Comptes rendus d'évènements
Rapports de stages, de formations et de conférences auxquels ont participé les membres du CEF partout dans le monde!
7 decembre 2022
Mon experience à la conférence nationale de l’Institut forestier du Canada
Un texte de Claudie-Maude Canuel
En septembre dernier se tenait la Conférence nationale 2022 
organisée par l’Institut forestier du Canada (IFC) à Sault Ste. Marie, en Ontario. Le thème, The New Normal (La nouvelle normalité), voulait mettre l’accent sur les opportunités et les enjeux pour le secteur forestier considérant le contexte dynamique induit, notamment, par les changements climatiques, la pandémie de COVID-19 et l’évolution de la demande sociale pour le territoire et les ressources forestières. Les principaux sujets abordés étaient les perturbations naturelles, la reconnaissance des droits et des revendications autochtones, la sylviculture d’adaptation, le marché du carbone et la diversification des produits forestiers. Cet événement pancanadien a été une excellente occasion de partager avec mes collègues venant de partout à travers le Canada. J’ai été surprise de constater combien la façon de pratiquer et de percevoir la foresterie change selon les provinces.
J’ai eu la chance de participer à ce congrès grâce à l’appui financier du CEF, étant étudiante au doctorat en sciences forestières à l’Université Laval affiliée au Centre canadien sur la fibre de bois (CCFB). J’y ai présenté une partie de mes travaux de recherche portant sur l’aspect financier de l’approvisionnement en biomasse forestière sous forme de bois de faible qualité dans l’est du Canada. Mon sujet de thèse porte sur l’harmonisation de l’approvisionnement en biomasse forestière aux activités sylvicoles de récolte et de remise en production des sites pour la production de bioénergie. Il s’insère dans le développement de la bioéconomie, qui est en plein essor à l’échelle mondiale et pour lequel la contribution du secteur forestier canadien est importante.
À la lumière des propos tenus, la pertinence de mettre en commun les activités sylvicoles et les enjeux industriels pour les produits forestiers semble indéniable pour l’évolution du secteur forestier canadien dans La nouvelle normalité. À cet effet, la présentation de mes travaux de recherche m’a valu le 3e prix du concours étudiant d’affiches scientifiques, représentant fièrement le CEF, l’Université Laval, le CCFB ainsi que la francophonie canadienne.
30 novembre 2022
2022 Annual Congress of International Research Network on Cold Forests
Un texte de Todor Minchev
Lacs d’étude Chrono-Environnement dans le massif du Jura.
La forêt boréale étant un des plus grands écosystèmes de la planète, son étude et notre compréhension des processus qui la dynamisent sont essentielles pour prévoir sa réponse face aux changements climatiques actuels. À cette fin, il faut combiner des études actuelles et rétrospectives afin d’avoir un portrait global et complet. Afin de rassembler nos connaissances sur ces sujets et exposer des études en cours, le Laboratoire International de Recherche sur les Forêts Froides et l' International Research Network (IRN) sur les forêts froides se sont rejoints en conférences, d’abord à Besançon, France et ensuite à Joensuu, Finlande.
Du 2 au 4 octobre 2022, la conférence a pris place sur le campus de l’Université de Franche-Compté à Besançon avec sujet les études rétrospectives provenant de sédiments lacustres et sol forestier et une emphase sur les outils moléculaires. Un sujet d’intérêt a été l’utilisation de l’ADN sédimentaire ancien trouvé dans lacs, une méthode récemment développée et utilisée autant dans des analyses d’espèces arborescentes qu’animales. Les conférenciers ont également pu visiter les installations du laboratoire Chono-Environnement pour y explorer les différents outils utilisés pour les analyses sédimentaires. De plus, une visite guidée de la forêt du massif du Jura a souligné l’évolution historique du paysage et son anthropisation.
Forêt de pin sylvestre aménagée typique de l’est de la Finlande.
La conférence annuelle du IRN a pris place à Joensuu du 6 au 8 octobre, portant sur plusieurs sujets concernant la forêt boréale, donc l’écologie et la physiologie des espèces arborescentes, ceux des animaux et lichens qui s’y trouvent, mais aussi sur son évolution potentielle sous les changements climatiques. Les sujets ont touché autant la Finlande qu’ailleurs en Europe et au Canada. Une visite dans le parc national de Patvinsuo a permis aux conférenciers de voir des dispositifs d’étude par feu contrôlé et la comparaison entre les forêts aménagées et celles qui ont été naturalisées à la suite d’utilisations agricoles avant la Deuxième Guerre mondiale.
J’ai présenté mon projet de doctorat portant sur l’analyse historique de la dynamique des érablières à sucre (Acer saccharum) nordiques marginales dans l’écotone entre la forêt tempérée nordique et la forêt boréale au Québec. Ce projet s’insérait dans la première conférence en raison du volet d’ADN ancien sédimentaire qui était grandement abordé par d’autres chercheurs, alors que le potentiel d’expansion de l’érable à sucre dans la forêt boréale m’a permis de présenter dans la deuxième conférence. Ma visite, les connaissances acquises et le grand nombre de contacts que j’ai pu faire lors de ces deux conférences conjointes n’auraient pas été possibles sans le support du CEF, de mon directeur, Guillaume de Lafontaine (UQAR), et de mon co-directeur, Yves Bergeron (UQAM).
La présentation de la conférence annuelle du IRN est disponible sur la chaîne YouTube de IRN Cold Forests .
21 novembre 2022
Spatial analysis and how to work with it
Un texte de Varvara Vladimirova
This summer, I have been lucky enough to find an online course called: “GIS in R”. The course aimed at building skills in raster and vector data manipulation, integrating the tidyverse functions with GIS tools, and visualizing spatial data through developing static and interactive maps. Most of us do analysis using software that is easy to understand and use, such as Excel. QGIS and ArcGIS are software that are more user friendly. You don’t need to have any coding expertise to be able to create simple maps, all you need to do is to go on YouTube and find some video tutorials that help you create those maps. The problem comes when you want to be able to create more complex maps at a faster speed. Before taking this course, I had a problem with my data. It was a large bulk of data that had a lot of information (that I didn’t need) with many layers of landscape features overlaying each other. If I want to do any sort of analysis, for example calculating the percent of certain landscape features in each area, I will have to clean the data first. In ArcGIS it took me too long to do, whilst in R I was not able to understand how to do that, since it is not a kind of software that is commonly used for mapping.
In this course I learn about an amazing package “st”, it allows you to manipulate any spatial data with ease. You can modify the extent, grain size, dissolve any unnecessary features and crop the areas to make it more manageable. After the course, I understood how to easily plot maps using a variety of plot types, mainly ggplot and tmap. If you ever want to do some plotting in R, tmap is a more appealing way to display your map. You can make an interactive map, where you can turn off and on certain layers, move the map around, zoom in and out. You can also create a static map. Why would you say that I am insisting on using R instead of other GIS tools (such as ArcGIS). Well, I don’t. I think it all depends on what kind of help you receive. I’ve been receiving a lot of help from Mélanie Desrochers from CEF department and with her help I was able to create the maps that I tried to create so hard in R. I’ve also received some help on how to create the same maps in R, with both the use of my course and some help from experts. The problem is that I missed the pivotal part of understanding that if your data is too large, you need to change it to rasters, otherwise it becomes too large for any computer to handle it. From here, I still believe that maybe spatial data is best left to be created in ArcGIS, since you can see a lot easier what you create. However, R remains my preferred tool for any analysis of data. Once I create all the maps, I will need to move to R to do some stats.
So, if you work with spatial data, if you work with R, it works quicker because once you create a map you can easily manipulate it, whilst in ArcGIS (same for QGIS), if your processing power is not high, just zooming in can take some time. R is a better tool to do any analysis for sure: if you want to do some basic regression analysis, ArcGIS Pro will do the job, but once you need to do some modifications and do more complex analysis, R is a much better software to use. ArcGIS is by far a lot easier to learn how to use than R. If you have no coding experience and limited time work in ArcGIS. However, we live in the world where coding experience is incredibly valuable, and I realized that after taking my course “GIS in R” I feel like I can do modifications and some analysis a lot quicker. I have a lot more ideas of how to manipulate data and how to reduce repetitive coding, one of the biggest problems that I have found. My last piece of advice would be, when working with R, lean “tidyverse”. It is incredibly easier to work with it in comparison to any other package. You can see a lot easier the flow of your codes and not get lost in your coding, which is something that is so common. The main problem I’ve always been having with R is putting some punctuation or coding in the wrong place. With tidyverse, especially the pipes (%>%), you can do one action by one, avoiding repetition, doing more than one action in one code, and clearly seeing what the code does. The pipe works like a “and” statement.
In conclusion, I believe that this course has been incredibly useful for the development of my R skills, I believe that R and GIS are both important tools when manipulating data and that to be able to work well in both software it is important to continuously develop your knowledge in these software to continue taking courses and then just exploring different packages and tools yourself. It is also very important and yet difficult to find the right course for you, where the course is not too basic for you and most of the information provided is new to you, but not so difficult that you fall behind. For me this course was perfect. I have worked very hard on the assignments and tasks, but it wasn’t so hard that I felt that I was not able to follow the assignments and lessons. I would recommend it to anyone who can do basic analysis in R, but wants to increase their efficiency and level of R.
21 octobre 2022
Un texte de Andréanne Girard-Lemieux
Grâce à la générosité du CEF, j’ai eu l’honneur de participer à l’école doctorale internationale sur la nordicité et les avancées en science des produits naturels organisée par Sentinelle Nord en chercheurs de sept universités, de domaines et d’expériences variés: chimie, biologie, foresterie, géographie, sciences pharmaceutiques, économie écologique et sciences sociales. Pendant notre séjour à Whapmagoostui-Kuujjuarapik (Nunavik), nous avons participé à différents ateliers nous permettant d’aller autant sur le terrain pour récolter nos échantillons qu’au laboratoire pour les analyser. Que ce soit la caractérisation de l’huile essentielle du thé du labrador, l’analyse de la composition chimique de différents lichens ou l’estimation de l’âge des arbres que nous avons carottés, tous les ateliers nous ont permis d’acquérir de nouvelles compétences.
Cependant, ce qui a le plus marqué les esprits des participants à cette école ce sont avant tous les échanges que nous avons eus tant avec les autres étudiants et les chercheurs qu’avec les membres des communautés crie et inuite. Nous avons eu notamment l’occasion de discuter de l’éthique de la recherche en milieu autochtone afin de questionner nos propres pratiques de recherche. Les rencontres qui resteront gravées dans ma mémoire sont les activités avec les communautés comme le pique-nique avec la communauté inuite, le baseball cri qui nous a permis de créer un lien avec les jeunes, le partage de connaissance sur les plantes nordiques avec des ainés, l’apprentissage de la culture crie au site de rassemblement où nous avons partagé un repas traditionnel pour clôturer notre semaine.
Pour résumer, cette école ne pouvait être plus parfaite: du beau temps (sans les insectes!), l’apprentissage de méthodes de recherche de domaines variés mais complémentaires, des discussions enrichissantes, des participants formidables et des rencontres avec des membres de deux communautés exceptionnelles. Que demander de plus?! | Article dans La Presse
5 octobre 2022
INTECOL 2022 in Geneva: Exploring New Frontiers in Ecology
Text and photo Dipak Mahatara
As we are collectively facing new limits, ecologists from around the world gathered from August 28 to September 2 at the Geneva International Conference Center to explore fundamental and applied questions to understand better what is going wrong and how we can create a new paradigm to live in harmony with nature.
At the Intecol2022 Conference , researchers presented their work in seven themes, comprised of 50 sessions, including biodiversity, climate change, ecological restoration, urban ecology. Also, the conference welcomed 11 keynote speakers representing a large spectrum of ideas and research from all six continents. Nearly, 1000 ecologists participated at Intecol2022. The conference was collectively organized by the University of Geneva, HES-SO/Geneva, UNEP Geneva Environment Network, the Graduate Institute Geneva, and the International Association for Ecology.
Although, I had participated in various forums of forestry and conservation biology, this was my first experience to present my work to the huge international crowd. I proudly represented University of Quebec in Rimouski (UQAR) and CEF by showing one of my research projects entitled "Maxent modelling for habitat suitability of vulnerable tree Dalbergia latifolia in Nepal". In addition to have a networking opportunity, the participants were also acquainted with the global challenges that we have created for ourselves and the initiation to resolve them to help us guide towards a more sustainable future. Moreover, different parallel field excursion to the natural monument, park and lake was a good energizing break.
I sincerely thank the CEF, my research director, Robert Schneider, and UQAR for providing the support to attend this conference.
29 septembre 2022
Le 13e symposium de SWEET a eu lieu lors de la réunion annuelle jointe de la Société d’Écologie d’Amérique et de la Société canadienne d’écologie et d’évolution. Pour cette édition, le thème était « Reflecting on equity, diversity, and inclusion initiatives in Canada and the US: What can we learn from each other? » avec, comme invitées, Dr. Andrea Reid (University of British Columbia), Dr. Danielle N. Lee (Southern Illinois University Edwardsville), Dr. Carla Cáceres (University of Illinois Urbana-Champaign) et Dr. Nicole Mideo (University of Toronto). Malgré les différences entre les deux pays, les panélistes s’entendaient: il reste beaucoup de travail à faire en termes de DEI dans le milieu scientifique.
Une grande partie du travail de DEI peut être fait à travers les curriculums soir par la cocréation de cours avec des nations autochtones, des courses questionnant les connaissances scientifiques normatives et en encourageant les étudiant.e.s à rechercher des sources à trouver des sources alternatives. Il faut par contre donner le temps et les ressources aux professeur.e.s et aux chargé.e.s de cours pour développer ces cours.
Le manque de financement pour les étudiant.e.s et des post-docs a été évoqué à plusieurs moments par les panélistes. S’assurer de pouvoir offrir un salaire décent, d’enlever les barrières financières et de pouvoir accommoder des parcours non-linéaires est une de façon de s’assurer que le milieu scientifique soit accessible.
De plus, il faut s’assurer que les étudiant.e.s marginalisé.e.s aient non seulement les resources pour accéder au monde scientifique, mais aussi s’assurer, qu’une fois présent.e.s, des pratiques soient mises en place pour qu’iels se sentent accueilli.e.s dans le milieu. Chose qui n’est pas le cas, spécifiquement pour les étudiant.e.s autochtones. Mettre l’emphase sur d’autres façons d’évaluer la rigueur et l’excellence des chercheur.e.s qui ne se basent pas seulement sur les publications et les subventions pourraient aussi aider.
Vous pouvez accéder au panel complet sur la chaîne YouTube de SWEEET.
10 mai 2022
Sanghyun Kim au World Forestry Congress en Corée du Sud
Texte et photos Sanghyun Kim et Daniel Lesieur
Sanghyun Kim, a participé au XVe Congrès forestier mondial en Corée du Sud où il a fièrement représenté le GREMA, l'IRF-UQAT, la Chaire AFD et le CEF! Il y a présenté une affiche intitulée: Can Partial Harvest Be a Next-generation Forest Management? Ce fût une occasion pour renouer avec la communauté scientifique en personne et une opportunité d'établir de nouveaux contacts à l'international. Le congrès a d'ailleurs accueilli plus de 15 000 participants! Suite du communiqué de la Chaire AFD .
26 avril 2022
Stage en métabolomique des lichens calicioïdes à l’Université de Genève
Texte et photos Philip Bell-Doyon
À gauche: apothécie (<1mm) de Chaenotheca cinerea, espèce de lichen calicioïde (©Troy McMullin).
À droite: culture du mycobionte (~3cm de diamètre) de Chaenotheca trichialis, autre espèce de lichen calicioïde, dans un plat de pétri.
Les calicioïdes constituent un groupe diversifié de lichens et de champignons non lichénisés dont la plupart des espèces sont inféodées à des microhabitats spécifiques aux vieilles forêts. Dans le cadre du 3e chapitre de mon doctorat en biologie à l’Université Laval, je m’intéresse à la diversité des molécules produites par les lichens et les champignons calicioïdes récoltés dans les forêts intactes de l’aire protégée d’utilisation durable Ya’nienhonhndeh. À cet effet, j’ai effectué un stage à l’Université de Genève du 28 février au 30 mars 2022 dans le laboratoire du Prof. Jean Luc Wolfender, sous la supervision du Prof. Emerson Ferreira Queiroz et du Dr. Louis-Félix Nothias. J’ai ainsi eu l’opportunité de faire analyser mes échantillons sur un appareil de chromatographie liquide de ultra-haute performance couplé à un spectromètre de masse tandem (UHPLC-MS/MS). De plus, mon séjour m’a permis de me familiariser avec leur expertise de pointe en analyse de données métabolomiques, particulièrement en ce qui a trait aux techniques de réseautage moléculaire (‘molecular networking’).
Exemple d’un réseau moléculaire généré à partir de mes données métabolomiques de lichens calicioïdes.
Sur le graphique, chaque nœud représente une molécule. Les molécules sont reliées entre elles selon un seuil de similarité spectrale. Une identification putative est disponible pour ~2,5 % des molécules détectées en se basant sur les librairies spectrales publiques en ligne disponibles via Global Natural Product Social Molecular Networking .
Ce stage, qui n’aurait pas pu avoir lieu sans l’appui financier du CEF, m’a permis d’obtenir des données de très haute qualité qui ouvrent la porte vers des questions qui seraient autrement demeurées hors d’atteinte. Par exemple, en comparant le métabolome d’un lichen entre sa forme symbiotique et sa forme de mycobionte cultivé, je serai en mesure de quantifier l’impact de la lichénisation sur la production de métabolites secondaires.
10 janvier 2022
Mon stage à Montpellier
Un compte-rendu de David Grenier-Héon
En tant qu’étudiant visiteur à l’Université de Montpellier, j'ai passé deux mois cet automne en France dans le cadre d'un stage international à l’Institut des Sciences de l’Évolution de Montpellier (ISEM). Invité par les Dre Martina Sánchez-Pinillos et Sonia Kéfi, j'ai intégré l’équipe du laboratoire BioDICée , un groupe de recherche s’intéressant à la réponse de la biodiversité aux changements globaux en utilisant des approches de modélisation mathématique. Dre Sánchez-Pinillos, ma superviseure durant ce stage, y effectue présentement des travaux sur la dynamique post-perturbation des écosystèmes forestiers. En plus de bénéficier de l’expertise de BioDICée par l’entremise d’une présentation de mon projet doctoral, j'ai eu l’opportunité d’assister à plusieurs rencontres internes du groupe ainsi qu’à des séminaires interuniversitaires au sein de l’ISEM. Merci au CEF pour son aide financière pour la participation à ce stage de deux mois en France.
