Louis Bernier

Membre régulier
Pathologie forestière

Professeur à la retraite
Université Laval
Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique
Département des sciences du bois et de la forêt Pavillon Charles-Eugène Marchand, local 2263
1030 avenue de la Médecine
Québec (Québec) Canada, G1V 0A6

(418) 656-7655

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BIENVENUE DANS LA PAGE DU LABORATOIRE DE PATHOLOGIE FORESTIÈRE

FORMATION ACADÉMIQUE
  • Postdoctorat en génétique microbienne, 1989 (Université Laval)
  • Postdoctorat en biologie moléculaire des champignons, 1988 (Université de Bath, Royaume-Uni)
  • Ph.D. en pathologie forestière, 1989 (Université de Toronto)
  • M.Sc. en sciences forestières, 1983 (Université de Toronto)
  • B.Sc. en génie forestier, 1981 (Université Laval)
Actualités phytopathologiques

2018
  • Congrès et conférences sur invitation: Louis Bernier a été invité à présenter les résultats des travaux de l'équipe sur Ophiostoma novo-ulmi, tout d'abord en Corée du sud (Dankook University) et ensuite en Suède (Swedish Agricultural University, campus d'Alnarp). Il a également fait des présentations dans le cadre du congrès international de phytopathologie (ICPP2018)  tenu à Boston, ainsi qu'à la conférence LIFE+ ELMIAS Ash and Elm  tenue en Suède.

    Un peu plus tôt cette année, Thais Campos de Oliveira et Jérôme Chapuis] avaient présenté l'avancement de leurs travaux sur la génomique fonctionnelle d'O. novo-ulmi lors de l'édition 2018 du Colloque annuel du CEF .
  • Recrues: L’équipe accueille trois nouveaux membres qui travaillent sur les champignons. Dans le cadre d’un projet d’Initiation à la recherche, Marie Bourgault étudie le dimorphisme levure-mycélium chez les agents responsables de la maladie hollandaise de l'orme. Le Dr Jorge Luis Sarmiento Villamil s'intéresse pour sa part à la génomique fonctionnelle de ces mêmes agents, notamment aux gènes contribuant à leur pouvoir pathogène. Quant à Louis Paré, il s'intéresse plutôt aux champignons endomycorhiziens dans le cadre de son projet de maîtrise.

2017

  • Diplômée:Martha Nigg a soutenu en juillet sa thèse de doctorat intitulée «Analyses transcriptomiques du dimorphisme levure-mycélium chez le champignon phytopathogène Ophiostoma novo-ulmi ». Martha mène présentement des travaux sur la génomique des insectes à l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD) au Gabon.
  • Distinctions: Marine Vautier a obtenu la première place au concours Science, Action  du CRSNG qui consiste à vulgariser ses recherches en vidéo en 60 secondes. Je vous invite à visionner sa vidéo .
  • Le patron se recycle: J’ai profité d’une année d’étude et de recherche (AER) au sein de l’équipe de Philippe Silar  à l’Université Paris Diderot (Paris 7) pour goûter aux joies de la génétique chez le champignon modèle Podospora anserina. Ce champignon coprophile a la particularité de compléter son cycle sexué très rapidement (5 à 7 jours) en laboratoire et de se prêter admirablement aux techniques telles le remplacement de gènes par intégration ciblée de marqueurs de sélection.
  • Recrues: Ce n’est pas parce que le patron est à l’étranger que le Laboratoire de pathologie forestière et de génomique des champignons s’arrête. Bien au contraire! Plusieurs recrues se sont jointes à l’équipe en 2017. Il s’agit de Thais Campos de Oliveira et de Jérôme Chapuis qui travailleront tous deux sur la génomique fonctionnelle d'Ophiostoma novo-ulmi. Pour sa part, Grace Sumampong étudiera les populations d'espèces fongiques appartenant au genre Heterobasidion responsables de la maladie du rond chez les conifères. Enfin, Jean-Guy Catford, responsable de travaux pratiques et de recherche avec une longue expérience en biochimie et en mycologie, vient prêter main-forte aux membres de l'équipe.
  • Nouveau projet: Le projet de BioSurveillance des espèces exotiques envahissantes (BioSAFE) est lancé. Le financement obtenu de Génome Canada, Genome British Columbia et Génome Québec permettra d’étudier quatre ravageurs exotiques envahissants dont le champignon Ophiostoma novo-ulmi responsable de la pandémie actuelle de maladie hollandaise de l’orme. Vous pouvez en apprendre davantage en visitant le site web du projet .
THÈMES DE RECHERCHE

La pathologie forestière s’intéresse à l’étude des maladies chez les arbres. Les principales maladies sont causées par des facteurs abiotiques (gel, sécheresse, verglas, etc.) ou par des facteurs biotiques (notamment des microorganismes tels champignons, bactéries, virus, etc.). Bien que les arbres et les peuplements forestiers puissent également subir des dégâts importants dus aux insectes, ces derniers ne sont pas considérés comme étant des pathogènes et leur étude relève de l’entomologie. Comme c’est le cas pour plusieurs disciplines, l’étude des maladies des arbres revêt un côté pratique visant à répondre à des questions bien précises : quels sont les principaux agents pathogènes attaquant les arbres sur un territoire donné? Quel est l’impact de ces agents? Comment peut-on les contrôler ou, à tout le moins, minimiser les pertes dues à leur activité? Au-delà de ces considérations plus pratiques, l’étude des maladies biotiques résultant de l’interaction entre un hôte (arbre) et un agent pathogène permet également de mener des recherches de nature beaucoup plus fondamentale, par exemple sur l’écologie des agents pathogènes, ou encore sur la co-évolution entre ces derniers et leur hôte. Le thème central de mes activités de recherche est l’étude des microorganismes pathogènes des arbres. Pour ce faire, nous avons recours à différentes approches propres à la phytopathologie, à la biologie moléculaire et à la génomique. De façon générale, les travaux effectués par les membres de mon équipe se divisent en trois volets :

  1. identification des microorganismes associés à des maladies n’ayant pas (ou peu) été documentées;
  2. étude de la structure et de la dynamique des populations des agents pathogènes;
  3. identification de gènes contribuant à la pathogénie et à la valeur adaptative (fitness).

A ce sujet, vous pouvez lire cet article récent paru dans "International Innovation".

RÉALISATIONS RÉCENTES

Au fil des ans, nous avons étudié plusieurs espèces de champignons responsables de maladies chez les arbres ou de colorations dans l’aubier et les produits forestiers. Voici un aperçu des travaux en cours.

Identification de champignons associés à des essences forestières du Gabon et du Cameroun

Dans le cadre du Projet d’appui à la formation en gestion des ressources naturelles dans le bassin du Congo , nous nous intéressons aux champignons causant des pathologies et des caries chez des essences forestières endémiques d’Afrique tropicale. La doctorante Ines Nelly Moussavou Boussougou fait appel au séquençage de gènes ADNr pour identifier les champignons responsables de caries et de pourridiés (maladies racinaires) chez Desbordia glaucescens, Scyphocephalium ochocoa et Paraberlinia bifoliata, trois essences faisant l’objet d’une exploitation commerciale au Gabon. Un autre doctorant, Joseph Djeugap Fovo, utilise la même approche pour identifier les champignons pathogènes du Ricinodendron heudelotii, une essence à fort potentiel agroforestier au Cameroun dont la domestication est cependant compliquée par des maladies affectant les différentes parties des plants.

Étude des champignons pathogènes des peupliers hybrides

Photo: Patrick Filiatrault

Les peupliers hybrides sont particulièrement intéressants pour la foresterie québécoise, en raison notamment de leur croissance rapide sous nos conditions climatiques (vous trouverez plus d'information au Réseau Ligniculture Québec ). Le programme d’amélioration des peupliers hybrides en place au Québec, sous l’égide de la Direction de la recherche forestière du Ministère des Ressources naturelles et de la Faune, a déjà constitué un catalogue de clones bien adaptés aux différentes zones bioclimatiques de la province et résistants aux ravageurs et aux maladies, notamment le chancre septorien causé par le champignon Mycosphaerella populorum, ainsi que la rouille des feuilles causée par des champignons appartenant au genre Melampsora. Afin d’aider les améliorateurs dans leur travail pour obtenir une résistance durable, il importe de développer les connaissances sur les facteurs contribuant à la pathogénie chez les champignons précités, ainsi que les facteurs contribuant à la résistance chez les peupliers.

Les travaux en cours sur le M. populorum visent à développer un système de transformation génétique pour la production de mutants chez ce champignon. Ces travaux ont été réalisés par Lauriane Varain dans le cadre d’un projet de maîtrise. L’obtention de ces mutants facilitera l’étude de la biologie du M. populorum. Par exemple, des mutants moins agressifs à l’endroit des peupliers permettraient d’identifier, chez M. populorum, des gènes contrôlant la pathogénie. Pour sa part, la doctorante Marine Vautier s’intéresse tout particulièrement aux mécanismes de défense activés chez les peupliers en réponse à M. populorum ou encore aux espèces du genre Melampsora. Ces travaux sont menés en étroite collaboration avec les chercheurs Philippe Tanguay et Armand Séguin du Service canadien des forêts.

Génomique des agents de la maladie hollandaise de l’orme

Les populations d’orme nord-américaines et européennes ont été décimées par deux pandémies successives, dont la plus récente est causée par le champignon ascomycète Ophiostoma novo-ulmi. Près d’un milliard d’ormes adultes ont été tués par ce parasite qui envahit les vaisseaux du xylème après y avoir été apporté par des vecteurs, en l’occurrence les scolytes de l’orme. Alors qu’on connaît bien le cycle de la maladie (appelée graphiose de l’orme, ou encore maladie hollandaise de l’orme - MHO), on ignore toujours comment O. novo-ulmi tue son hôte. L’identification formelle de facteurs contribuant à la pathogénie et à la valeur adaptative (fitness) chez ce champignon facilitera, à long terme, le développement de méthodes de lutte plus efficaces contre la MHO.

Nous utilisons des méthodes ponctuelles ciblant des gènes spécifiques, ainsi que des méthodes à haut débit permettant une analyse systématique des 8640 gènes que nous avons identifiés dans le génome d'O. novo-ulmi . Nous évaluons présentement la contribution de certains gènes à la fitness chez O. novo-ulmi. Pour ce faire, nous mesurons le pouvoir pathogène, la croissance et la reproduction chez des mutants produits en laboratoire. Nous nous intéressons également au dimorphisme levure-mycélium chez O. novo-ulmi qui, à l’instar de plusieurs autres champignons pathogènes des plantes ou des humains, a recours à deux modes de croissance lorsqu’il colonise son hôte. Nous croyons que la transition entre les modes de croissance unicellulaire (levuriforme) et multicellulaire (mycélienne) est un élément important de la pathogénie chez O. novo-ulmi. Les travaux des membres de l'équipe devraient nous en apprendre plus à ce sujet d’ici peu.

Nous participons activement au projet BioSAFE  et collaborons également avec des collègues de l’University of Guelph et de l’Universidad Politécnica de Madrid à des travaux sur la réponse de l’orme à l’infection par O. novo-ulmi.

L'ÉQUIPE, VERSION 2010-2013


Montage photo: Erika Sayuri Naruzawa
DISTINCTIONS REÇUES
  • 2002 Gordon J. Green Outstanding Young Scientist Award, Société canadienne de phytopathologie
  • 2008 Hommage René-Pomerleau "Pionnier et Force vive de la pathologie forestière et moléculaire", Société de protection des plantes du Québec

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PUBLICATIONS
Livres


Aucun

Chapitres de livre


  1. Bernier, L. (2022) Dutch elm disease. (Chap. 25) In Forest Microbiology: Volume 2: Forest Tree Health. (Asiegbu, F. and A. Kovalchuk, Eds.) Elsevier, pages 291-309
  2. Bernier, L., Smith, S.M. (2015) Pests and Pathogens in North American Forest Ecosystems. (Chap. 16) In Routledge Handbook of Forest Ecology. (Peh, K.S.-H., Corlett, R.T. and Bergeron, Y., Eds.) Routledge, Oxford, UK
  3. Bernier, L. (2013) Towards Ophiostoma Genomics (Chap. 21). In CBS Biodiversity Series 12. The Ophiostomatoid Fungi: Expanding Frontiers. (Seifert, K.A., de Beer, Z.W. and Wingfield, M.J., Eds.) Utrecht, pages 235-242
  4. Massoumi Alamouti, S., Beaulieu, M.-E., Bernier, L., Breuil, C. (2013) Ophiostomatoid associates of spruce-infesting bark beetles in North America (Chap. 10). In CBS Biodiversity Series 12. The Ophiostomatoid Fungi: Expanding Frontiers. (Seifert, K.A., de Beer, Z.W. and & Wingfield, M.J., Eds.) Utrecht, pages 119-130
  5. Dewar, K., Bernier, L., Levesque, R.C. (1996) Electrophoretic karyotyping in fungi. (Chap. 2) In Nonmammalian Genomic Analysis: A Practical Guide. (Birren, B. and Lai, E., Eds.) San Diego, CA, USA, Academic Press, pages 25-60
  6. Bernier, L. (1993) Conventional and molecular genetic approaches to the study of pathogenicity in Ophiostoma ulmi sensu lato. (Chap. 22) In Dutch Elm Disease Research: Cellular and Molecular Approaches. (Sticklen, M.B. and Sherald, J.L., Eds.) New-York, USA, Springer-Verlag, pages 293-307


Livres, numéros spéciaux et actes de colloques publiés à titre d'éditeur


Aucun

Articles révisés par un comité de lecture


  1. de Oliveira, T.C., Freyria, N.J., Sarmiento-Villamil, J.L., Porth, I., Tanguay, P., Bernier, L. (2024) Unraveling the transcriptional features and gene expression networks of pathogenic and saprotrophic Ophiostoma species during the infection of Ulmus americana. Microbiology Spectrum
  2. Fijarczyk, A., Bernier, L., Sakalidis, M.L., Medina-Mora, C.M., Porth, I. (2023) Independent Evolution Has Led to Distinct Genomic Signatures in Dutch Elm Disease-Causing Fungi and Other Vascular Wilts-Causing Fungal Pathogens. Journal of Fungi, 9
  3. Martin, J.A., Dominguez, J., Solla, A., Brasier, C.M., Webber, J.F., Santini, A., Martinez-Arias, C., Bernier, L., Gil, L. (2023) Complexities underlying the breeding and deployment of Dutch elm disease resistant elms. New Forests, 54(4):661 – 696
  4. Pare, L., Banchini, C., Hamel, C., Bernier, L., Stefani, F. (2022) Correction: A simple and low-cost technique to initiate single-spore cultures of arbuscular mycorrhizal fungi using a superabsorbent polymer (Symbiosis, (2022), 88, 1-3, (61-73), 10.1007/s13199-022-00878-5). Symbiosis, 88(1-3):79
  5. Pare, L., Banchini, C., Hamel, C., Bernier, L., Stefani, F. (2022) A simple and low-cost technique to initiate single-spore cultures of arbuscular mycorrhizal fungi using a superabsorbent polymer. Symbiosis
  6. Nigg, M., de Oliveira, T.C., Sarmiento-Villamil, J.L., de la Bastide, P.Y., Hintz, W.E., Sherif, S.M., Shukla, M., Bernier, L., Saxena, P.K. (2022) Comparative Analysis of Transcriptomes of Ophiostoma novo-ulmi ssp. americana Colonizing Resistant or Sensitive Genotypes of American Elm. Journal of Fungi, 8(6)
  7. Islam, M.T., Coutin, J.F., Shukla, M., Dhaliwal, A.K., Nigg, M., Bernier, L., Sherif, S.M., Saxena, P.K. (2022) Deciphering the Genome-Wide Transcriptomic Changes during Interactions of Resistant and Susceptible Genotypes of American Elm with Ophiostoma novo-ulmi. Journal of Fungi, 8(2)
  8. Martin, J.A., Dominguez, J., Solla, A., Brasier, C.M., Webber, J.F., Santini, A., Martinez-Arias, C., Bernier, L., Gil, L. (2021) Complexities underlying the breeding and deployment of Dutch elm disease resistant elms. New Forests
  9. Sarmiento-Villamil, J.L., Campos de Oliveira, T., Naruzawa, E.S., Bernier, L. (2021) An Efficient Strategy for Obtaining Mutants by Targeted Gene Deletion in Ophiostoma novo-ulmi. Frontiers in Microbiology, 12:1933
  10. DesRochers, P., Nadeau-Thibodeau, N., Bernier, L., Rioux, D. (2020) Reaction to release treatments and distinctive attributes of butternut that promote resistance to the canker caused by Ophiognomonia clavigignenti-juglandacearum. Forestry Chronicle, 96(02):130-140
  11. Hessenauer, P., Fijarczyk, A., Martin, H., Prunier, J., Charron, G., Chapuis, J., Bernier, L., Tanguay, P., Hamelin, R.C., Landry, C.R. (2020) Hybridization and introgression drive genome evolution of Dutch elm disease pathogens. Nature Ecology & Evolution
  12. Et-Touil, A., Dusabenyagasani, M., Bouvet, G., Brasier, C., Bernier, L. (2019) Ophiostoma ulmi DNA naturally introgressed into an isolate of Ophiostoma novo-ulmi is clustered around pathogenicity and mating type loci. Phytoprotection, 99(1):1-11
  13. Rioux, D., Blais, M., Nadeau-Thibodeau, N., Lagace, M., DesRochers, P., Klimaszewska, K., Bernier, L. (2018) First Extensive Microscopic Study of Butternut Defense Mechanisms Following Inoculation with the Canker Pathogen Ophiognomonia clavigignenti-juglandacearum Reveals Compartmentalization of Tissue Damage. Phytopathology, 108(11):1237-1252
  14. Nigg, M., Bernier, L. (2017) Large-scale genomic analyses of in vitro yeast-mycelium dimorphism in human, insect and plant pathogenic fungi: From ESTs to RNAseq experiments. Fungal Biology Reviews, 31(3):131 - 142
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  23. Nigg, M., Laroche, J., Landry, C.R., Bernier, L. (2015) RNAseq Analysis Highlights Specific Transcriptome Signatures of Yeast and Mycelial Growth Phases in the Dutch Elm Disease Fungus Ophiostoma novo-ulmi. G3: Genes|Genomes|Genetics, 5(11):2487-2495
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  25. Djeugap, F.J., Bernier, L., Dostaler, D., Zena, D.R.G. (2015) Chemical Control of Shoot Blight [Lasiodiplodia theobromae (Pat.) Griffon & Maubl.] Infecting Ricinodendron heudelotii Seedlings in Cameroon. International Journal of Current Research in Biosciences and Plant Biology, 2:82-87
  26. Dhillon, B., Feau, N., Aerts, A.L., Beauseigle, S., Bernier, L., Copeland, A., Foster, A., Gill, N., Henrissat, B., Herath, P. et al. (2015) Horizontal gene transfer and gene dosage drives adaptation to wood colonization in a tree pathogen. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112(11):3451-3456
  27. Bernier, L., Aoun, M., Bouvet, G.F., Comeau, A.M., Dufour, J., Naruzawa, E.S., Nigg, M., Plourde K.V. (2015) Genomics of the Dutch elm disease pathosystem: are we there yet? iForest - Biogeosciences and Forestry, 8(2):149-157
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  30. Djeugap, F.J., Bernier, L., Dostaler, D., Fontem, D.A., Avana, M.L. (2014) Germination constraints on Ricinodendron heudelotii in Cameroon. Seed Technology, 36:61-72
  31. Djeugap Fovo, J., Bernier, L., Dostaler, D., Khasa, D.P., Fontem, D.A., Nwaga, D. (2013) Opportunités et contraintes agroforestières de Ricinodendron heudelotii au Cameroun. International Journal of Biological and Chemical Sciences, 7:344-355
  32. Forgetta, V., Leveque, G., Dias, J., Grove, D., Lyons Jr., R., Genik, S., Wright, C., Singh, S., Peterson, N., Zianni, M. et al. (2013) Sequencing of the Dutch Elm Disease Fungus Genome Using the Roche/454 GS-FLX Titanium System in a Comparison of Multiple Genomics Core Facilities. Journal of Biomolecular Techniques, 24(2):39-49
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  53. Feau, N., Jacobi, V., Hamelin, R.C., Bernier, L. (2006) Screening of ESTs from Septoria musiva (teleomorph Mycosphaerella populorum) for detection of SSR and PCR-RFLP markers. Molecular Ecology Notes, 6(2):356-358
  54. Morin, C., Tanguay, P., Breuil, C., Yang, D.Q., Bernier, L. (2006) Bioprotection of spruce logs against sapstain using an albino strain of Ceratocystis resinifera. Phytopathology, 96(5):526-533
  55. Tanguay, P., Loppnau, P., Morin, C., Bernier, L., Breuil, C. (2006) A spontaneous albino mutant of Ceratocystis resinifera results from a point mutation in the polyketide synthase gene, PKS1. Canadian Journal of Microbiology, 52(6):501-507
  56. Feau, N., Hamelin, R.C., Vandecasteele, C., Stanosz, G.R., Bernier, L. (2005) Genetic structure of Mycosphaerella populoram (Anamorph Septoria musiva) Populations in north-central and northeastern north America. Phytopathology, 95(6):608-616
  57. Bourassa, M., Bernier, L., Hamelin, R.C. (2005) Direct genotyping of the poplar leaf rust fungus, Melampsora medusae f. sp deltoidae, using codominant PCR-SSCP markers. Forest Pathology, 35(4):245-261
  58. Et-Touil, A., Rioux, D., Mathieu, F.M., Bernier, L. (2005) External symptoms and histopathological changes following inoculation of elms putatively resistant to Dutch elm disease with genetically close strains of Ophiostoma. Canadian Journal of Botany, 83(6):656-667
  59. Feau, N., Weiland, J.E., Stanosz, G.R., Bernier, L. (2005) Specific and sensitive PCR-based detection of Septoria musiva, S-populicola and S-populi, the causes of leaf spot and stem canker on poplars. Mycological Research, 109:1015-1028
  60. Ouellette, G.B., Cherif, M., Simard, M., Bernier, L. (2005) Histopathology of Fusarium wilt of staghorn sumac (Rhus typhina) caused by Fusarium oxysporum f. s.p. callistephi race 3. I. Modes of tissue colonization and pathogen peculiarities. Phytoprotection, 86(3):157-174
  61. Filion, M., Hamelin, R.C., Bernier, L., St-Arnaud, M. (2004) Molecular profiling of rhizosphere microbial communities associated with healthy and diseased black spruce (Picea mariana) seedlings grown in a nursery. Applied and Environmental Microbiology, 70(6):3541-3551
  62. Feau, N., Bernier, L. (2004) First report of shining willow as a host plant for Septoria musiva. Plant Disease, 88(7):770-770
  63. Bernier, L. (2004) Genomics of ophiostomatoid fungi: the first two thousand genes. Phytoprotection, 85(1):39-43
  64. Morin, C., Breuil, C., Bernier, L. (2004) Genetic variability and structure of Canadian populations of the sapstain fungus Ceratocystis resinifera. Phytopathology, 94(12):1323-1330
  65. Gargouri, S., Bernier, L., Hajlaoui, M.R., Marrakchi, M. (2003) Genetic variability and population structure of the wheat foot rot fungus, Fusarium culmorum, in Tunisia. European Journal of Plant Pathology, 109(8):807-815
  66. Tanguay, P., Coupal, J., Bernier, L. (2003) Genetic transformation, electrophoretic karyotyping and isolation of insertional mutants in the tree pathogenic fungus Neonectria galligena. Forest Pathology, 33(6):413-428
  67. Tadesse, Y., Bernier, L., Hintz, W.E., Horgen, P.A. (2003) Real time RT-PCR quantification and Northern analysis of cerato-ulmin (CU) gene transcription in different strains of the phytopathogens Ophiostoma ulmi and O. novo-ulmi. Molecular Genetics and Genomics, 269(6):789-796
  68. Germain, H., Laflamme, G., Bernier, L., Boulet, B., Hamelin, R.C. (2002) DNA polymorphism and molecular diagnosis in Inonotus spp. Canadian Journal of Plant Pathology, 24(2):194-199
  69. Reyes, I., Bernier, L., Antoun, H. (2002) Rock phosphate solubilization and colonization of maize rhizosphere by wild and genetically modified strains of Penicillium rugulosum. Microbial Ecology, 44(1):39-48
  70. Plante, F., Hamelin, R.C., Bernier, L. (2002) A comparative study of genetic diversity of populations of Nectria galligena and N-coccinea var. faginata in North America. Mycological Research, 106:183-193
  71. Reyes, I., Baziramakenga, R., Bernier, L., Antoun, H. (2001) Solubilization of phosphate rocks and minerals by a wild-type strain and two UV-induced mutants of Penicillium rugulosum. Soil Biology and Biochemistry, 33(12-13):1741-1747
  72. Kabore, B.K., Couture, L., Dostaler, D., Bernier, L. (2001) Variabilité phénétique du Colletotrichum graminicola du sorgho. Canadian Journal of Plant Pathology, 23(2):138-145
  73. Gagne, P., Yang, D.Q., Hamelin, R.C., Bernier, L. (2001) Genetic Variability of Canadian Populations of the Sapstain Fungus Ophiostoma piceae. Phytopathology, 91(4):369-376
  74. Cheng, Y., Belzile, F., Tanguay, P., Bernier, L., Belanger, R. (2001) Establishment of a gene transfer system for Pseudozyma flocculosa, an antagonistic fungus of powdery mildew fungi. Molecular Genetics and Genomics, V266(1):96-102
  75. Ouellette, G.B., Rioux, D., Bussieres, G., Simard, M., Bernier, L. (2000) Extracellular sheath formation by Sphaeropsis hypodermia and association with its infection in elm trees. Phytoprotection, 81(2):69-86
  76. Et-Touil, A., Brasier, C.M., Bernier, L. (1999) Localization of a pathogenicity gene in Ophiostoma novo-ulmi and evidence that it may be introgressed from O-ulmi. Molecular Plant-Microbe Interactions, 12(1):6-15
  77. Gosselin, L., Jobidon, R., Bernier, L. (1999) Biological Control of Stump Sprouting of Broadleaf Species in Rights-of-Way with Chondrostereum purpureum: Incidence of the Disease on Nontarget Hosts. Biological Control, 16:60-67
  78. Uzunovic, A., Yang, D.Q., Gagne, P., Breuil, C., Bernier, L., Byrne, A., Gignac, M., Kim, S.H. (1999) Fungi that cause sapstain in Canadian softwoods. Canadian Journal of Microbiology, 45:914–922
  79. Gosselin, L., Jobidon, R., Bernier, L. (1999) Genetic variability and structure of Canadian populations of Chondrostereum purpureum, a potential biophytocide. Molecular Ecology, 8(1):113-122
  80. Et-touil, K., Bernier, L., Beaulieu, J., Berube, J.A., Hopkin, A., Hamelin, R.C. (1999) Genetic Structure of Cronartium ribicola Populations in Eastern Canada. Phytopathology, 89(10):915-919
  81. Reyes, I., Bernier, L., Simard, R.R., Tanguay, P., Antoun, H. (1999) Characteristics of phosphate solubilization by an isolate of a tropical Penicillium rugulosum and two UV-induced mutants. FEMS Microbiology Ecology, 28(3):291-295
  82. Yang, D.Q., Gagne, P., Uzunovic, A., Gignac, M., Bernier, L. (1999) Development of fungal stain in logs of three Canadian softwoods. Forest Products Journal, 49(2):39-42
  83. Reyes, I., Bernier, L., Simard, R.R., Antoun, H. (1999) Effect of nitrogen source on the solubilization of different inorganic phosphates by an isolate of Penicillium rugulosum and two UV-induced mutants. FEMS Microbiology Ecology, 28(3):281-290
  84. Dewar, K., Bousquet, J., Dufour, J., Bernier, L. (1997) A meiotically reproducible chromosome length polymorphism in the ascomycete fungus Ophiostoma ulmi (sensu lato). Molecular and General Genetics, 255(1):38-44
  85. Plante, F., Bernier, L. (1997) Variability of virulence of Nectria galligena towards northern hardwoods. European Journal of Forest Pathology, 27(4):261-272
  86. Temple, B., Horgen, P.A., Bernier, L., Hintz, W.E. (1997) Cerato-ulmin, a hydrophobin secreted by the causal agents of Dutch elm disease, is a parasitic fitness factor. Fungal Genetics and Biology, 22(1):39-53
  87. Gosselin, L., Jobidon, R., Bernier, L. (1996) Assessment of genetic variation within Chondrostereum purpureum from Quebec by random amplified polymorphic DNA analysis. Mycological Research, 100:151-158
  88. Yang, D.Q., Bernier, L. (1996) Production and use of calli from yellow birch buds for in vitro assessment of virulence of Nectria galligena isolates. Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 45(2):175-177
  89. Bernier, L., Yang, D., Ouellette, G.B., Dessureault, M. (1996) Assessment of Phaeotheca dimorphospora for biological control of the Dutch elm disease pathogens, Ophiostoma ulmi and O. novo-ulmi doi:10.1046/j.1365-3059.1996.d01-161.x. Plant Pathology, 45(4):609-617
  90. Yang, D.Q., Bernier, L., Dessureault, M. (1995) Phaeotheca dimorphospora increases Trichoderma harzianum density in soil and suppresses red pine damping-off caused by Cylindrocladium scoparium. Canadian Journal of Botany, 73(5):693-700
  91. Dewar, K., Bernier, L. (1995) Inheritance of chromosome-length polymorphisms in Ophiostoma ulmi (sensu lato). Current Genetics, 27(6):541-549
  92. Yang, D.Q., Laflamme, G., Bernier, L., Dessureault, M. (1995) Phaeotheca dimorphospora as a potential biocontrol agent for shoot blight caused by Gremmeniella abietina. Canadian Journal of Plant Pathology, 17(1):7-12
  93. Bernier, L., Hamelin, R.C., Ouellette, G.B. (1994) Comparison of ribosomal DNA length and restriction site polymorphisms in Gremmeniella and Ascocalyx isolates. Applied and Environmental Microbiology, 60(4):1279-1286
  94. Bernier, L., Hubbes, M. (1994) Induction and genetic characterization of ultraviolet-sensitive mutants in the elm tree pathogen Ophiostoma ulmi(sensu lato). Mycological Research, 98:943-953
  95. Yang, D.Q., Bernier, L., Dessureault, M. (1994) Biological control of Septoria leaf spot of poplar by Phaeotheca dimorphospora. Plant Disease, 78(8):821-825
  96. Yang, D.Q., Plante, F., Bernier, L., Piche, Y., Dessureault, M., Laflamme, G., Ouellette, G.B. (1993) Evaluation of a Fungal Antagonist, Phaeotheca-Dimorphospora, for Biological-Control of Tree Diseases. Canadian Journal of Botany, 71(3):426-433
  97. Hamelin, R.C., Ouellette, G.B., Bernier, L. (1993) Identification of Gremmeniella abietina Races with Random Amplified Polymorphic DNA Markers. Applied and Environmental Microbiology, 59(6):1752-1755
  98. Dewar, K., Bernier, L. (1993) Electrophoretic karyotypes of the elm tree pathogen Ophiostoma ulmi (sensu lato). Molecular Genetics and Genomics, 238(1):43-48
  99. Bernier, L., Hubbes, M. (1990) Meiotic analysis of induced mutations in Ophiostoma ulmi. Canadian Journal of Botany, 68(2):232-235
  100. Bernier, L., Hubbes, M. (1990) Mutations in Ophiostoma ulmi induced by N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine. Canadian Journal of Botany, 68(2):225-231
  101. Bernier, L., Cooper, R.M., Charnley, A.K., Clarkson, J.M. (1989) Transformation of the entomopathogenic fungus Metarhizium anisopliae to benomyl resistance doi:10.1111/j.1574-6968.1989.tb03483.x. FEMS Microbiology Letters, 60(3):261-266
  102. Jeng, R.S., Bernier, L., Brasier, C.M. (1988) A comparative study of cultural and electrophoretic characteristics of the Eurasian and North American races of Ophiostoma ulmi. Canadian Journal of Botany, 66(7):1325-1333
  103. Bernier, L., Jeng, R.S., Hubbes, M. (1983) Differentiation of aggressive and non-aggressive strains of Ceratocystis ulmi by polyacrylamide gel electrophoresis of intramycelial enzymes. Mycotaxon, 17:456–72


Articles publiés dans des actes de colloque (proceedings)


  1. Villamil, J.L.S., Campos de Oliveira, T., Naruzawa, E. S., Bernier, L. (2019) An efficient strategy for obtaining mutants by targeted gene deletion in Ophiostoma novo-ulmi. In Molecular Plant-Microbe Interactions. 3340 Pilot Knob Road, St Paul, MN 55121 USA, October. Amer Phytopathological Soc, page 120
  2. Bernier, L. (2017) Genome-wide analyses of the Dutch elm disease fungi. In Proceedings of the American elm restoration workshop 2016: 2016 October 25-27. Lewis Center, OH. Gen. Tech. Rep. NRS-P-174. Newtown Square, PA. (Knight, Kathleen S.; Haugen, Linda M.; Flower, Charles E.; Slavicek, James M., Eds.) Pages 6-20
  3. Tsui, C.K.M., Alamouti, S.M., Bernier, L., Bohlmann, J., Breuil, C., Hamelin, R.C. (2009) Population structure of Grosmannia clavigera, a pine pathogen associated with mountain pine beetle. In Canadian Journal of Plant Pathology. January. Canadian Phytopathological Soc, pages 139-139
  4. Aoun, M., Jacobi, V., Boyle, B., Rioux, D., Simard, M., Bernier, L. (2009) Identification and profiling of American elm genes involved in a compatible interaction with the fungal pathogen Ophiostoma novo-ulmi. In Proceedings of the XIV MPMI Congress. Quebec (QC), Canada. (Antoun, H., Avis, T.J., Brisson, L., Prevost, D. and Trepanier, M., Eds.)
  5. Plourde, K.V., Jacobi, V., Bernier, L. (2008) Recovery and functional analysis of six contiguous genes that may affect parasitic fitness in the Dutch elm disease fungus Ophiostoma novo-ulmi. In Phytopathology. June, S126-S126
  6. Morin, C., Bernier, L. (2007) Protection biologique du bois contre le bleuissement à l’aide d’une souche albinos du champignon de bleuissement Ceratocystis resinifera. In Actes du colloque sur la lutte biologique et intégrée Protéger la forêt…naturellement. (Ressources naturelles Canada, Eds.) Pages 64-67
  7. Bernier, L. (2006) Structural and Functional Genomics of Dutch Elm Disease Fungi. In Genomics for future forests. First Canadian forest genomics symposium. Ottawa. (Bonfils, A.-C., Gamache, I., Eds.) Natural Resources Canada, Canadian Forest Service, Headquarters, pages 57-60
  8. Bernier, L. (2004) Génomique des champignons ophiostomatoïdes : un gène, c’est bien; deux, c’est mieux; deux mille, c’est encore mieux! In Phytoprotection. (Societe de protection des plantes du Quebec, Eds.) Pages 40-43
  9. Bernier, L., Breuil, C., Hintz, W.E., Horgen, P.A., Jacobi, V., Dufour, J., Aoun, M., Bouvet, G., Kim, S.H., Diguistini, S. et al. (2004) The Canadian Ophiostoma Genome Project. In Investigación agraria. Sistemas y recursos forestales. Pages 105-117
  10. Messier, C., Bigue, B., Bernier, L. (2003) Using fast-growing plantations to promote forest ecosystem protection in Canada. In Forest management at the XII World Forestry Congress. (FAO, Unasylva, Eds.) Pages 59-63
  11. Bernier, L., Feau, N., Gagne, P., Mottet, M.J., Perinet, P., Hamelin, R.C. (2003) L’établissement et la protection des plantations. In Actes Colloques du Carrefour de la recherche forestière. Quebec
  12. Bernier, L., Plante, F., Plante, D., Tanguay, P., Camy, C. (1998) Pathogenic variability of Nectria galligena. In Foliage, Shoot and Stem Diseases in Forest Trees. Canadian Forest Service, Quebec. (Laflamme, G., Berube, J.A., Hamelin, R.C., Eds.) Pages 140-149
  13. Bernier, L., Hamelin, R.C., Lecours, N., Ouellette, G.B. (1995) Use of nucleic acid and isoenzyme polymorphisms for taxonomic and population studies of Gremmeniella spp. In Shoot and Foliage Diseases in Forest Trees. Florence, Italy. (Capretti, P., Heiniger, U., Stephan, R., Eds.) Pages 198-203


Rapports scientifiques, manuels et autres


Aucun

Thèses, mémoires et essais


  1. Bernier, L. (1989) Induction, characterization and mapping of mutations in Ophiostoma ulmi, the causal agent of Dutch elm disease. Thèse de doctorat, Faculty of Forestry, University of Toronto
  2. Bernier, L. (1983) Relationships between isoenzymes, cultural characters, and pathogenicity in Ceratocystis ulmi (Buism.) C. Moreau. Mémoire de maîtrise, Faculty of Forestry, University of Toronto


Thèses, mémoires et essais supervisés


  1. Pare, L. (2022) Évaluation d'un polymère superabsorbant pour la culture des champignons mycorhiziens arbusculaires sur substrat transparent non stérile. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  2. Moussavou, I.N. (2021) Les champignons endophytes et ceux associés aux caries des arbres et du bois mort de Julbernardia bifoliolata, Desbordesia glaucescens et Scyphocephalium ochocoa dans les forêts du Sud-est du Gabon. Thèse de doctorat, Université Laval
  3. Ponchart, J. (2019) Explorative metabarcoding of Abies balsamea L. Mill. endomycobiota. Thèse de doctorat, Université Laval
  4. Nigg, M. (2017) Analyses transcriptomiques du dimorphisme levure-mycélium chez le champignon phytopathogène Ophiostoma novo-ulmi. Thèse de doctorat, Université Laval
  5. Nadeau-Thibodeau, N. (2015) Le chancre causé par l’Ophiognomonia clavigignenti-juglandacearum : protection et rétablissement du noyer cendré. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  6. Naruzawa, E. S. (2015) Bases moléculaires du dimorphisme levure-mycélium chez le champignon phytopathogène Ophiostoma novo-ulmi. Thèse de doctorat, Université Laval
  7. Djeugap Fovo, Joseph (2013) Contraintes de germination et diagnostic moléculaire des champignons associés aux maladies chez Ricinodendron heudelotii au Cameroun. Thèse de doctorat, Université Laval
  8. Varain, L. (2013) Transformation avec la bactérie Agrobacterium tumefaciens de deux Ascomycètes Septoria musiva et Septoria populicola, agents phytopathogènes du peuplier. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  9. Vialle, A. (2011) Entre code-barres génétiques et reconnaisance phylogénétique, clarification de la systématique des espèces responsables de la rouille du peuplier (Melampsora spp). Thèse de doctorat, Université Laval
  10. Plourde, K. (2010) L'utilisation de la mutagénèse insertionnelle afin d'identifier des gènes procurant un avantage parasitaire au champignon "Ophiostoma novo-ulmi subsp. novo-ulmi", agent de la maladie hollandaise de l'orme. Thèse de doctorat, Université Laval
  11. Aoun, M. (2009) Une analyse histopathologique et génomique d'une interaction in vitro entre Ulmus americana et Ophiostoma novo-ulmi. Thèse de doctorat, Université Laval
  12. Beaulieu, M.-E. (2007) Caractérisation moléculaire des champignons ophiostomatoïdes associés à quatre espèces de scolytes de l'écorce colonisant l'épinette blanche au Québec et phylogénie multigénique d'une nouvelle espèce de Leptographium. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  13. Bouvet, G. (2007) Caractérisations et impacts des transposons à ADN chez Ophiostoma ulmi et O. novo-ulmi, principaux agents de la maladie hollandaise de l'orme. Thèse de doctorat, Université Laval
  14. Morin, C. (2006) Étude du potentiel d'une souche albinos de Ceratocystis resinifera pour la protection biologique du bois contre le bleuissement. Thèse de doctorat, Université Laval
  15. Allaire, M. (2005) Diversité fonctionnelle des Pseudomonas producteurs d'antibiotiques dans les rhizosphères de conifères en pépinières et en milieu naturel. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  16. Majeau, J.-A. (2005) Identification de séquences génomiques avoisinant un gène impliqué dans la pathogénécité et protéines candidates pouvant être codées par cette région, chez le champignon Ophiostoma novo-ulmi. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  17. Feau, N. (2005) Relations intra et interspécifiques chez Mycosphaerella populorum (anamorphe septoria musiva) agent pathogène des peupliers. Thèse de doctorat, Université Laval
  18. Joly, D. (2005) Analyse de la diversité génomique des populations de Cronartium ribicola, agent responsable de la rouille vésiculeuse du pin blanc. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  19. Grondin, J. (2004) Effet de phytohormones sur les réactions de défense de l'érable à sucre (Acer saccharum Marsh.) suite à l'entaillage et à d'autres types de blessure mécanique. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  20. St-Michel, E. (2004) Identification et analyse de marqueurs génétiques diagnostiques de deux champignons de rouille des pins durs (Cronartium comptoniae et Peridermium harknessii) et identification d'un hyperparasite de ces rouilles au Québec. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  21. Cloutier, M. (2003) Caractérisation de la protéine kinase PNek1 et de la 14-3-3 P20-5 chez le peuplier. Thèse de doctorat, Université Laval
  22. Okamba Ondzia, F. R. (2001) Diversité génétique des locus codants et structure génétique des populations du Cronartium ribicola nord-américaines. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  23. Plante, F. (2001) Génétique de populations du champignon pathogène Nectria galligena dans le nord-est de l'Amérique du nord. Thèse de doctorat, Université Laval
  24. Germain, H. (2001) Étude moléculaire du champignon phytopathogène Ionotus tomentosus. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  25. Et-Touil, A. (2000) Étude génétique, biochimique et physiologique de la pathogénécité chez Ophiostoma novo-ulmi. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  26. Bourassa, M. (2000) Épidémiologie moléculaire d'un champignon causant la rouille des feuilles du peuplier, Melampsora medusae f. sp deltoidae, en Amérique du Nord. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  27. Gagne, P. (1999) Variabilité génétique chez Ophiostoma piceae, agent de coloration de l'aubier, au Canada. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  28. Tanguay, P. (1999) Transformation génétique et détermination du caryotype électrophorétique du champignon phytopathogène Nectria galligena. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  29. Moungid, Z. (1998) Phæotheca dimorphospora : approche d'isolement et étude phylogénétique. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  30. Et-Touil, K. (1998) Structure génétique des populations du Cronartium ribicola canadiennes. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  31. Reyes, I. (1998) Dissolution des phosphates minéraux par le champignon tropical Penicillium rugulosum : mécanismes d'action. Thèse de doctorat, Université Laval
  32. Goulet, A. (1998) Épidémiologie du champignon Chondrostereum purpureum, agent de maîtrise biologique de la reproduction végétative des feuillus de lumière en milieu forestier = Epidemiology of the fungus Chondrosterum purpureum, a biological control agent of the asexual reproduction of deciduous tree species in forest environment. Mémoire de maîtrise, Université Laval
  33. Kabore, K.B. (1997) Variabilité du Colletotrichum graminicola chez le sorgho (Sorghum bicolor) et lutte culturale contre l'anthracnose. Thèse de doctorat, Université Laval
  34. Gosselin, L. (1996) Maîtrise biologique de la reproduction végétative chez des feuillus, dispersion et variabilité génétique de l'agent microbien impliqué, Chondrostereum purpureum. Thèse de doctorat, Université Laval
  35. Dewar, K. (1995) Physical characterization of genome structure in Ophiostoma ulmi (Sensu lato). Thèse de doctorat, Université Laval
  36. Plante, D. (1995) Analyse génétique et biochimique de la virulence chez Nectria galligena. Mémoire de maîtrise, Université Laval


Articles non révisés par un comité de lecture


  1. Cogliastro, A., Bouchard, A., Domon, G., Bernier, L. (2008) Les hauts et les bas de la forêt feuillue : sommes-nous prêts pour un nouveau changement de paysage? Options politiques, 29:58-61


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