Scholar 
Livres



Chapitres de livre


  1. Beaulieu, J., Daoust, G., Deshaies, A., Lamhamedi, M., Rainville, A., Tourigny, M., Bousquet, J., MacKay, J. (2009) Amélioration génétique des arbres, gestion des vergers à graines et de semences, et production de plants forestiers. (Chap. 28) In Manuel de foresterie, 2e édition. (Ordre des Ingénieurs forestiers du Québec, Eds.) Éditions Multimondes, pages 1093-1146. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  2. MacKay, J., Berube, H., Regan, S., Seguin, A. (2004) Functional genomics in forest trees: application to the investigation of defense mechanisms and wood formation. In Plantation Forest Biotechnology for the 21st Century. (C. Walter and M. Carson, Eds.) Research Signpost, pages 163-180. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )


Livres et actes de colloques publiés à titre d'éditeur



Articles publiés dans des revues avec comité de lecture


  1. Méndez-Espinoza, C., Parent, G., Lenz, P., Rainville, A., Tremblay, L., Adams, G., McCartney, A., Bauce, E., MacKay, J. (2018) Genetic control and evolutionary potential of a constitutive resistance mechanism against the spruce budworm (Choristoneura fumiferana) in white spruce (Picea glauca). Heredity, 121:142-154. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  2. Prunier, J., Caron, S., MacKay, J. (2017) CNVs into the wild: screening the genomes of conifer trees (Picea spp.) reveals fewer gene copy number variations in hybrids and links to adaptation. BMC Genomics, 18:97. (URL  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  3. Pavy, N., Lamothe, M., Pelgas, B., Gagnon, F., Birol, I., Bohlmann, J., MacKay, J., Isabel, N., Bousquet, J. (2017) A high-resolution reference genetic map positioning 8.8 K genes for the conifer white spruce: structural genomics implications and correspondence with physical distance. Plant Journal, 90(1):189-203. (URL  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  4. Godbout, J., Tremblay, L., Levasseur, C., Lavigne, P., Rainville, A., MacKay, J., Bousquet, J., Isabel, N. (2017) Development of a traceability system based on a SNP array for large-scale production of high-value white spruce (Picea glauca). Frontiers in Plant Science, 8. (Scopus  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
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  58. Bedon, F., Grima-Pettenati, J., MacKay, J. (2007) Conifer R2R3-MYB transcription factors: sequence analyses and gene expression in wood-forming tissues of white spruce (Picea glauca). BMC Plant Biology, 7(1):17. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  59. Pliura, A., Zhang, S.Y., Bousquet, J., MacKay, J. (2006) Age trends in genotypic variation of wood density and its intra-ring components in young poplar hybrid crosses. Annals of Forest Science, 63(7):673-685. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  60. MacKay, J., Becwar, M.R., Park, Y.-S., Corderro, J.P., Pullman, G.S. (2006) Genetic control of somatic embryogenesis initiation in loblolly pine and implications for breeding. Tree Genetics and Genomes, V2(1):1-9. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  61. Pavy, N., Parsons, L.S., Paule, C., MacKay, J., Bousquet, J. (2006) Automated SNP detection from a large collection of white spruce expressed sequences: contributing factors and approaches for the categorization of SNPs. BMC Genomics, 7:174. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  62. Pavy, N., Laroche, J., Bousquet, J., MacKay, J. (2005) Large-scale statistical analysis of secondary xylem ESTs in pine. Plant Molecular Biology, 57(2):203-224. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  63. Tarca, A.L., Cooke, J.E.K., MacKay, J. (2005) A robust neural networks approach for spatial and intensity-dependent normalization of cDNA microarray data. Bioinformatics, 21(11):2674-2683. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  64. Pliura, A., Yu, Q.B., Zhang, S.Y., MacKay, J., Perinet, P., Bousquet, J. (2005) Variation in wood density and shrinkage and their relationship to growth of selected young poplar hybrid crosses. Forest Science, 51(5):472-482. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  65. Pavy, N., Paule, C., Parsons, L., Crow, J.A., Morency, M.J., Cooke, J., Johnson, J.E., Noumen, E., Guillet-Claude, C., Butterfield, Y. et al. (2005) Generation, annotation, analysis and database integration of 16,500 white spruce EST clusters. BMC Genomics, 6:144. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  66. Plomion, C., Richardson, T., MacKay, J. (2005) Advances in forest tree - Genomics Forest Trees Workshop, Plant and Animal Genome XIII Conference, San diego, CA, USA, January 2005. New Phytologist, 166(3):713-717. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  67. Egertsdotter, U., van Zyl, L.M., MacKay, J., Peter, G., Kirst, M., Clark, C., Whetten, R., Sederoff, R. (2004) Gene expression during formation of earlywood and latewood in loblolly pine: Expression profiles of 350 genes. Plant Biology, 6(6):654-663. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  68. Plomion, C., Cooke, J., Richardson, T., MacKay, J., Tuskan, G. (2003) Report on the forest trees workshop at the plant and animal genome conference. Comparative and Functional Genomics, 4(2):229-238. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  69. Goujon, T., Sibout, R., Eudes, A., MacKay, J., Joulanin, L. (2003) Genes involved in the biosynthesis of lignin precursors in Arabidopsis thaliana. Plant Physiology and Biochemistry, 41(8):677-687. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  70. Kim, H., Ralph, J., Lu, F.C., Ralph, S.A., Boudet, A.M., MacKay, J., Sederoff, R.R., Ito, T., Kawai, S., Ohashi, H. et al. (2003) NMR analysis of lignins in CAD-deficient plants. Part 1. Incorporation of hydroxycinnamaldehydes and hydroxybenzaldehydes into lignins. Organic and Biomolecular Chemistry, 1(2):268-281. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  71. MacKay, J., Dimmel, D.R., Boon, J.J. (2001) Pyrolysis mass spectral characterization of wood from CAD-deficient pine. Journal of Wood Chemistry and Technology, V21(1):19-29. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  72. Dimmel, D.R., MacKay, J., Althen, E.M., Parks, C., Sederoff, R.R. (2001) PULPING AND BLEACHING OF CAD-DEFICIENT WOOD. Journal of Wood Chemistry and Technology, V21(1):1-17. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  73. Cairney, J., Xu, N., MacKay, J., Pullman, J. (2000) Special Symposium: In Vitro Plant Recalcitrance Transcript Profiling: A Tool to Assess the Development of Conifer Embryos. In Vitro Cellular and Development Biology - Plant, 36:155-162. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  74. Lapierre, C., Pollet, B., MacKay, J., Sederoff, R.R. (2000) Lignin Structure in a Mutant Pine Deficient in Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 48(6):2326-2331. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  75. Li, P., MacKay, J., Bousquet, J. (1992) Genetic Diversity in Canadian Hardwoods - Implications for Conservation. Forestry Chronicle, 68(6):709-719. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  76. Roy, A., Frascaria, N., MacKay, J., Bousquet, J. (1992) Segregating Random Amplified Polymorphic Dnas (Rapds) in Betula-Alleghaniensis. Theoretical and Applied Genetics, 85(2-3):173-180. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  77. MacKay, J., Seguin, A., Lalonde, M. (1988) Genetic-Transformation of 9 Invitro Clones of Alnus and Betula by Agrobacterium-Tumefaciens. Plant Cell Reports, 7(4):229-232. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  78. MacKay, J., Simon, L., Lalonde, M. (1987) Effect of Substrate Nitrogen on the Performance of Invitro Propagated Alnus-Glutinosa Clones Inoculated with Sp+ and Sp- Frankia Strains. Plant and Soil, 103(1):21-31. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )


Articles publiés dans des actes de colloque (proceedings)


  1. Bousquet, J., MacKay, J., Khasa, D.P., Beaulieu, J. (2016) Forestry genomics and genetics research at Université Laval. In Proceedings of the 34th Meeting of the Canadian Forest Genetics Association, Univ. of New Brunswick, Fredericton, August 17-20 2015. (Simpson. D., Eds.) Canadian Forest Service, Fredericton, pages 35-44. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  2. Bousquet, J., Khasa, D.P., MacKay, J. (2014) Progress in functional, ecological and evolutionary forestry genomics research at Université Laval. In Proceedings of the 34th Meeting of the Canadian Forest Genetics Association, Whistler, British Columbia, July 22-25 2013. (Simpson. D., Eds.) Canadian Forest Service, Fredericton, pages 35-44. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  3. Bousquet, J., Khasa, D.P., MacKay, J. (2012) Functional, ecological and evolutionary genomics. In Proc. 32nd Meeting of the Canadian Forest Genetics Association. Thunder Bay, Ontario, August. (Simpson, D., Eds.) Canadian Forest Service, Fredericton, New Brunswick, pages 30-40. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  4. MacKay, J., Boyle, B., Rigault, P., Bousquet, J., Beaulieu, J., Isabel, N., Seguin, A., Perron, M. (2011) Le développement d’outils moléculaires pour accélérer les programmes d’amélioration génétique des arbres au Québec. In Comptes-rendus du Colloque « Production de plants forestiers au Québec: la culture de l’innovation ». Pages 125-130. Carrefour Forêt Innovations. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  5. Bousquet, J., Khasa, D.P., MacKay, J. (2009) Functional and diversity genomics at Laval University. In Proc. 31st Meeting of the Canadian Tree Improvement/Forest Genetics Association. (Simpson, D., Eds.) Pages 43-48. Canadian Forest Service, Fredericton. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  6. MacKay, J., Bousquet, J., Ritland, K., Bohlmann, J. (2009) An international consortium in conifer genomics. Why, how, who and what? In Proceedings of the 30th Southern Tree Improvement Conference. Page 27. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  7. Bousquet, J., Khasa, D.P., MacKay, J. (2007) Recent advances in forest and tree genomics at Laval. In 30th Meeting of the Canadian Tree Improvement Association. Part I. (D. Simpson, Eds.) Canadian Forest Service, Fredericton, pages 35-40. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  8. Bousquet, J., Khasa, D.P., MacKay, J. (2005) Recent advances in forest and tree genomics. In 29th Meeting of the Canadian Tree Improvement Association. PartI. Kelowna, British Columbia. (D. Simpson, Eds.) Canadian Forest Service, Fredericton, pages 45-49. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  9. Bousquet, J., Khasa, D.P., MacKay, J., Tremblay, F.M. (2003) Recent advances in tree genomics and somatic embryogenesis. In 28th Meeting of the Canadian Tree Improvement Association. Part I. Edmonton, Alberta. (D. Simpson, Eds.) Canadian Forest Service, Fredericton, pages 45-50. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )


Rapports scientifiques, manuels et autres


  1. Kremer, A., Baker, A., Bousquet, J., Cervera, M.T., Fluch, S., Koskela, J., MacKay, J., Neale, D., Ritland, K., Savolainen, O. et al. (2012) A roadmap for future transatlantic research cooperation on adaptation of forest trees to environmental change. Technical report, Institut national de recherches agronomiques (INRA), France. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  2. MacKay, J., Helbing, C., Culver, K., Bonfils, A.C., Doucet, D., Charles, T., van Aggalen, G., Smith, A., Kingsley, S. (2008) Ecosystem Health and Wealth. A position paper on the Future of Canada’s Ecosystems in an Era of Accelerated Environmental Change. Position paper, Genome Canada. (URL  | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )


Thèses, mémoires et essais


  1. MacKay, J. (1996) A mutation in lignin biosynthesis in loblolly pine : genetic, molecular and biochemical analysis. Thèse de doctorat, North Carolina State University. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  2. MacKay, J. (1988) Amélioration génétique de plantes des genres alnus et betula (Fam. Bétulacées)C. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )


Thèses, mémoires et essais supervisés


  1. Mendez Espinoza, C. (2018) White spruce resistance against the spruce budworm : genetic control and insect-host interaction. Thèse de doctorat, Université Laval. (URL  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  2. Stival Sena, J. (2017) Structural and functional evolution of genes in conifers. Thèse de doctorat, Université Laval. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  3. Tessier, G. (2014) Variation génétique chez l’épinette noire (Picea mariana): relier l’expression génique à la diversité génétique. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (URL  | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  4. Germanos, G. (2014) Caractérisation d’un gène de résistance contre la tordeuse des bourgeons de l’épinette (Choristoneura fumiferana) chez l’épinette blanche (Picea glauca (Voss) Moench). Mémoire de maîtrise, Université Laval. (URL  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  5. Fortin, E. (2012) Rôle du facteur de transcription MYB14 dans la réponse de défense chez l'épinette blanche. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (URL  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  6. Lenz, P. (2011) Breeding for Wood Quality: The Impact of Cambial Age on the Genetics of White Spruce Wood Traits. Thèse de doctorat, Université Laval. (URL  | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  7. Joly, D. (2010) Découverte et caractérisation des petites protéines sécrétées chez les rouilles foliaires du peuplier (melampsora spp.). Thèse de doctorat, Université Laval. (URL  | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  8. Vigneault, F. (2009) Caractérisation de la famille des protéines Kinases de type NIMA chez les plantes et analyse fonctionnelle de PNek1, une NEK du peuplier (populus tremula X P. Alba clone 717 I-B4). Thèse de doctorat, Université Laval. (URL  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  9. Legay, S. (2009) Caractérisation fonctionnelle de deux facteurs de transcription MYB R2R3 : rôle dans la formation du bois chez les angiospermes. Thèse de doctorat, Université Laval. (PDF  | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  10. Côté, C. (2009) Caractérisation fonctionnelle et évolutive de régulateurs génétiques de croissance HD-Zip de classe III, chez le peuplier. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (URL  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  11. Bedon, F. (2007) Structure génique et caractérisation fonctionnelle de facteurs de transcriptions MYB-R2R3 impliqués dans la formation du xylème chez les conifères. Thèse de doctorat, Université Laval. (PDF  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  12. Pitre, F. (2007) Impact de la fertilisation azotée sur la formation du bois chez le peuplier: effets à court terme sur la structure, la composition et l'expression génique. Thèse de doctorat, Universtité Laval. (PDF  | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  13. Berube, H. (2006) Mise en place d'une chaîne d'analyse et de traitement de biopuces. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (PDF  | Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  14. Boileau, F. (2005) Implication des gènes régulateurs HD-ZIP III dans la différenciation vasculaire chez les conifères. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )
  15. Noël, A. (2005) Transformation génétique chez l'épinette noire et le peuplier hybride avec une chitinase de Trichoderma harzianum et évaluation de la résistance face aux champignons pathogènes. Mémoire de maîtrise, Université Laval. (Résumé | EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )


Articles publiés dans des revues sans comité de lecture


  1. Bigue, B., Gagne, P., Zhang, T., MacKay, J., Perinet, P., Bousquet, J. (2006) Génétique et qualité du bois chez les peupliers hybrides. Capsules du Réseau Ligniculture Québec, 1. (EndNote | BibTeX-CSV | BibTeX | Scholar )


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