Véronique Cloutier

Doctorat
Mycophagie : le chaînon manquant en écologie boréale
Université Laval 

Directeur: Yves Piché
Codirecteur: André Desrochers
Codirecteur: J. André Fortin 

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FORMATION

B.Sc. en sciences biologiques et écologiques, 2011 (Université du Québec à Trois-Rivières) .


THÈMES DE RECHERCHE

Je m'intéresse à l'écologie des champignons hypogés (souterrains, tels que les truffes ), principalement aux interactions entre les règnes fongique et animal. Entre autre, quels sont les mammifères qui consomment les champignons hypogés et, pour chacune de ces espèces mycophages, à quelle fréquence est-ce qu'on retrouve des champignons dans leur diète et lesquels.

Pour répondre à ces questions, j'utilise une approche sans capture qui consiste à appâter des micromammifères  (souris, écureuils, tamias, polatouches, campagnols) sur des plaques de cèdre et à recueillir les fèces qu'ils auront laissés en se nourrissant. Nous obtiendrons du matériel génétique à partir de ces fèces. La méthode de séquençage d'ADN nous permettra de connaître quel mammifère a émis l'excrément tandis que la méthode du pyroséquençage nous permettra de connaître quels champignons ont été consommés. Ce projet se déroule dans deux sapinières boréales humides : le Parc national des Hautes-Gorges-de-la-Rivière-Malbaie  et la Forêt Montmorency , toutes deux situées dans le massif des Laurentides.

Les micromammifères sont un sujet d'étude qui va de soi concernant la mycophagie puisque ceux-ci sont reconnus en écologie fonctionnelle comme disperseurs des spores de champignons (qui sont ingérés puis dispersés par leurs fèces). D'ailleurs, dans l'ouest du continent, le campagnol roussâtre de Californie  (Clethrionomys californicus var. californicus) est un mycophage obligatoire : il doit avoir accès à des champignons pour survivre comme un tigre a besoin de viande pour se maintenir en vie. Cet animal est tellement adapté à se nourrir de champignons qu'il a la capacité d'obtenir au moins autant de nutriments qu'un grand polatouche (Glaucomys sabrinus) d'une même diète en champignons hypogés et ce, même s'il est six fois plus petit ! Finalement, les dents de ce rongeur ne poussent pas tout au long de sa vie comme chez tous les autres rongeurs et elles sont fragiles et inadaptées à de la nourriture abrasive ou solide (puisqu'ils sont adaptés à se nourrir de champignons à texture molle et douce). Bref, les herbivores se nourrissent de végétaux, les carnivores d'animaux et les mycophages de champignons. Chacun d'eux est tout aussi dépendant à sa ressource. Nous ignorons toujours, pour l'instant, l'identité des mycophages obligatoires de la forêt boréale de l'est du Canada... c'est ce que nous tentons de découvrir.

Nous nous intéressons aussi plus spécifiquement au grand polatouche , communément nommé écureuil-volant, cet animal étant considéré mycophage préférentiel dans l'ouest du continent, il sera intéressant de savoir si sa diète est la même chez nous. Les champignons hypogés de la forêt boréale nous étant encore inconnus en majorité, nous nous attendons à ce que l'étude de la diète des grands polatouches nous permette de découvrir la mystérieuse biodiversité se trouvant sous nos pieds. Ce projet se déroule aux alentours de Rouyn-Noranda où Pauline Priol  a échantillonné des fèces pour ce projet et dans la région touristique des Laurentides où France Barrette et Michel Hénault ont recueillis des polatouches (captures accidentelles). Nous allons traiter plusieurs individus mais nous avons accès à 300 polatouches provenant de plusieurs régions du Québec que nous n'avons pas les moyens de traiter... si vous avez l'âme d'un mécène scientifique, consultez la section Valorisation socio-économique / transfert technologique ci-dessous !

Finalement, nous criblerons des fèces de cerfs de virginie obtenus par l'équipe de Steeve Côté  à l'île d'Anticosti et par plusieurs chasseurs dispersés dans la province de Québec. Une équipe du Québec a démontré que ces animaux consommaient des champignons (Daigle et al., 2004 ). Il est intéressant de savoir que le genre Elaphomyces  est un champignon que l'on pense être consommé par le cerf puisque son nom en français signifie «nourriture du cerf». Ce champignon a été nommé ainsi au début des années 1800... il nous reste à élucider si c'était suite à des observations ou si c'était une fantaisie de le nommer ainsi ! Nous analyserons aussi les fèces de caribous du Parc national de la Gaspésie récoltés par l'équipe de Claude Isabel, ceux-ci étant aussi très susceptibles de consommer plusieurs espèces de champignons hypogés.

(S'informer sur la mycophagie ).

Si vous êtes intéressés à ce domaine de recherches, voir aussi la page de Mathieu Paradis .


CONTRIBUTIONS SCIENTIFIQUES

Article publié dans une revue avec comité de lecture

Véronique B. Cloutier, Hélène Glémet, Bastien Ferland-Raymond, Andrée D. Gendron & David J. Marcogliese (2012): Correlation of Parasites with Growth of Yellow Perch, Journal of Aquatic Animal Health, 24:2, 100-104

Conférencière invitée

Cercle des Mycologues de Montréal. 2016. Mycophagie, résultats de recherche.

The Eighth International Conference on Mycorrhiza (ICOM8). Flagstaff, Arizona 2015. Micromammal consumption of hypogeous fungi in eastern Canadian boreal forests.

Regroupement des étudiants en sciences biologiques et écologiques (RESEB) de l'UQTR. 2015. Développez votre propre champ de recherches en 3 étapes. Témoignage d'une étudiante au doctorat.

Association Canadienne de Botanique (ACB). 2014.

Fédération québécoise de groupes de mycologues (FQGM). 2014. Mycophagie animale : un chaînon manquant en mycologie boréale.

Cercle des Mycologues de Montréal. 2014. Mycophagie animale : un chaînon manquant en mycologie boréale.

Northeast Mycological Federation (NEMF). 2013. Animal mycophagy : a missing link in boreal mycology.

Fédération québécoise de groupes de mycologues (FQGM). 2013. Mycophagie animale : un chaînon manquant en mycologie boréale.

Cercle des mycologues de Lanaudière et de la Mauricie. 2012. La mycophagie et les champignons hypogés.

Présentations par affiche

Colloque du Centre d'étude de la Forêt (CEF) 2013. Montebello. Mycophagie : le chaînon manquant en écologie boréale ! (Visualiser l'affiche ).

Colloque Mycorhizes 2012. Montréal. Qui consomme les fructifications des ectomycorhizes ?

Université du Québec à Trois-Rivières. Concours d’affiches scientifiques. 2011. Influence des parasites sur la croissance des perchaudes. (Visualiser l'affiche ).

Enseignement et diffusion des sciences au public

Cours d'une heure portant sur la génétique des champignons. Dans le cadre du cours GNT 1001 - génétique. Université du Québec à Trois-Rivières. 2014, 2015 et 2016.

Cours d'une heure portant sur la reproduction des champignons. Dans le cadre du cours BIO 1300 - mycologie générale de l'Université Laval. 2014.

Cours d'une heure portant sur la mycophagie animale et la synécologie. Dans le cadre du cours BIO 7904 - écologie intégrative des symbioses végétales de l'Université Laval. 2012, 2013, 2014 puis enregistrement pour le rendre disponible en ligne pour les années subséquentes.

Cours d'une heure portant sur la mycophagie animale. Dans le cadre du cours BIO 1300 - mycologie générale de l'Université Laval. 2013 et 2014.

Conférence d'une heure portant sur la mycophagie animale dans le cadre des activités Myco-Midi pour la diffusion des sciences mycologiques au grand public. Québec 2013.

Cours d'une heure portant sur la mycophagie animale. Dans le cadre du cours de protection et exploitation de territoires fauniques du Centre de formation professionnelle Mont-Laurier. 2013.

Commentaire : «Merci encore pour ta belle présentation, tous les étudiants et professeurs ont trouvé ça extrêmement intéressant! Un prof de foresterie est même allé voir sur le site d'André Fortin . On en a reparlé beaucoup et on a retenu par mal de choses.» - France Barrette, professeure au Centre de formation professionnelle Mont-Laurier.

Révision scientifique

Révision scientifique de quelques textes dans le livre de Jean Després Le tour du monde des champignons en 60 tableaux . 2014.

Évaluation d'affiches scientifiques réalisées par les étudiants du cours BIO 1300 - mycologie générale de l'Université Laval. 2012 et 2013.

Valorisation socio-économique et diffusion des sciences aux médias

Reportage par Ethel Gutierrez  pour le journal indépendant des étudiants de l'Université de Montréal. 2016.

Votre soutenance en 180 secondes. Faculté des Sciences et Génie, Université Laval. Québec 2014. Gagnante du 3e prix.

Panéliste invitée à la Conférence innovation d'ACCT Canada . Panel : Fostering an Entrepreneurial Culture Among Canada’s Scientists. Toronto 2013.

Présentation à la Conférence innovation d'ACCT Canada . Student Entrepreneurship Presentations. Toronto 2013.

Entrevue avec Radio-Canada  : Trouver des truffes grâce à des écureuils. 2013.

Panéliste invitée à la Conférence sur les politiques scientifiques canadiennes . Panel : Student Entrepreneurs as a Knowledge Vehicle. Toronto 2013.

Présentation à l'atelier dans l’œil du dragon du colloque «Stimuler l'entrepreneuriat et l'innovation en sciences : nouveaux enjeux pour l'éducation, la recherche et la société » au 81e congrès de l'ACFAS. Québec 2013. Obtention du prix du jury exæquo avec M. David Drouin  et gagnante du choix du public.


Actuellement je réalise des études fondamentales uniquement mais le potentiel de transfert technologique existe. Voir la présentation .

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BOURSES

2014. Conseil de l’industrie forestière du Québec. Bourse doctorale.

2013-2016. Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada. Bourse d’études supérieures du Canada Alexander-Graham-Bell D (BESC D).

2013. Conseil de l’industrie forestière du Québec. Bourse doctorale.

2012. Fondation canadienne de la faune. Fonds commémoratif Orville-Erickson.

2012. Cercle des Mycologues de Montréal. Bourse du 60e du CMM.

2011. Fonds écologique Anne Vallée. Bourse de recherche de 2e cycle.

2011-2013. Fonds de recherche du Québec – Nature et technologies. Bourse de maîtrise en recherche.

2009 et 2010. Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie du Canada. Bourses de recherche de 1er cycle.

Autre financement

Ressources Naturelles Canada - Service Canadien des Forêts - Centre de Foresterie des Laurentides 


COMPÉTENCES

Gestion

Gestion de projets (coordonnatrice, chargée de projets et estimatrice, 2004 à 2007).

Gestion d'équipes de travail (équipes de terrain, de laboratoire, de bureau et de bénévoles, 2006 à aujourd'hui).

Logistique (organisation de conférences et accueil de chercheurs de l'étranger, 2009 à aujourd'hui).

Directrice de la compétition de réingénierie à la Compétition québécoise d'ingénierie , 2014.

Terrain

Mission scientifique sur un bateau-laboratoire, 2009.

Collaboration à différents travaux de terrain en écologie aquatique, 2008 à 2010.

Préparation et supervision de travaux de terrain en écologie terrestre, 2011 à aujourd'hui.

Laboratoire

Biologie moléculaire (ratios ARN:ADN), 2008 à 2011.

Mise sur pied d’un protocole d’élevage de perchaudes en captivité à partir d’œufs de souche sauvage, 2009.

Responsable de deux laboratoires humides et de leurs stock de poissons (truites et perchaudes), 2009.

Extraction d'ADN à partir de matériel simple (champignon) et complexe (excréments), 2011 à aujourd'hui.

Amplification d'ADN pour le séquençage Sanger et le pyroséquençage 454, 2011 à aujourd'hui.

Purification d'ADN pour le pyroséquençage 454, 2011 à aujourd'hui.

Traitement de données

Développement d'amorces d'ADN spécifiques aux micromammifères de la forêt boréale, 2011.

Comparaison de séquences d'ADN (blast) avec celles des banques de données génétiques, 2011 à aujourd'hui.

Alignement de séquences (logiciel BioEdit), 2011 à aujourd'hui.

Analyse de 3,000,000 de séquences provenant de 600 échantillons (pyroséquençage 454), 2014 à aujourd'hui.

Utilisation des ressources informatiques de Calcul Québec  et de Linux, 2013 à aujourd'hui.

Régressions linéaires multiples et analyse de variance (ANOVA), 2011 à aujourd'hui.

Choix de modèle par le critère d'information d'Akaike (AIC), 2011 à aujourd'hui.

Lieux où j'ai voyagé dans le cadre de mon travail

Kamloops, Colombie-Britannique, Canada, 2004.

Corvallis, Oregon, USA, 2011.

Toronto, Ontario, Canada, 2013.

Cambridge (Boston), Massachusetts, USA, 2014.

Flagstaff, Arizona, USA, 2015.


REMERCIEMENTS

Anne Pringle  de l'Université Harvard ainsi que toute son équipe de laboratoire pour vos précieux conseils.
Rosanne Healy  de l'Université Harvard pour la transmission des connaissances.
Erik Hobbie  de l'Université du New-Hampshire pour la collaboration en cours, les informations et la stimulation de mon projet.
Philippe Massicotte  et Louis Houde  pour l'aide et les conseils relativement aux statistiques.

André Gagné, Aida Azaiez, Marie-Ève Beaulieu, Laurent Fontaine, Jessika Pickford, Jean-Guy Catford, François Belzile, Suzanne Marchand, Louis Bernier, Serge Sokolski, Christiane Noël et Johanne Beaulieu de l'Université Laval . Pour les conseils, le support et l'accès aux infrastructures.

Alain Goulet et Richard Janvier du service de microscopie de l’IBIS de l'Université Laval  pour le temps mis sur mon projet.

Mario Boutin du service d'autoclave et de lavage de l’IBIS de l'Université Laval  pour le temps mis sur mon projet.

Jean Bérubé, Julie Dubé, Guillaume Nicolas du Centre de foresterie des Laurentides, Ressources naturelles Canada  et Julien Ponchart de l'Université Laval . Pour le support constant, soit sur le plan professionnel (le suivi, les conseils, l'aide à la résolution de problèmes et les discussions stimulantes) et sur le plan matériel et accès aux infrastructures.

Marie Lagacé du Centre de foresterie des Laurentides, Ressources naturelles Canada . Pour la formation, le temps mis sur mon projet et l'accès au laboratoire.

Patrick Gagné pour le travail en bio-informatique et de laboratoire. Merci pour ta bonne humeur, pour tes idées innovantes et pour ton intérêt dans mon projet.

Gregory Bonito de Duke University  pour les informations clés sur le séquençage.

Serge Audet pour les excellentes idées d'optimisation du processus d'identification des séquences d'ADN.

Jim Trappe, Michael Castellano et Matt Trappe de l'Oregon State University  ainsi que Efren Cazares de Mycoroots  et Mrs Heinz. Pour m'avoir accueilli en Oregon et pour la transmission de votre savoir autant en laboratoire et que sur le terrain.

Miriane Tremblay, responsable du Service de la conservation et de l’éducation au Parc national des Hautes-Gorges-de-la-Rivière-Malbaie . Pour avoir cru en mes capacités, m'avoir permis de m'associer à la SEPAQ et pour les ressources apportées au projet.

Benoit Dubeau, responsable du Service de la conservation et de l’éducation au Parc national des Hautes-Gorges-de-la-Rivière-Malbaie . Pour la continuité et le suivi du projet et pour les ressources apportées.

Ève Murray, technicienne en milieu naturel du Parc national des Hautes-Gorges-de-la-Rivière-Malbaie . Pour l'intérêt porté aux résultats et au suivi du projet.

Miriane Demers-Lemay, Julie Michaud, Jimmy Paradis et Chloé Gosselin. Équipe de terrain du Parc national des Hautes-Gorges-de-la-Rivière-Malbaie . Merci pour votre minutie et votre persévérance ainsi qu'à Miriane pour m'avoir permis d'habiter chez elle.

Tout le personnel de la Forêt Montmorency . Merci pour toutes les fois où vous m'avez dépannée ! J'ai souvent du dévier des procédures habituelles et je suis reconnaissante de votre flexibilité qui m'a permis de mener mon projet à terme.

Guylaine Guillemette, Patricia Bolduc, Marcel Cloutier, Johanne Brouillette, Guillaume Rheault, Marie-Audrey Nadeau Fortin, Vincent Lamarre, Denis Marcotte, Annie Desmarteau, Marc-André Desmarteau, Johannie Labillois, Gisèle Cloutier,André Théroux, Guillaume Giroux, Annie Guillemette, Rémi Bureau, Jean Bérubé, Élisabeth Garin, Agathe Bérubé, Jérôme Quirion, Francesca Marzitelli et Domenico Marzitelli. Équipe de terrain de la Forêt Montmorency . Pour votre entrain, votre persévérance, votre professionnalisme... pour toutes ces fois sous la pluie et la fameuse journée sous la grêle !

Jean-Paul Lussiaà-Berdou, Lyane Tremblay, Claudine Boudreau, J. André Fortin et Robert Charpentier. Équipe de bénévoles en recherche de champignons hypogés du Cercle des mycologues amateurs de Québec . Votre travail a été fort précieux et surtout l'apport de vos connaissances et de votre savoir faire.

Jérôme Quirion, Les jardins de pommes  pour les sorties aux hypogés, le partage des connaissances et les conversations stimulantes.

Pierre Blanchette et Jean-Claude Bourgeois du Ministère des Ressources naturelles et de la Faune . Pour la formation et les conseils relativement à la prise de données sur le terrain et à la base de données s'ensuivant.

Nathalie Desrosiers, Gilles Lupien, Michel Hénault et Aurèle Ouellette du Ministère des Ressources naturelles et de la Faune  ainsi que Marie-Line Dutil et Bertrand Le Grand du Cégep de Sainte-Foy . Pour le don de micromammifères me permettant de tester le protocole de laboratoire (extraction, amplification et séquençage de l'ADN) ainsi que pour les conseils.

France Barrette du Centre de formation professionnelle Mont-Laurier , Michel Hénault du Ministère des Ressources naturelles et de la Faune , Philippe Lévesques et A.J. Milles trappeurs gestionnaires  et Pauline Priol de l'Université du Québec en Abitibi-Temiscamingue  pour les échantillons de polatouches.

Steeve Côté et Sonia de Bellefeuille de l'Université Laval  pour les échantillons de cerfs de Virginie.

Claude Isabel et son équipe du Parc national de la Gaspésie  pour les échantillons de caribous.

Christine Juge de l'Université Laval  pour les échantillons de Cenococcum geophilum.

Krystyna Klimaszewska et Catherine Overton du Centre de foresterie des Laurentides, Ressources naturelles Canada  pour les échantillons de pins et d'épinettes.

Francesca Marzitelli pour la transmission des connaissances et du savoir faire.

Carole Puma, Marie-Ève Dextrase, Julie Decouttere et Denis Garand de l'équipe de Best in Genomics .

Jacques Laliberte du Séminaire de Québec . Pour l'autorisation d'accès à votre territoire entre mes deux terrains d'échantillonnage.

Hélène Glémet de l'UQTR  pour m'avoir introduit aux sciences.

Sandra Cloutier pour la traduction et révision anglaise de ce site Internet.

Ainsi qu'à mon directeur Yves Piché et mes codirecteurs André Desrochers et J. André Fortin . Pour toute la paperasse ajoutée à votre tâche à cause de moi. Pour tous les moments où j'étais complètement bloquée et auxquels vous avez répondu si rapidement. Pour l'écoute, les conseils, les idées et les rêves de recherches que nous concrétisons ensemble.


PHOTOS DE TERRAIN

Le mélange qui servira à appâter les micromammifères.

Les plaques appâtées prêtes à être déposées en forêt.

Le ramassage des fèces sur les plaques de nourrissage.

Quelques photos de champignons hypogés ou autres structures à identifier, obtenus sur le terrain.

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1 et 2 mai 2017
Coeur des sciences de l'UQAM

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10-11 mai | Université Laval

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25-26 mai | Université Laval

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CEF-Formation

Introduction à GGPlot2 
13 avril 2017 à l'UQAM | 20 avril 2017 à l'UQAT

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Cours du CEF

Analyse des pistes et modélisation par équations structurelles pour écologistes 
1–5 mai 2017 | Université de Sherbrooke
Path analysis and structural equation modelling for ecologists 
May 1–5 2017 | Université de Sherbrooke
8e Semaine de Dendroécologie de la FERLD 
16–21 mai 2017 | FERLD
Cours d'été: Terrain avancé en environnement (GÉO 6041) 
Cours aux cycles supérieurs de 3 crédits offert par François Girard, du 2 au 7 juillet 2017 à la Forêt Montmorency non loin de Québec.
Cours d’été en statistiques bayésiennes – Summer school in Bayesian statistics 
École d’été en statistiques bayésiennes. Maximum de 20 participants.
14 au 18 août | Orford Musique (à 30 minutes de Sherbrooke)
Aménagement des écosystèmes forestiers (ENV7010) 
14 au 25 août 2017, FERLD, Abitibi
Cours sur la complexité 
24-29 septembre 2017, Toscane, Italie

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...Une exposition
virtuelle sur l'arbre!

********************************************************** ***************** Boîte à trucs *************** **********************************************************

CEF-Référence
La référence vedette !

Jérémie Alluard (2016) Les statistiques au moments de la rédaction 

  • Ce document a pour but de guider les étudiants à intégrer de manière appropriée une analyse statistique dans leur rapport de recherche.

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