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CEF-Référence - Articles

Voici quelques articles-clés recommandés par les chercheurs et professionnels du CEF.

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Écologie

Mycologie
James, T.Y. & al. (2006) Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny. Nature, 443:818-822.
  • Article fort intéressant portant sur l'évolution des champignons et leur classification. (AG)
Horton, T.R., and Bruns, T.D. (2001) The molecular revolution in ectomycorrhizal ecology: peeking into the black-box. Molecular Ecology, 10:1855-1871.
  • Article résumant les dernières découvertes faites en écologie moléculaire des champignons ectomycorhiziens. (AG)
Foresterie et changements climatiques
Business for Social Responsibility (2007) | Bio-Carbon Business Brief | Bio-Carbon and Corporate Climate Strategy: A Business Brief on Emissions Reductions Via Forestry and Land Use Projects, 24 pages (pdf) 
  • Un document qui résume les défis et les opportunités des crédits de carbone liés aux projets forestiers. C'est un article "business oriented" qui vulgarise bien le sujet (MD)
Chris Henschel and Tim Gray (2007) Forest Carbon Sequestration and Avoided Emissions a background paper for the Canadian Boreal Initiative/Ivey Foundation Forests and Climate Change Forum, October 15th to 17th, 2007, Kananaskis, Alberta, 30 p. (pdf) 
  • Document qui dresse un portrait éclairant avec plusieurs données sur le rôle de la forêt dans la lutte aux changements climatiques. Une vision de groupes écologistes sur la question forestière. (MD)
Business for Social Responsibility (2008) | Measuring Corporate Impact on Ecosystems: A Comprehensive Review of New Tools, 18 pages (pdf) 
  • Un document synthèse sur les services rendus par les écosystèmes et comment les industries affectent positivement et négativement nos milieux (MD)

Information spatiale

Analyse spatiale
LEGENDRE, Pierre (1993) Spatial Autocorrelation - Trouble or New Paradigm., in Ecology 74(6):1659-1673.
  • Un article fondamental pour comprendre l'impact de la structure spatiale des données écologiques sur l'analyse statistique qui en est faite. (PR)
RANGEL, Thiago Fernando L. V. B., DINIZ-FILHO, José Alexandre Felizola and BINI, Luis Mauricio (2006) Towards an integrated computational tool for spatial analysis in macroecology and biogeography, in Global Ecology and Biogeography, 15, 321-327
  • Le principal article publié suite aux recherches ayant mené à la création du logiciel SAM. (PR)

Statistique

Statistique générale
  • Ce document a pour but de guider les étudiants à intégrer de manière appropriée une analyse statistique dans leur rapport de recherche.
Douglas G Altman; J Martin Bland (2005) Standard deviations and standard errors .
  • Ce court article vous explique clairement la différence entre l'écart-type (standard deviation) et l'erreur-type (standard error). Enfin vous saurez quoi afficher sur vos graphiques !(SB)
  • Ce petit rapport humoristique vous explique le fonctionnement du khi2 de façon simple et compréhensible, un peu d'humour dans ce monde pas toujours très conviviale et on finit par aimer les stats ! (SB)
Hurlbert, S.H. (1984) Pseudoreplication and the design of ecological field experiments. Ecological Monographs, 54, 187-211.
  • Un des articles en statistiques le plus cité en écologie. Hurlbert fait le tour de la question de la pseudoréplication et du design des expériences de terrain en écologie. C'est un bon article à lire avant de se lancer sur le terrain et de récolter les données. (MM)
  • Un article accessible illustrant la sélection de modèle et l'inférence multimodèle à partir de l'AIC et de ses mesures dérivées sur différents types de modèles linéaires généralisés (GLM's). Les données utilisées dans les exemples de cet article sont disponibles dans le package R AICcmodavg  disponible sur le site de R  et ses nombreux sites miroirs. (MM)
  • Cet article vous aidera à comprendre l'impact des chambres de croissance sur vos données et vous aidera donc à planifier vos expériences en conséquences, à lire attentivement ! (SB)
  • Ceci n’est pas une revue exhaustive mais une courte introduction sur l'utilisation du critère d’information d'Akaike (AIC) pour la sélection de modèles.
Analyses multivariées
Legendre, P. & M. J. Anderson (1999) Distance-based redundancy analysis: testing multi-species responses in multi-factorial ecological experiments. Ecological Monographs, 69 (1), 1-24. (SD)
Legendre, P. and E. Gallagher (2001) Ecologically meaningful transformations for ordination of species data. Oecologia, 129, 271-280. (SD)
Modèles incorporant la probabilité de détection
Lebreton, J.-D., Burnham, K.P., Clobert, J., & Anderson, D.R. (1992) Modeling survival and testing biological hypotheses using marked animals: a unified approach with case-studies. Ecological Monographs, 62, 67-118.
  • Un bon article faisant une synthèse des techniques de modélisation de la survie à partir des analyses de capture-marquage-recapture pour populations ouvertes. Les auteurs utilisent plusieurs bons exemples pour illustrer l'interprétation des résultats à partir de ces modèles. (MM)
Pollock, K.H., Nichols, J.D., Brownie, C., & Hines, J.E. (1990) Statistical inference for capture-recapture experiments. Wildlife Monographs, 107, 1-98.
  • Un article présentant le design expérimental et l'analyse des données à l'aide des modèles de capture-marquage-recapture pour les populations ouvertes. C'est un ouvrage qui est une lecture nécessaire à quiconque s'intéresse à l'estimation des paramètres de survie d'individus de populations animales. (MM)
Otis, D.L., Burnham, K.P., White, G.C., & Anderson, D.R. (1978) Statistical inference from capture data on closed animal populations. Wildlife Monographs, 62, 1-135.
  • Un article présentant le design expérimental et l'analyse des données à l'aide des modèles de capture-marquage-recapture pour les populations fermées. C'est un ouvrage qui est une lecture nécessaire à quiconque s'intéresse à l'estimation de l'abondance de populations animales. (MM)

Modélisation

Jackson, L.J., Trebitz, A.S., and Cottingham, K.L. (2000) An introduction to the practice of ecological modeling BioScience 50(8): 694-706.
  • Un article recommandé par Charles D. Canham qui résume tout le processus de modélisation en écologie, de la conception à la calibration. Il traite, de façon générale, des rôles et des types de modèle, mais également de questions plus techniques de programmation. Cet article est une introduction fort utile pour quiconque souhaite s’aventurer en modélisation. (G. Ste-Marie)
Parrott, L. and R. Kok. (2000) Incorporating complexity in ecosystem modelling Complexity International 7.
  • De façon générale, cet article fait le lien entre la complexité et la modélisation des écosystèmes. Il présente le processus de modélisation permettant de modéliser un écosystème comme un système complexe. L’article met l’accent sur l’approche de modélisation dite « bottom-up ». Se faisant on y explique comment utiliser les différents types de modèle orienté-objet (orienté-individu, orienté-agent, automate cellulaire) à la modélisation des écosystèmes. (EF)

Rédaction scientifique

George D. Gopen and Judith A. Swan (1990) The science of scientific writing, in American Scientist, 78, 550-558
  • Un classique pour comprendre comment bien écrire son article et savoir comment articuler ses phrases. (SB)
Kaj Sand-Jensen (2007) How to write consistently boring scientific literature, in Oikos online articles (doi: 10.1111/j.2007.0030-1299.15674.x)
  • Un article humoristique qui critique les façons d'écrire une science relativement ennuyante !!! Mais qui permet rapidement de saisir les objectifs à atteindre. À lire sans modération ! Vous pouvez le télécharger en tapant le titre directement dans Google. (SB)
Fox & Petchey (2010) The Peer Review Crisis 
  • Fox & Petchey viennent de publier une idée intéressante pour régler le problème de l'évaluation par les paires, à savoir le déséquilibre entre le nombre de personnes qui soumettent des articles par rapport au nombre qui révisent des articles. Ils sont d'avis les auteurs devraient faire leur part de révisions de manuscrit en proportion avec ce qu'ils demandent eux-mêmes au système. Il y a même une pétition à signer . (Alain Paquette)
NEW SERIES OF EDUCATIONAL VIDEOS ON THE PUBLICATION OF PEER REVIEWED RESEARCH 
The Publications Division of the American Chemical Society (ACS) today announced the launch of Publishing Your Research 101, a new educational, web-based video series designed to support authors and reviewers with the process of writing, submitting, reviewing, and editing reports of original scientific research intended for publication in peer-reviewed journals.

The video series, freely available from ACS Publications covers topics such as the essential elements of a scientific journal article, ethical guidelines for authors and reviewers, criteria to consider when selecting a suitable journal for submission, writing a good cover letter, suggesting peer reviewers, responding to reviewer comments and editorial decisions, and guidance for authors who may need assistance with English language writing skills. New videos will be released on a monthly basis throughout 2011.

Publishing Your Research 101 features interviews with prominent authors and Editors of ACS journals about all aspects of the publication process. They provide their unique points of view from their own experiences with ACS journals and offer practical advice for publishing peer-reviewed research intended for interdisciplinary scientific audiences, such as chemistry, biology, medicine, physics, and engineering.

Kenneth Lertzman (30 novembre 2010) Comment rédiger une thèse avec succès!
  • Le 30 novembre dernier, le chercheur Kenneth Lertzman de Simon Fraser University, a présenté un séminaire sur la rédaction thèse. Il nous fait plaisir de vous diffuser ces documents en ligne, afin que tous les membres du CEF puissent en bénéficier :

A pdf of my writing paper  | A pdf of the powerpoints of thesis writing  | An example of a paper from my thesis which uses hypotheses in the way I was advocating  - and one on which I've got lots of positive feedback on the wiritng. I hope this is all useful - Kenneth.

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1 et 2 mai 2017
Coeur des sciences de l'UQAM

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10-11 mai | Université Laval

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25-26 mai | Université Laval

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CEF-Formation

Introduction à GGPlot2 
13 avril 2017 à l'UQAM | 20 avril 2017 à l'UQAT

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Cours du CEF

Analyse des pistes et modélisation par équations structurelles pour écologistes 
1–5 mai 2017 | Université de Sherbrooke
Path analysis and structural equation modelling for ecologists 
May 1–5 2017 | Université de Sherbrooke
8e Semaine de Dendroécologie de la FERLD 
16–21 mai 2017 | FERLD
Cours d'été: Terrain avancé en environnement (GÉO 6041) 
Cours aux cycles supérieurs de 3 crédits offert par François Girard, du 2 au 7 juillet 2017 à la Forêt Montmorency non loin de Québec.
Cours d’été en statistiques bayésiennes – Summer school in Bayesian statistics 
École d’été en statistiques bayésiennes. Maximum de 20 participants.
14 au 18 août | Orford Musique (à 30 minutes de Sherbrooke)
Aménagement des écosystèmes forestiers (ENV7010) 
14 au 25 août 2017, FERLD, Abitibi
Cours sur la complexité 
24-29 septembre 2017, Toscane, Italie

********************************************************** ***************** Maudite pub - Budworm ****************** **********************************************************

********************************************************** ***************** Maudite pub - Colibri **************************** **********************************************************

********************************************************** ***************** Maudite pub - NewForest **************************** **********************************************************

********************************************************** ********** Maudite pub 6 - Au coeur de l'arbre *********** **********************************************************

...Une exposition
virtuelle sur l'arbre!

********************************************************** ***************** Boîte à trucs *************** **********************************************************

CEF-Référence
La référence vedette !

Jérémie Alluard (2016) Les statistiques au moments de la rédaction 

  • Ce document a pour but de guider les étudiants à intégrer de manière appropriée une analyse statistique dans leur rapport de recherche.

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