© Christian Leduc

Jonathan Cazabonne

Doctorant
Écologie et aménagement des écosystèmes forestiers
Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue

Institut de Recherche sur les Forêts (IRF)
Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue (UQAT)
445, boul. de l'Université
Rouyn-Noranda (Québec) Canada J9X 5E4

Directeur: Maxence Martin
Codirecteur: Mélanie Roy 

Site web 

Pour en savoir plus sur mes travaux : ResearchGate  | ORCID  | Bluesky  | LinkedIn  | TeamLaboul  | Réécrire la forêt boréale  | Mycopshaera 

THÉMATIQUES DE RECHERCHE

1. Taxonomie intégrative
Je suis intimement convaincu que l'on ne peut pas étudier l'écologie et l'évolution des systèmes vivants sans savoir nommer ou comprendre la diversité biologique qui s'y trouve. La base fondamentale de mes travaux de recherche est donc l'étude et la compréhension de la diversité des champignons, en incluant toutes leurs singularités par rapport aux autres êtres vivants. Je m'intéresse tout particulièrement à la taxonomie et à la systématique des champignons, c'est à dire la circonscription des espèces en se basant sur le plus grand nombre de caractères discriminants possibles, comme ceux aux niveaux morphologiques, physiologiques, écologiques et moléculaires, et l'étude des liens de parentés entre les organismes. L'intégration de ces différentes techniques qui allient à la fois le descriptif et l'analytique permettent d'avoir une idée de quels organismes sont présents dans l'environnement ainsi que les processus évolutifs de mise en place de cette diversité dans le temps et l'espace.

2. Écologie des communautés d'organismes
L'étape suivante de mon travail est d'étudier les mécanismes et facteurs environnementaux (biotiques et abiotiques) d'assemblage des communautés fongiques. Ces recherches permettent d'avoir une idée qualitative et quantitative de pourquoi telles espèces et communautés sont présentes à tel endroit et à tel instant. Pour arriver à ces fins, je tire profit entre autre des nouvelles technologiques de séquençage à haut débit sur l'ADN des champignons microscopiques présents dans les sols forestiers.

3. Conservation de la fonge
L'ensemble de mes recherches ont pour perspective commune d'accumuler des connaissances fondamentales sur la diversité et les communautés de champignons afin de mieux les intégrer et les prendre en compte dans les programmes de conservation et d'aménagement des écosystèmes. Je mets un point d'honneur à baser mes investigations à la fois à l'échelle des espèces et des communautés de champignons. Les enjeux de conservation de la diversité biologique vont bien au delà de l'unique conservation des espèces. La véritable emphase de la conservation se trouve au niveau de la protection et conservation des réseaux d'interactions dans lesquels les espèces sont impliquées.

Dans cette perspective globale, je tente de contribuer à mon échelle à la reconnaissance de tous les champignons comme règne à part entier supportant la majorité des formes de vie sur Terre. De part leur omniprésence dans l'ensemble des écosystèmes et les rôles fondamentaux qu'ils jouent, les champignons sont une porte d'entrée, encore pas assez explorée, pour la conservation des écosystèmes dans leur globalité.

Critères de développement durable des forêts selon le Conseil canadien des ministres des forêts, en 1995.
Crédit: Jonathan Cazabonne

Implications pour l'aménagement durable des forêts
La conservation de la diversité des êtres vivants est devenue l’un des objectifs les plus importants de l’aménagement durable des forêts. Grâce aux nouvelles techniques de détection de l’ADN des organismes dans l’environnement, on redécouvre les territoires forestiers sous un nouveau jour. Les forêts sont en réalité le théâtre de nombreuses et diverses interactions entre organismes qu’on ne peut percevoir à l’œil nu. L’essentiel du fonctionnement des forêts se passe dans l’invisible et est gouverné par les champignons. Ces derniers sont partout et jouent des rôles fondamentaux au sein des écosystèmes terrestres. Ce constat pose la question de leur intégration, encore inachevée, dans les plans de conservation et d’aménagement durable des écosystèmes forestiers.

En effet, les champignons se retrouvent au cœur des enjeux et critères de l’aménagement forestier durable et représentent un potentiel encore peu exploré pour maintenir l’intégrité des forêts dans l’espace et dans le temps. Ces organismes sont une porte d’entrée de choix afin de conserver la diversité biologique des forêts, puisque protéger tous les champignons induirait la protection de l’ensemble de l’écosystème. De futures recherches sont nécessaire afin d’identifier les écarts en composition, en dynamique et en fonctions liées aux champignons entre les forêts naturelles et aménagées.

Ignorer les champignons dans les politiques d’aménagement forestiers revient à ignorer les organismes qui sont à l’origine même de ces écosystèmes. Il serait dans ce cas justifié de remettre en question le caractère réellement "durable" d'un tel aménagement.

Nuage de mots caractérisant mes recherches et mes centres d'intérêts

Mes autres intérêts connexes
En marge de mes activités principales de recherche, je m'intéresse également (i) à bâtir des liens entre les sciences et l'art et la littérature, (ii) aux relations et usages des champignons par l'espèce humaine (ethnomycologie), (iii) à l'influence des facteurs anthropiques (anthropocentrisme et anthropomorphisme) sur notre perception et considération des champignons, (iv) l'histoire des sciences (épistémologie) de l'évolution et (v) aux principes et enjeux fondamentaux de la taxonomie, de la nomenclature et de l'étude de la diversité biologique, comme par exemple les questions autour de l'éponymie, de la nomination des singletons et des espèces de champignons connues seulement via leur ADN ("dark" fungi), l'importance des checklists d'espèces et les sciences citoyennes.

Thallus mature de Laboulbenia quarantena De Kesel & Haelew. Echelle: 450-500 µm de long. Modifié de Haelewaters & De Kesel (2020)

Depuis quelques années, ma curiosité a été suscité par un groupe de champignons qui se trouve être à la parfaite frontière entre tous mes centre d'intérêts et de recherche: les Laboulbeniales. Il s'agit de champignons ectoparasites obligatoires d'arthropodes, que ce soit pour leur dispersion ou en tant qu'épibiontes. Ils ne ressemblent en rien à l'image que l'on se fait des champignons, même ceux microscopiques. Ils ne sont pas filamenteux et sont plutôt formés d'un ensemble de cellules structurées en trois dimensions formant ce qu'on appelle un thallus. La première espèces de ce groupe a été décrite il y a deux siècles et plus de la moitié de ces espèces actuellement connues ont été décrites par une seule personne, Roland Thaxter. On connait 2,459 espèces (réparties en 145 genres) de Laboulbeniales, alors que l'on estime un nombre total d'espèces plus de 15 fois supérieur à ce qu'on connait déjà. Ce système hôte-parasite est un cas d'école de groupe de champignons méconnus où tout reste à découvrir. Cette association est aussi un modèle d'interaction de choix pour étudier des problématiques liées à la taxonomie, l'écologie des communautés et la conservation biologique.

L'importance de la communication et de l'éducation à la mycologie
Les champignons nous sont cachés (entre autres) en raison de nos habitudes et traditions, nos sens, notre culture, notre sémantique, mais aussi en raison de la structure, de la taille ou bien de la biologie même de ces organismes. Un exemple frappant est notre vision des champignons généralement restreinte à une seule saison et un seul type d’écosystème (l’automne et les forêts), alors que les champignons sont présents partout et en toute saison - conséquence d’habitudes et traditions souvent ancrées depuis le plus jeune âge.

Les principales causes de cette vision des champignons "filtrées" sont l'anthropocentrisme (c'est à dire voir les champignons sous l'unique perspective de l'Homme, ce dernier se plaçant comme élément central et universel de toutes les considérations et vérités) et l'anthropomorphisme (c'est à dire de reconnaitre ou d'attribuer des caractéristiques propres à l'Homme sur des entités vivantes ou inertes qui ne sont pas l'Homme). Cela a des conséquences sur la place des champignons dans les politiques environementales, l'économie, l'éducation et le quotidien, avec l'un des moteurs entretenant à la fois les causes et ses conséquences: la communication et le sens que l'on donne aux mots que l'on communique (la sémantique). Il existe donc une réelle nécéssité d'inverser cette tendance. Cette inversion demeure néanmoins difficle puisque les champignons sont en dissonance avec les idées préconçues de notre sociétés (reproduction sexuée, critères de "beauté", agriculture, et cetera).

Les facteurs anthropiques ont leur place dans notre perception et nos considérations des champignons, car en partie ils nous définissent, mais ces derniers ne doivent toutefois pas être le principal et unique moteur du développement de la mycologie.

PUBLICATION

Publications scientifiques révisées par un comité scientifique

1. Cazabonne, J. & Haelewaters, D. (2024). ‘Invisible and uncharismatic’ fungi need taxonomy champions, too.  Nature communications, 635(39)
2. Hyde KD, Noorabadi MT, Thiyagaraja V. et al. (2024). The 2024 Outline of Fungi and fungus-like taxa. Mycosphere 15(1), 5146–6239, https://doi.org/10.5943/mycosphere/15/1/25
3. Wijayawardene, N.N., Hyde, K.D., Mikhailov, K.V. et al. (2024). Classes and phyla of the kingdom Fungi.  Fungal Diversity, https://doi.org/10.1007/s13225-024-00540-z
4. Jiménez-Mejías, P., Manzano, S., Gowda, V., Krell, F.T., Lin, M.Y., Martín-Bravo, S., Martín-Torrijos, L., Nieto Feliner, G., Mosyakin, S.L., Naczi, R.F.C., Acedo, C., Álvarez, I., Crisci, J.V., Luceño Garcés, M., Manning, J., Moreno Saiz, J.C., Muasya, A.M., Riina, R., Sánchez Meseguer, A., Sánchez-Mata, D. and 1543 additional coauthors (2024). Protecting stable biological nomenclatural systems enables universal communication: A collective international appeal. BioScience, biae043.
5. Haelewaters, D., Quandt, C. A., Bartrop, L., Cazabonne, J., Crockatt, M. E., Cunha, S. P., ... & Gonçalves, S. C. (2024). The power of citizen science to advance fungal conservation. Conservation Letters, e13013. https://doi.org/10.1111/conl.13013
6. Cazabonne, J., Walker, A. K., Lesven, J., & Haelewaters, D. (2024). Singleton-based species names and fungal rarity: Does the number really matter?. IMA fungus, 15(1), 7. https://doi.org/10.1186/s43008-023-00137-2
7. Hyde KD, Abdollahzadeh J., Abeywickrama P.D., Absalan S., Afshari N. et al. Global consortium for the classification of fungi and fungus-like taxa. Mycosphere, 14(1): 1960–2012. https://doi.org/10.5943/mycosphere/14/1/23
8. Haelewaters D., Matthews T.J., Wayman J.P., Cazabonne J., Heyman F., Quandt A., Martin T.E. Biological knowledge shortfalls impede conservation efforts in poorly studied taxa – a case study of Laboulbeniomycetes. Journal of Biogeography, 1-11. https://doi.org/10.1111/jbi.14725.
9. Lesven, J. A., Druguet Dayras, M., Cazabonne, J., Gillet, F., Arsenault, A., Rius, D., & Bergeron, Y. (2024). Future impacts of climate change on black spruce growth and mortality: review and challenges.  Environmental Reviews. 32(2): 214-230
10. Cazabonne J. 2023. The Use of Humans Senses in the Identification of Mushrooms III – taste.  Field Mycology, 24 (1): 29 – 31.
11. Cazabonne J. 2022. The Use of Humans Senses in the Identification of Mushrooms II - touch.  Field Mycology, 23 (4): 118 – 122.
12. Cazabonne J. & Ferrières M. 2022. Leucopaxillus tricolor (Agaricales,Tricholomataceae) : Une Première Récolte pour l’Aveyron.  Bulletin mycologique et botanique Dauphiné Savoie, 245: 41 – 54.
13. Cazabonne J., Bartrop L., Dierickx G., Gafforov Y., Hofmann T. A., Martin T. E., Piepenbring M., Rivas-Ferreiro M. & Haelewaters D. 2022. Molecular-based Diversity Studies and Field Surveys Are Not Mutually Exclusive: On The Importance of Integrated Methodologies in Mycological Research.  Frontiers in Fungal Biology, 3: 860777. http://dx.doi.org/10.3389/ffunb.2022.860777 
14. Cazabonne J., Cochard H., Gryta H. & Jargeat P. 2021. Une Nouvelle Récolte du Rare Mycena chlorinosma (Agaricales, Mycenaceae) en France.  Bulletin de la société mycologique de France, 137 (1-4): 85 – 99.
15. Cazabonne J. 2021. The Use of Humans Senses in the Identification of Mushrooms.  Field Mycology, 22 (4): 117 – 122. https://doi.org/10.1016/j.fldmyc.2021.10.005 
16. Cazabonne J., Ferrières M. & Menos J.L. 2021. A First Contribution to the Knowledge of Mycetozoa from Aveyron (France).  Carnets Natures, 8: 67 – 81.

Chapitre de livre

1. Cazabonne, J., Martin, T. E., Matthews, T. J., Quandt, C. A., Wayman, J. P., Haelewaters, D. Knowledge gaps explored for Laboulbeniomycetes, a clade of understudied microfungi, including a new shortfall related to a lack of taxonomic expertise. Authorea (preprint). https://doi.org/10.22541/au.173956895.54632274/v1
2. Gafforov Y., İnci Ş., Rašeta M., Cazabonne J., Semra S.E., Yarasheva M., Rapior S. (2023) Mor-chella esculenta (L.) Pers.; Morchella steppicola Zerova - MORCHELLACEAE. In: Ethnobiology of Uzbekistan: Ethnomedicinal Knowledge of Mountain Communities. (Khojima-tov, O.K., Gafforov, Y., Bussmann, R.W. (eds) Cham, Springer International Publishing, pages 1285-1308. https://doi.org/10.1007/978-3-031-23031-8_119

Thèses et rapports

1. Cazabonne, J. (2024). Influence du type de sol et de la zonation verticale sur les communautés fongiques dans les pinèdes grises naturelles des écosystèmes d'eskers. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue. https://depositum.uqat.ca/id/eprint/1592

Articles de bulletins scientifiques

1. Cazabonne, J., Jerry, M-È., Chambon, L., & Martin, M. (2024). The unexplored research potential of tree-related microhabitats in North America. The Canadian Botanical Association Bulletin, 57(3): 14-20. https://www.cba-abc.ca/wp-content/uploads/2024/12/CBA-Bulletin_573-1.pdf

Oeuvres litéraires

1. Cazabonne, J. (2024). La maison de Berry. In: Boréaliser. Hope, J., Bérard, C., Cyr, C., & Montoro Girona, M. (Eds). Publications Zinc. https://www.messageries-adp.com/publications-zinc/borealiser/-collectif/livre/9782924483336

Publications vulgarisées non révisées par un comité scientifique

1. Cazabonne J. Été 2023. Les champignons au coeur de l'aménagement forestier durable. Couvert boréale, 19 (3): 19-20. 
2. Cazabonne J. Printemps 2023. Que sont véritablement les champignons forestiers?. Couvert boréale, 19 (2): 13-14. 
3. Cazabonne J. Hiver 2023. Quel devenir pour les feuilles en hiver?. Couvert boréale, 19 (1): 15. 
4. Cazabonne J., Girona M. M. & DesRochers A. Printemps 2022. La diversité fongique cachée des forêts d ’esker d’Abitibi. Couvert Boréal, 18 (2): 12. 

Articles dans la presse

1. Cazabonne, J. & Haelewaters, D. (2025). Fungi are among the planet’s most important organisms — yet they’re overlooked in conservation strategies. The Conversation Canada, https://theconversation.com/fungi-are-among-the-planets-most-important-organisms-yet-theyre-overlooked-in-conservation-strategies-250483
2. Cazabonne, J. et 73 coauteurs. (2024). Le Québec doit aussi miser sur les champignons pour préserver sa biodiversité. Le Devoir. https://www.ledevoir.com/opinion/idees/823837/idees-quebec-doit-aussi-miser-champignons-preserver-biodiversite?

COMMUNICATION ET VULGARISATION SCIENTIFIQUE

• Quebec scientist aims to raise awareness about endangered fungi, All in a Weekend with Sonali Karnick Lien vers l'interview. 
• Démystifier les champignons: au-delà de nos préjugés sur la mycologie. Conférence grand public, pour l’association naturaliste Dryades et Veracruz, donnée à l’Université Paul Sabatier (amphithéâtre Concorde, U4), Toulouse, France. 09/01/2022. Enregistrement vidéo ici .

https://www.youtube.com/watch?v=bKEeViEI8g0

• Pose ta science#18 - Démystifier les champignons avec Jonathan Cazabonne- 25.01.2023. Podcast link. 
• Tournage avec les services audiovisuels de l’UQAT pour la promotion des formations en recherche scientifique, supervisé par Gabrielle Cornellier

https://www.youtube.com/watch?v=dYDEERqJiDU

MES RECOMMENDATIONS...

... de lecture

Voici une sélection non-exhaustive des lectures qui m'ont marquées. J'estime certaines de ces lectures comme des incontournables pour toute personne s'intéressant de près ou de loin aux domaines de l'écologie et de l'évolution. Vous y trouverez également quelques lectures personnelles (liste par ordre chronologique et alphabétique):

• Pas de forêt sans champignons, par Hubert Voiry (Acte Sud, 2022)
• The Hidden Kingdom of Fungi: Exploring the Microscopic World in Our Forests, Homes, and Bodies, par Keith Seifert (Greystone Books, 2022)
• A l'aube de la 6ème extinction: comment habiter la Terre, par Bruno David (Grasset, 2021)
• Entangled life: How Fungi Make Our Worlds, Change Our Minds & Shape Our Futures, par Merlin Sheldrake (Random House, 2021)
• L'origine du monde: Une histoire naturelle du sol à l'intention de ceux qui le piétinent, par Marc-André Selosse (Actes Sud, 2021).
• Encabanée, par Gabrielle Filteau-Chiba (XYZ, 2020)
• Sous la forêt : Pour survive il faut des alliés, par Francis Martin (HumenSciences, 2019)
• Jamais Seul, par Marc-André Selosse (Actes Sud, 2016). Chez la même maison d'édition et par le même auteur, en 2019, vous pouvez retrouver Les Goûts et les couleurs du monde: Une histoire naturelle des tannins, de l'écologie à la santé.
• L'Evolution, Questions d'Actualités?, par Guillaume Lecointre (Coédition Quaé – Muséum national d’Histoire naturelle, 2014)
• Guide Critique de l'Evolution, par Corinne Fortin, Gérard Guillot, Marie-Laure Le Louarn-Bonnet, Alain Bénéteau, et Thomas Haessig, sous la direction de Guillaume Lecointre (Editions Belin, 2009)
• Classification Phylogénétique du Vivant, par Guillaume Lecointre et Le Guyader Hervé (Belin, 2001). Je vous recommande particulièrement la quatrième édition du tome 1 (2016) et 2 (2017) qui intègrent des discussions autour des microorganismes et l'implication des outils moléculaires.
• The Extended Phenotype: The Long Reach of the Gene, par Richard Dawkins (Oxford University Press, 1982). Une seconde édition a été publiée en 2016.
• The Selfish Genes, par Richard Dawkins (Oxford University Press, 1976). Une seconde, troisième et quatrième édition ont été publiée en 1989, 2006 et 2016, respectivement.
• Contributions to the Theory of Natural Selection. Une série d'essais par Alfred Russel Wallace. (London: Macmillan and Co., 1870)
• On the Origin of Species by Means of Natural Selection or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life, par Charles Darwin (John Murray, 1859)