Groupe Plein-R de la faculté de foresterie, de géographie et de géomatique de l'Université Laval.

Bienvenue sur la page du groupe Plein-R de la faculté de foresterie, de géographie et de géomatique! L'objectif de ce groupe est de partager notre expériences avec le langage R. Les rencontres ont lieu à toutes les deux semaines et portent sur un thème. Pour la session d'hiver 2011, nous organisons une session d'étude sur les statistiques spatiales.

Ressources pour R

Programmes utiles:

• Tinn-R  Éditeur de code
• Guide pour l'installation d'Eclipse et StatET  C'est un éditeur de code, comme TINN-R
• ClipPath  Vous en avez assez de toujours remplacer les "\" de windows par des "/" ? Voici la solution
• OpenBUGS  Pour les statistiques Bayésiennes (Vous allez avoir besoin des packages Brugs et/ou R2WinBUGS)
• Notepad ++  et le |plugin pour R 

Tutoriels (Débutants):

• R-intro  (version html )
• Some Hints for the R Beginner   Introduction accessible et facile à naviguer
• R Videos  Plusieurs exemples en vidéo

Sites de référence (Débutants):

• R programming  Livre wiki. Notez que la qualité des article est variable, mais certains sont très complets.
• Quick R 
• R-tips 
• A brief introduction to “apply” in R   De bons exemples simples. Parfait pour comprendre (une fois pour toute).

Livres de référence (Accès aux chapitres des livres via le serveur de l'Université Laval ou CREPUQ)

• The R Book  Une bible (940 pages)
• A Beginner's Guide to R 
• R for SAS and SPSS Users 
• Site de Ben Bolker 

Aide sur le Web (Recherche):

• R seek  Recherche dans des sites sélectionnés
• Package sos  Permet de rechercher dans toutes les fonctions sur le CRAN, même si elles ne sont pas installées
• Nabble R  Interface pour la liste de R
• Nabble R-sig-geo  Interface pour la liste de R spécialisée dans les questions géographiques
• Stack Overflow  Pour des questions plus orientées vers la programmation ou la manipulation de données
• Statistical Analysis  Pour des questions orientées statistiques, sur le même modèle que Stack Overflow

Site web pour les graphiques (Exemples avec codes):

• R Graph Gallery 
• R Graphical Manual 

Documents de références rapide:

• Charte des couleurs  À utiliser avec le package RColorBrewer 
• Carte de Référence (en français)  À imprimer et garder à portée de la main (version originale en anglais )
• Explication des noms de commandes  Pour mieux comprendre l'étymologie de R

Blogues:

• R bloggers  Tous les blogues sur R réunis en un seul
• Revolutions 
• One R tip a day 
• Learning R  Des graphiques avec le package ggplot2
• R cookbook 

Autres:

• Crantastic 
• Google styleguide  Pour avoir un style irréprochable
• Twitter  Twittez sur R !

j'en veux plus

Programme des rencontres

9 avril 2010 13h00 - Salle 1350 du Pavillon Kruger

Thème : Generalised Additive Mixed Models

Président: Christian Roy

Programme (plus de détails à venir)

1. Présentation: Julien Beguin
2. Dépannage

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1 Avril 2010 13h30 - Salle à déterminer (5^e rencontre de la session d'hiver)

Thème : Résolution de problèmes

Président: À déterminer

Programme

1. Dépannage Problème #1  (Neil Marchand)
   Créer des fonnctions dans R
   Solution  (Suggérée par C.Roy)

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19 Mars 2010 13h30 - Salle 1324 du Pavillon Kruger (4^e rencontre de la session d'hiver)

Thème : Créer ses propres fonctions dans R

Président: Josh Nowak

Programme

1. Présentation: Créer ses propres fonctions dans R (Josh Nowak et Frédérique Saucier, 30 minutes)
2. Dépannage Problème #1  (Neil Marchand)
   Réaliser des graphiques dans R
   Solution  (Suggérée par C.Roy)
3. Dépannage Problème #2 (Josh Nowak & Christian Roy)
   Déclarer des noms de variable dans R
   Solution  (Suggérée par E.B. Racine)

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5 mars 2010 13h30 - Salle 1324 du Pavillon Kruger (3^e rencontre de la session d'hiver)

Thème : Analyses spatiales dans R

Président: Philippe Ruiz

Programme

1. Présentation: Packages et analyses spatiales dans R (Etienne B. Racine et Christian Roy, 40 minutes)
   Code de manipulation des données spatiales
2. Dépannage Problème #1  (Geneviève Lambert)
   Soustraire des valeurs dans une colonne en fonction du changement d'état d'une variable dans une autre colonne.
   Solution  (Suggérée par M. Thaler, L. Freschi et E.B. Racine)
3. Dépannage Problème #3 (Neil Marchand)
   Régression multiples dans R.
   Solution (Suggérée par J. Beguin et J. Laliberté)
4. Dépannage Problème #2 (Geneviève Lambert)
   Modification en boucle de nom de fichiers.
   Solution  (Suggérée par E.B. Racine et F. Saucier)

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19 Février 2010 13h30 - Salle 1324 du Pavillon Kruger (2^e rencontre de la session d'hiver)

Thème : Résolution de problèmes

Président: Christian Roy

Programme

1. Dépannage Problème #1  (Geneviève Lambert)
   Problème temporel dans R: lors de l'importation d'un fichier de donnée, R associe l'heure à la journée d'aujourd'hui.
   Solution  (Suggérée par E.B. Racine et C. Roy)
2. Dépannage Problème #2  (Josh Nowak)
   Problème similaire au problème #1 sauf que cette fois-ci on importe une base de données DBF et on doit transformer le temps en format POSIXct.
   Solution  (Suggérée par J. Nowak)
3. Dépannage Problème #3  (Julien Béguin)
   Sélection d’un sous-ensemble de données d’une table (ou data.frame) à partir de valeur d’une autre table.
   Solution  (Suggérée par E.B. Racine et C. Roy)

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5 Février 2010 13h30 - Salle 2376 du Pavillon Kruger (1^ere rencontre de la session d'hiver)

Thème : Planification de la session d'hiver

Président: Julien Béguin

Programme

1. Présentation: Retour sur la session passée (Christian Roy, 15 minutes)
2. Discussion: Objectifs PleinR pour la session hiver 2010 (Etienne Bellemare, 20 minutes)
3. Dépannage (~20 minutes)

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27 novembre 2009 13h00 - Salle 2376 du Pavillon Kruger (4^e rencontre de la session d'automne)

Thème : Aide et Modèles Mixtes dans R

Président: Christian Roy

Programme

1. Présentation: Initiation au package nlme (Juliane Laliberté, 20 minutes)
2. Discussion: Aide et Ressources pour R : lumière sur le côté obscure (Etienne Bellemare, 30 minutes)
3. Problématique de la semaine: Application d’un modèle mixte dans lme  (Juliane Laliberté, 15 minutes)
4. Dépannage (~30 minutes)

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13 novembre 2009 13h00 - Salle 1324 du Pavillon Kruger (3^e rencontre de la session d'automne)

Thème : Acess

Président: Christian Roy

Programme

1. Présentation: Connexion à une base de données relationnelle et langage SQL dans R  (Mélanie-Louise Leblanc, 30 minutes)
2. Résolution du problème de la semaine: Réalisation de graphiques pour une revue scientifique  (Christian Roy, 30 minutes)
3. Dépannage (~30 minutes)

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16 octobre 2009 13h00 - Salle 2376 du Pavillon Kruger (2^e rencontre de la session d'automne)

Thème : Graphiques

Président: Julien Beguin

Programme

1. Présentation: Structures de données et de contrôles dans R - Suite et fin  (Pierre Racine, 20 minutes)
2. Résolution du problème de la semaine: Traitement de shapefile en lot  (Pierre Racine, 20 minutes)
3. Discussion: Comment faire des graphiques "présentables" en R  (Christian Roy, 30 minutes)
4. Problématique de la semaine: Réalisation de graphiques pour une revue scientifique (Christian Roy, 20 minutes)
5. Dépannage (~30 minutes)

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2 octobre 2009 - Salle 2376 du Pavillon Kruger (1^ere rencontre de la session d'automne)

Thème: Langage et manipulations de données

Président: Etienne B. Racine

Programme

1. Présentation: Structures de données et de contrôles dans R  (Pierre Racine, 45 minutes)
2. Discussion: Les entrées et sorties de données  (Julien Beguin, 30 minutes)
3. Problématique de la semaine: Traitement de shapefile en lot (Pierre Racine, 20 minutes)
4. Retour sur la rencontre et choix d'un thème et d'un président pour la prochaine rencontre (20 minutes)
5. Période de question collective (~30 minutes)

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Les différentes formules d'échange sont:

• Les Présentations occasionnelles permettent à un membre de Plein R d'approfondir, au moyen d'une présentation PowerPoint, sur des concepts de programmation, un package ou une fonction dans R. Un Invité spécial, connaissant bien R (un prof ou un professionnel de recherche), pourra à l'occasion être invité pour parler de ce qu'il fait avec R.
• Les Problématiques de la semaine permettent de présenter un problème simple auquel les membres s'attaqueront personnement durant les deux semaines suivante. La solution du présentateur ainsi que celles des autres participants sont présentés lors de la Résolution de la problématique de la semaine. Le problème est présenté en 20 minutes selon la séquence suivante: Contexte et problématique, Données utilisées, Code existant (s'il une partie du code est nécessaire), Concepts (si nécessaires) et Indices (aidants à la résolution du problème).
• Les Discussions permettent de présenter, en 30 minutes, un moyen d'accomplir une tâche dans R. Elles sont suivis d'une discussion avec le reste du groupe. Les discussions sont choisies en fonction du thème.
• Les Périodes de question collectives à la fin des séances permettent de poser des questions au groupe sur des problèmes rencontrés dans R. Le Président coordonne la séance en conservant une ambiance détendue d'un vendredi après-midi. La présidence est tournante.

Un Président est aussi responsable de confirmer les sujets avec les intervenants et de s'assurer du respect du thème de la rencontre et de la formule.

L'Équipe éditorial s'occupe de sélectionner les thèmes des séances et de guider les présentateurs avec le président. (Peut-être que chaque président pourrait être nommé par rencontre, et il s'occupe de trouver des présentateurs avec l'éditorial.)

Les thèmes de la session H10 sont:

Langage et programmation R: Tout ce qui touche le langage en tant que tel sans toucher aux packages.
Manipulation de données: Tout ce qui touche la lecture et l'écriture de données.
Graphiques: Tout ce qui touche l'affichage de graphique dans R.
Statistiques géospatiales et séries temporelles: Tout ce qui touche l'analyse des données géospatiales et les séries temporelles.
Statistiques: Tout ce qui touche à des techniques avancées de statistique.