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CEF-Référence - Logiciels

Inventaire des logiciels et des sites webs ressources qui y sont associés, recommandés par les chercheurs et professionels du CEF.

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Génomique

Sequencher  - Sequencher 4.7 (2004) est un logiciel d'analyse de séquence d'ADN très complet pour MAC et Windows. Malgré son prix élevé (environ 2500$), Sequencher est puissant et facile à utiliser. Il offre plusieurs options d'édition ainsi que la possibilité d'importer de nombreuses séquences de référence de Genbank . (AG)


Gestion de base de données

Access

Microsoft Access  - De loin le système de gestion de base de données le plus utilisé dans le monde.

Points forts:

  • Très simple à installer et ne requiert pas de configuration complexe.
  • Interropérabilité: Puisque toutes la base est stockée dans un seul fichier, il est très simple de distribuer une base montée avec Access. Ce n'est généralement pas le cas avec d'autres systèmes.
  • Simplicité à créer des formulaires et des applications (avec VB).

Points faibles:

  • Ne supporte pas les "triggers" et les procédures
  • Réagit mal dans des environnements avec plusieurs usagers. Son usage devrait être limité à de petites bases.


Ressources Access sur le web

Autres

MySQL  - Un incontournable pour les gens désirant développer des bases de données à l'aide d'un logiciel OpenSource. Toute la documentation ainsi que les produits téléchargeables se retrouvent sur le site. (DL)


Information spatiale

Systèmes d'information géographique

ArcGIS  - ArcGIS 9.3 est la nouvelle génération (Après Arc/INFO et ArcView) du système d'information géographique de ESRI. De loin l'un des package GIS les plus complet sur le marché, ArcGIS a su s'imposer dans les universités et les services gouvernementaux. C'est le logiciel de SIG le plus utilisé dans le monde après MapInfo. ArcGIS vient avec un module de gestion de fichier (ArcCatalog), un module d'édition de carte (ArcMap), un module de geoprocessing (ArcToolBox), un module de visualisation 3D (ArcScene) et un viewer gratuit (ArcReader).

Ses points forts sont:

  • Standard de fichier: le format shape (inventé par ESRI) est de loin le format vectoriel d'information géographique le plus utilisé. Le nouveau format geodatabase, qui remplace le format coverage, offre quant lui beaucoup de possibilité d'expression de modélisation.
  • Conversion de données: ArcGIS comprend beaucoup d'outils très puissants pour manipuler les objets géographiques.

Ses points faibles sont:

  • Pseudo SQL: Contrairement à MapInfo, ArcGIS supporte seulement la partie WHERE du SQL. Il ne permet pas de faire des requètes complexes avec GROUP BY, sur plusieurs tables ou incluant seulement quelques champs.
  • Séparation des opérations géométriques de l'interface d'édition: Les outils de géoprocessing ne sont pas très bien intégrés dans l'interface d'édition de carte (ArcMap).
  • Son prix; Le module ArcMap se détaille à environ 2000$ et la suite complète (avec les extensions) à environ 20000$.

Pour les étudiants de l'UQAM, l'université possède une license institutionnelle pour la suite ArcGIS. Pour que le programme fonctionne, l'ordinateur (portable ou de bureau) doit être connecté au réseau de l'UQAM. Pour obtenir une license, contactez Luc Lauzon ou Mélanie Desrochers.


Ressources ArcGIS sur le web

  • ArcGIS dans Wikipedia 
  • Forum ArcGIS  - Le forum oficiel de support pour ArcGIS chez ESRI. Pour poser les questions les plus pointus. (PR)
  • Extension Et GeoWizards et Et GeoTools  - Deux extensions partiellement gratuites qui simplifient les conversions des shapefiles de points en lignes, des lignes en polygones, permet le calcul des aires, des périmètres etc. Cette extension permet surtout de sauver beaucoup de temps !!! Attention, il reste que la version gratuite est limitée dans le nombre de données qu'elle peut traiter. (SB)
  • Hawths analysis tools  - Cette extension permet de faire des calculs reliés aux localisations animales ainsi que tout le processus de choix d'échantillonnage. Cette extension est gratuite et très utile. Attention elle ne supporte pas les différences de projections, si vous avez plusieurs shapefiles affichés dans des projections différentes vous serez obligés de les convertir afin qu'ils soient tous visibles dans la même. (SB)
  • Jenness Enterprises  - Cette compagnie a développé un nombre d'extensions pour ArcView au départ et est en train d'en développer d'autres pour ArcGis. Quasiment toutes ces extensions sont gratuites et non limitées. (SB)
  • Xtools Pro  - Cette extension est partiellement gratuite, elle vous donne accès à des fonctionalités que les autres extensions ne vous offrent pas forcément (aller voir sur le site leur liste sous l'onglet Tools). La version d'essai de 30 jours vous donne accès à toutes les fonctionalités, par la suite, certaines restent actives d'autres non. (SB)

ArcView  - ArcView 3.2 (1999) et 3.3 (2002) est la version grand marché (environ 2000$) de ArcInfo qui se compare à MapInfo . Bien qu'aujourd'hui dépassé (pas de reprojection on the fly, interface primitive, etc...), il est encore beaucoup utilisé. De nombreuses programmes très utiles ont été développées pour ArcView avec le language Avenue. Comme ArcGIS ne supporte plus Avenue, ces programmes n'ont pas nécessairement d'équivalent dans ce dernier.

ArcView est aussi le nom de la license ArcGIS de base qui vaut à peu près le même prix. Cette version ne supporte pas Avenue.


Ressources ArcView sur le web

  • ArcView dans Wikipedia 
  • Jenness Enterprises  - Cette compagnie a développé un nombre d'extensions pour ArvView au départ et est en train d'en développer d'autres pour ArcGis. Quasiment toutes ces extensions sont gratuites et non limitées. (SB)
Autres

DNR Garmin  - Ce petit programme permet de télécharger vos points GPS Garmin vers un shapefile (ArcGIS) ou de uploader des points vers le GPS. Guide d'utilisation DNR Garmin  voir chapitre 9: Transfert de données (MD)

Tableau comparatif des fonctions Geoprocessing  - Ce tableau permet de comparer les fonctions d'ArcGIS 9 de Overlay et Extract, dont Intersect, Union, SymDiff, Clip, Erase, Identity et Update. (MD)

Logiciel pour conversion entre coordonnées géographiques (lat/long) et UTM  - Voici un outil développé par Ressources naturelles Canada (à télécharger ou à utiliser en ligne) qui permet de convertir des coordonnées UTM en coordonnées géographiques (degrés, minutes, secondes ou degrés décimaux) et vice-versa. L'application à télécharger est un peu rébarbative (interface DOS), mais une fois qu'on la connaît un peu, elle fait bien son travail. (Commentaire transmis par L.-D. Aubin-Fournier à MM)

Petit guide de démarrage sur ArcGIS  ce guide se veut une aide sur les fonctions les plus utilisées en écologie et les plus élémentaires lorsqu'on débute en cartographie numérique. N'hésitez pas à communiquer avec Sophie Brugerolle pour y demander des ajouts. SB

!!!Modélisation ----

Outils de correction de la langue française

Antidote RX  - Antidote RX (2006), de la firme québecoise Druide informatique, est une mise à jour (69$) de la série Antidote. Ce populaire logiciel de correction de la langue française prend de plus en plus de place sur le marché et ruine la concurrence. À ma connaissance, comme aide textuelle, je ne connais pas meilleur logiciel. Pour un mot en particulier, consultez la liste des synonymes ou antonymes, des locutions, des analogies, des anagrammes ou des mots de même famille. Découvrez ses citations, sa conjugaison complète ou encore l'univers inédit de ses cooccurrences, et appréciez l'interaction intelligente entre tous ces ouvrages. Avec sa richesse incomparable, son interface intuitive et sa vitesse foudroyante, Antidote repousse les limites des dictionnaires du français. Sur Mac, Antidote RX s'installe aussi bien sur les systèmes PowerPC qu'Intel, et sous Windows sur processeurs 64 bits. Attention, Antidote n'est pas à toute épreuve, il faut quand même posséder une base en français. Ne vous attendez pas à ce qu'il réécrive votre texte, mais plutôt à ce qu'il vous fournisse tous les outils pour le rédiger. (AG)


Ressources Antidote sur le web

Termium est maintenant gratuit!  - Vous l'aurez deviné, Termium sert à traduire des termes (anglais, français, espagnol), mais l'avantage est que Termium vous donne la source, le domaine où le terme est utilisé et indique si le terme est correct... il y a donc beaucoup plus de termes spécialisés (en sylviculture entre autres) que dans un dictionnaire. Un example : tapez "partial harvest" dans Google et vous vous retrouvez avec "moisson partielle" comme traduction! Tandis que Termium traduit correctement par "coupe partielle" et vous dit que le terme est utilisé dans les domaines "exploitation forestière" et "sylviculture" (Merci à Maryse Marchand pour la nouvelle!)

Statistique

Statistique générale
R  - Ce puissant logiciel a été développé par une équipe de programmeur et statisticiens bénévoles. Il est téléchargeable gratuitement sur le site du projet R  où on peut y trouver plusieurs ressources.

Quelques points forts:

  • Grande flexibilité de programmation pour effectuer plusieurs analyses statistiques et opérations matricielles
  • Un nombre impressionnant de fonctions pour des opérations ou analyses moins conventionnelles sont disponibles gratuitement
  • Logiciel gratuit
  • Mise à niveau gratuite
  • Plusieurs livres et documents techniques sur l'utilisation du logiciel
  • Très bonne qualité et flexibilité graphique

Quelques points faibles:

  • Nécessite une bonne connaissance du langage R
  • Absence d'interface graphique avec le logiciel de base


Ressources R sur le web

  • R dans Wikipedia 
  • Tinn-R  - Ce petit éditeur permet d'optimiser l'utilisation de R, car il reconnaît la syntaxe, fournit une liste d'arguments possible pour chaque fonction, et permet d'envoyer directement le script à R (au lieu de copier-coller dans la fenêtre de commandes). À noter que l'éditeur reconnaît également une série d'autres langages incluant C, C+, C++, HTML, XML, TeX, JAVA. Un outil indispensable pour les utilisateurs de R. Pour vous éviter d'avoir à reconfigurer R, je recommande la version 1.17.2.4. (MM)
  • The Comprehensive R Archive Network  - On peut y télécharger la plus récente version du logiciel R ainsi que quelques documents. (MM)
  • R Tips  - Un amalgame de plusieurs trucs simples et pratiques pour fonctionner dans R. (MM)
  • R Graph Gallery  - On y trouve ici un amalgame des codes nécessaires pour obtenir une grande variété de graphiques dans R. (MM)
  • R Site Search  - Ce site pratique permet de faire une recherche dans les archives de la liste R-Help. (MM)
SAS/STAT  - Ce puissant logiciel est le fruit du SAS Institute . Le produit SAS/STAT se dévoue à l'analyse statistique, bien que plusieurs autres composantes soient disponible dans la gestion des données.

Quelques points forts:

  • Grande flexibilité de programmation pour effectuer plusieurs analyses statistiques et opérations matricielles
  • Macros disponibles pour effectuer des opérations ou analyses moins conventionnelles
  • Plusieurs livres et documents techniques sur l'utilisation du logiciel

Quelques points faibles:

  • Pas d'interface graphique
  • Nécessite une bonne connaissance du langage SAS
  • Le coût élevé à l'achat
  • Le coût de la licence annuelle
  • Le coût des mises à niveau

(Note: plusieurs universités paient pour une licence annuelle qui leur permet d'offrir SAS gratuitement à leur personnel chercheur et étudiant)


Ressources SAS sur le web

  • SAS dans Wikipedia 
  • Karl Wuensch's SAS Programs Page  - On peut retrouver plusieurs programmes pratiques sur ce site web d'un professeur de la East Carolina University. (MM)
  • Codes SAS tirés de livres SAS  - Ce site fournit plusieurs jeux de données et codes utilisés dans un très grand nombre de livres illustrant l'utilisation du logiciel SAS. Fortement recommandé à quiconque veut reproduire les analyses figurant dans les publications SAS dans le but de mieux comprendre la syntaxe SAS et son application. (MM)
  • Codes et trucs SAS de York University  - Vous trouverez ici plusieurs ressources pratiques sur la programmation dans SAS utiles autant pour le débutant que pour les utilisateurs plus avancés. (MM)
  • Codes et trucs SAS de UCLA  - Ce site est riche de codes SAS, documents, macros, et conseils pratiques à quiconque désire optimiser son utilisation du logiciel SAS/STAT. (MM)
JMP  - Ce logiciel est aussi produit par le SAS Institute  mais, il est beaucoup plus facile à utiliser que le module SAS/STAT et est abordable pour un utilisateur non-corporatif. JMP est plus ou moins le pendant de SAS avec interface graphique et menus déroulants. L'utilisateur n'a pas à apprendre de language de programmation. Il permet d'effectuer des analyses de toutes sortes, très simples ou, grâce à de nombreuses options, des très spécialisées. Il est aussi très développé pour la présentation des résultats et l'exportation de ceux-ci en formats récupérables par d'autres logiciels d'édition graphique.

JMP est construit de manière à aider les utilisateurs dans le choix des méthodes statistiques appropriées pour leurs données. Ceci est un avantage rarement offert par un logiciel d'analyse statistique, mais peut aussi s'avérer un couteau à deux tranchants si l'utilisateur n'est pas familier avec les méthodes proposées ou n'a pas accès à du soutien statistique. JMP Genomics  est un module spécialisé en analyses génomiques.


Ressources JMP sur le web

SPSS  - Avec ce logiciel développé originalement par SPSS Inc.  pour les sciences sociales, l'utilisateur peut effectuer plusieurs analyses conventionnelles à l'aide des menus et sous-menus Windows.

Quelques points forts:

  • Logiciel générique facile d'usage et adéquat pour plusieurs problèmes conventionnels
  • Bonne interface graphique
  • Convivial

Quelques points faibles:

  • Limite du types d'analyses possibles avec ce logiciel
  • Plusieurs analyses non conventionnelles ne sont pas disponibles
  • Faible coût à l'achat, mais coût additionnel pour les mises à niveau


Ressources SPSS sur le web

  • SPSS dans Wikipedia 
  • SPSS tools  - On peut trouver ici plusieurs ressources, dont un nombre impressionnant de trucs de syntaxe, macros, et scripts pour les utilisateurs de SPSS. (MM)
Modèles incorporant la probabilité de détection

DISTANCE  - Ce logiciel permet d'estimer la probabilité de détection et l'abondance d'animaux à partir de données récoltées sous un design d'échantillonnage de distance (distance sampling). Il est disponible gratuitement sur le site.

Quelques points forts:

  • Permet d'estimer l'abondance après avoir tenu compte de la probabilité de détection
  • Permet d'utiliser des modèles particuliers lorsque certaines suppositions ne sont pas respectées (i.e., détection imparfaite à la distance 0)
  • Bonne interface graphique Windows

À noter qu'un type d'analyse spécifique (mark recapture distance sampling) nécessite l'installation du logiciel R, car cette analyse s'effectue à l'aide d'une bibliothèque de R et les résultats sont ensuite importés dans DISTANCE.

MARK  - Ce logiciel polyvalent a été développé spécifiquement pour une multitude d'analyses incorporant la probabilité de détection pour des populations ouvertes ou fermées. On peut télécharger gratuitement la plus récente version sur le site. On peut également y consulter plusieurs documents techniques de capture-marquage-recapture.

Quelques points forts:

  • MARK est un logiciel assez convivial (avec menus Windows), et on peut l'utiliser à l'aide de menus et sous-menus
  • MARK supporte une grande variété de modèles de capture-marquage-recapture
  • Utilisation de matrices de design pour plus de flexibilité
  • Permet de simuler des données à partir de la valeur des paramètres estimés

Quelques points faibles:

  • MARK nécessite énormément de mémoire et il faut donc garder le nombre de fenêtres ouvertes de Windows au minimum, sinon le programme peut devenir instable
  • Nécessite une bonne connaissance des modèles de capture-marquage-recapture afin d'éviter des erreurs dans la modélisation
  • Nécessite un grand écran lorsqu'on a de très grandes matrices de design



Ressources MARK sur le web

  • www.phidot.org  - On y trouve plusieurs ressources dont l'excellent ouvrage "Program MARK: A gentle introduction" qui s'avérera un document indispensable à quiconque désire utiliser le programme MARK. On peut également accéder à un forum de questions d'analyses de marquage-capture-recapture très utile. (MM)

PRESENCE  - Ce petit logiciel a été développé spécifiquement pour les analyses d'occupation de site à une ou plusieurs saisons. Il est disponible gratuitement sur le site.

Quelques points forts:

  • Permet de modéliser les analyses de présence/absence en tenant compte de la probabilité de détection
  • Permet de simuler des données d'occupation de site à partir de valeurs des paramètres

Quelques points faibles:

  • Ce logiciel peut parfois être instable et il est conseillé de sauvegarder les données régulièrement
  • Quelques fonctionnalités de Windows ne sont pas totalement supportées par PRESENCE

SURVIV  - Ce puissant logiciel, extrêmement polyvalent et précurseur de MARK, est encore utilisé aujourd'hui dans une multitude d'analyses de capture-marquage-recapture. On peut le télécharger gratuitement sur le site.

Quelques points forts:

  • Sa grande flexibilité en fait encore un logiciel utilisé aujourd'hui
  • Certaines analyses ne peuvent être effectuées qu'avec ce logiciel

Quelques points faibles:

  • Environnement DOS et FORTRAN
  • Nécessite une très bonne connaissance de programmation et de la théorie derrière les modèles de capture-marquage-recapture
  • À déconseiller aux néophytes

Autres sites où se procurer des logiciels incorporant la probabilité de détection

  • Patuxent Software Archive  - On peut y télécharger une variété de logiciels dont plusieurs développés par Jim Hines du Patuxent Wildlife Research Center permettant l'estimation de la probabilité de détection découlant des techniques de capture-marquage-recapture. (MM)
  • CNRS Montpellier  - On peut y télécharger des logiciels de capture-marquage-recapture dont M-SURGE ainsi que des logiciels permettant de tester l'ajustement (goodness of fit) des modèles de survie et modèles multi-états. (MM)
Analyses multivariées
Canoco  - CANOCO (pour CANOnical Community Ordination) est un logiciel spécialisé en analyses exploratoires multivariées telles que les analyses de correspondances (simples, partielles, detendancées, canoniques), les analyses en composantes principales et les analyses de redondances. Il vient avec un module appelé Canodraw qui prend en charge la présentation visuelle des résultats (ordinations).

Les utilisateurs intéressés devraient prendre note que les versions antérieures à la version 4.5 ne sont pas très flexibles avec l'importation de données d'autres logiciels et la présentation visuelle avec Canodraw est très limitée.

ADE-4  est un logiciel développé au laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive de l'Université Lyon. Il contient des fonctions d'Analyses de Données destinées d'abord à la manipulation des données Écologiques et Environnementales avec des procédures Exploratoires Euclidienne, d'où la dénomination ade4.

Depuis 2004, ce gratuiciel (ade-4) est disponible sous R, pour les systemes Mac, Windows, Linux et Unix. L'ancienne version du logiciel (ADE-4 est une installation non-R pour Windows et Mac) est aussi disponible ici  mais il n'est plus maintenue depuis 2004. (BP)

Marti Jane Anderson  a créé un ensemble de gratuiciels pour les statistiques multivariées fonctionnants sur Windows et Mac. Chaque programme permet d'effectuer des tests de permutation -- pour l'analyse canonique des coordonnées principales (programme CAP, qui fait aussi des correlations canoniques et des analyses de fonctions discriminantes canoniques ou Canonical Discriminant Function Analyses), pour MANOVA (programmes PERMANOVA et DISTLM), MANCOVA (programme DISTLM), et des regressions multiples multivariées (DISTLM et DISTLM_forward, le dernier étant pour les régressions "stepwise"). XMATRIX vous permet de construire la matrice de design pour l'ensemble des ANOVA ou des modèles de regression, en plus des matrices pour des tests spécifiques d'effet principal, d'interactions et de contrastes -- Je préfère toutefois les créer moi-même en texte dans EXCEL.

Lorsque vous calculez des indices de similarité dans des échantillons, vous pouvez soit choisir parmi un large éventail d'indices ou utiliser les distances euclidiennes. Les programmes sont idéalement utilisés avec des jeux de données qui contiennent plusieurs variables mais avec peu de rangées (Marti a aussi inclus le programme PCO, un programme basé sur les permutations et qui permet d'obtenir une solution en coordonnées principales) et pour les jeux de données qui ont peu de chance de se conformer à la supposition de normalité multivariée ou univariée et d'homogénéité de la variance parmi les traitements. En rapport avec la dernière supposition, elle a aussi écrit deux programmes pour évaluer l'homoscédasticité multivariée (PERMDISP et PERMDISP2 - extensions multivariées du test de Levene). (BP)

Les logiciels de Pierre Legendre  - Gratuiciels en DOS (et Windows 95) et pour le Mac. (BP)
Blossom  – Gratuiciels pour effectuer des régressions quantiles avec tests de permutation. Produit par Brian Cade et Jon Richards, du US Geological Survey, Fort Collins, Colorado. Il y a un ensemble d'autres logiciels qui sont produits par le USGS sur ce site. (BP)

EQS (structural equations modelling) http://www.mvsoft.com/  (BS)

PC-ORD  sur Windows: Logiciel pour l’analyses multivariées des données ecologiques, par Bruce McCune. Disponible à MjM Software . (BP)

Outils Web

FileZilla  - Du même groupe qui vous a donné Mozilla  Firefox et Thunderbird, voici une application libre ET gratuite de gestion et téléchargement FTP . FileZilla parle français et plusieurs autres langues, possède un gestionnaire de sites FTP génial dans lequel on peut conserver en mémoire tous les sites auxquels on a accès ainsi que leurs configurations particulières. L'outil idéal pour partager sans ennuis vos fichiers importants sur le serveur du CEF. (AP)

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Cours du CEF

Cours d’été en statistiques bayésiennes – Summer school in Bayesian statistics 
École d’été en statistiques bayésiennes. Maximum de 20 participants.
14 au 18 août | Orford Musique (à 30 minutes de Sherbrooke)
Aménagement des écosystèmes forestiers (ENV7010) 
14 au 25 août 2017, FERLD, Abitibi
Cours sur la complexité 
24-29 septembre 2017, Toscane, Italie

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CEF-Référence
La référence vedette !

Jérémie Alluard (2016) Les statistiques au moments de la rédaction 

  • Ce document a pour but de guider les étudiants à intégrer de manière appropriée une analyse statistique dans leur rapport de recherche.

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