Introduction au langage et environnement R
Cette formation de niveau débutant est destinée à tous ceux désirant s'initier à l'environnement de programmation R. Cette formation axée sur la compréhension et la pratique permettra de maîtriser les rudiments de l'environnement R. Plusieurs thèmes seront abordés lors de cette journée de formation, notamment l'installation de R, la syntaxe et les fonctions de base, l'aide dans R et la documentation, l'utilisation d'un éditeur, les différents types d'objet, les opérateurs mathématiques et logiques, l'importation et la manipulation de jeux de données, la création et l'annotation de graphiques, la création de fonctions simples, ainsi que l'utilisation de boucles et de banques de fonctions (packages) supplémentaires. Les techniques seront illustrées à l'aide d'exemples tirés de différentes disciplines. Aucune expérience avec R n'est requise pour cette formation, mais les participants devront amener un portable avec une version récente de R préalablement téléchargée sur leur système Windows, Mac ou Linux (https://cran.r-project.org/) ainsi qu'une version récente de l'éditeur RStudio Desktop (version avec licence libre, https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/).

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Marc J. Mazerolle  ()
Marc Mazerolle est professeur de biologie de la conservation au département des sciences du bois et de la forêt de l'Université Laval et utilise R depuis 2004. Il est auteur d'un package permettant de réaliser de la sélection de modèle et de l'inférence multimodèle. Il a travaillé pendant 9 années comme biostatisticien au Centre d'étude de la forêt et a offert plus de 36 formations en R à différentes universités et agences gouvernementales au Québec et en Ontario.

Introduction à la cartographie avec QGIS
Apprenez à réaliser une carte avec le très populaire logiciel open source et gratuit QGIS. Nous verrons en quoi consiste l'information géographique, où la trouver, comment résoudre les problèmes de projections et, surtout, comment construire une carte à insérer dans un article ou un rapport.

Learn how to make a map with the popular open source and free QGIS software. We'll see what is geographic information, where to find it, how to solve projection problems and, most importantly, how to build a map to insert into an article or report.

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Pierre Racine  ()
Pierre Racine est professionnel de recherche pour le CEF à l'Université Laval depuis 2006. Il est expert de ArcGIS, QGIS et PostGIS et programme dans de nombreux langages depuis plus d'une trentaine d'années.

Manipulation de données de lidar aéroporté avec R dans un contexte forestier
R permet de traiter des données de LiDAR aéroporté (ALS) dans un contexte forestier grâce au package lidR. À cause de la grande quantité de données que cela représente, manipuler des données LiDAR dans R de façon efficace (temps de calcul et utilisation mémoire) reste relativement difficile sans connaissances approfondies en programmation et dans le langage R.

Cette formation abordera, simplement, quelques notions avancées d’informatique afin de comprendre certaines limites du langage R. Ces bases permettront de comprendre comment programmer efficacement dans R afin de manipuler de potentiels gros jeux de données. Nous étudierons ensuite comment utiliser le package lidR pour manipuler des données ALS dans un contexte de recherche en écologie et en sciences forestières.

Cette formation n’est pas dédiée à apprendre à manipuler des données ALS mais uniquement à le faire dans R. Vous devez donc déjà être à l’aise avec ce qu’est le LiDAR ainsi que les techniques d’analyse classiques. Vous devez aussi avoir des connaissances en R et en programmation. Cette formation ne sera pas une initiation à R.

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Jean-Romain Roussel  ()
Docteur en science forestière, Jean-Romain a réalisé sa thèse doctorat sur le LiDAR aéroporté à l'Université Laval. Il est le développeur des packages rlas, lidR et PointCloudViewer permettant de manipuler des nuages de points laser avec R dans un contexte forestier.

Introduction aux bases de données avec Access
Cette formation est destinée à tous les membres désireux de s'initier au monde obscure des bases de données RELATIONNELLES. Vous apprendrez comment concevoir des tables de données, les lier et surtout les interroger facilement. La conception et la mise en place d'une structure logique de vos données est une étape cruciale mais indispensable pour l'analyse d'un jeu de données fiable et propre. Les participants doivent avoir Microsoft Access installé sur leur portable avant le début de l'atelier.

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Daniel Lesieur  ()
Daniel Lesieur est professionnel de recherche pour le CEF à l'UQAM depuis sa création en 2006. Il est particulièrement intéressé par le déploiement de bases de données et la programmation web. Plusieurs suivis à long terme (IDENT, Sardinilla, CO-VITAS, Faune Cavicole) ont pu bénéficier de son expertise.

Utilisation d’un téléphone Android pour la saisie de données géoréférencées sur le terrain - ANNULÉ
Cet atelier présente CyberTracker, un outil de programmation simple, gratuit, et efficace qui permet de créer des écrans de saisie de données sur votre cellulaire Android, pour votre projet. CyberTracker utilise le GPS des cellulaires et permet ainsi de créer des données spatiales en temps réel. Je présenterai l'outil avec un exemple concret, puis les participants pourront créer sur place un carnet de saisie de données, saisir des données pour tester, et les visualiser sur un ordinateur.

This workshop introduces CyberTracker, a simple, free, and effective programming tool that allows you to create custom data entry screens on your Android smart phone for your project. CyberTracker uses the smart phone's GPS, thus enabling you to create spatial data in real time. I will present the tool with a concrete example, then participants will be able to create their own CyberTracker application during the workshop, enter data for testing, and view them on a computer.

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André Desrochers  ()
Professeur d'écologie animale à l'université Laval (foresterie)

Bottom-up simulation of forest disturbances using NetLogo
Being connected to processes of large and small scales in space and time, disturbances play an important role in the dynamics of ecosystems. This workshop introduces the simulation of disturbances in forest ecosystems within the framework of complex systems theory. In the lens of this theory, systems are made up of elements that interact with each other and their environment. These interactions result in system behaviour and patterns that are often not predictable by the study of the elements alone, and involve non-linearity, heterogeneity, emergence, auto-organization, and adaptation. In this workshop participants will learn about bottom-up modelling techniques that can simulate such complexity, and work with two example models to simulate forest fires and forest insect infestations. This workshop uses NetLogo, a freely available software designed particularly for building Cellular Automata and Agent-Based Models.

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Liliana Perez  ()
Liliana is an Assistant Professor at the Geography Department of UdeM, interested in learning more about spatial and temporal interactions and relationships driving changes in our world. Her research focuses on the multidisciplinary nature of geographical information science (GIScience) to investigate the relationships between ecological processes and resulting spatial patterns.

et

Saeed Harati  ()
Saeed is a Ph.D. student of geography at Université de Montréal (UdeM). He got his M.Sc. in Environnement et Développement Durable also from UdeM, and is interested in simulating cooperation in social-ecological systems.

Introduction à la télédétection avec le capteur MODIS
Les images issues du capteur MODIS sont très utilisées afin de suivre l’évolution de la végétation tout autour du globe, mais également celle des océans et de l’atmosphère grâce à ses 36 bandes spectrales. L’atelier abordera les concepts fondamentaux de télédétection avant de plonger dans l’univers MODIS. Les caractéristiques et atouts de ce capteur seront présentés de même que les particularités liées à la projection cartographique et au format de diffusion de données (Hierarchical Data Format) utilisés. Un aperçu des nombreux produits dérivés déjà disponibles sera présenté.

La portion pratique de l’atelier possédera deux exercices, soit la création d’une chronoséquence du NDVI (Normalized Difference Vegetation Index) au-dessus du Québec et l’extraction d’un masque de nuages journalier.

L’étudiant aura l’occasion de se familiariser à la programmation en Python ainsi qu’à l’utilisation d’un logiciel en ligne de commande. Seulement une connaissance des principes de programmation est nécessaire.
Logiciels utilisés : QGIS, Python 2.7, HDF-EOS To GeoTIFF Conversion Tool

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Jean-François Bourdon  ()
Ingénieur forestier depuis 2013, Jean-François a entamé la même année une maîtrise en sciences forestières où il a utilisé la télédétection afin de caractériser la sévérité de brûlage de feux de forêt. À deux reprises, en 2014 et 2016, il a offert au CEF la formation « Initiation à l'utilisation de la télédétection en foresterie avec ArcGIS ». Depuis 2017, il travaille en tant d'analyste en imagerie au sein du Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs où il développe des produits issus du LiDAR, mais également d’imagerie aérienne et satellitaire.

Scientific writing - How to better read and write journal articles
This workshop will include analysis of a published article and both individual and group exercises to criticise texts and practice writing. The goal is to develop critical thinking about how to present material to make it more accessible to the reader and how to structure a scientific article.

Cet atelier portera sur la rédaction scientifique et incluera des analyses d'articles publiés et des exercices individuels et en groupe de redaction et de critique de textes. Les articles et textes utilisés seront en anglais mais la discussion pourra être binlingue selon la composition du groupe.

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Emma Despland  ()
This workshop is based on a session on scientific writing that I have been giving in my Techniques in Ecology class since 2004.

Introduction à bioacoustics, un package R dédié à la détection et l’extraction automatisée de signaux acoustiques
La surveillance acoustique est une approche largement utilisée pour étudier l’écologie et le comportement de nombreux animaux aquatiques et terrestres. Les unités d'enregistrement autonomes facilitent aujourd’hui la collecte d'enregistrements audio sur le terrain. Ces enregistrements sont ensuite analysés pour extraire et classifier les vocalisations des animaux. La phase d’analyse des données acoustique reste néanmoins un défi, notamment quand vient le temps d'automatiser ce processus afin d’éviter de longues périodes d’inspections auditives ou visuelles des enregistrements. La plupart des logiciels capables d'effectuer ces tâches reposent sur des solutions commerciales, mais les implémentations gratuites et publiquement disponibles restent difficiles à trouver.

Cet atelier portera sur l’utilisation de bioacoustics, un package R pensé pour la détection et l’extraction automatisée de signaux acoustiques dans les enregistrements audio. Nous montrerons comment ce package peut être utilisé en combinaison avec d’autres outils de classification disponibles sur R (keras, randomForest) pour effectuer une analyse automatisée adaptée aux espèces que vous étudiez. Nous montrerons également quelques exemples concrets d’applications possibles en écologie.

Acoustic monitoring is a widely used approach to study the ecology and behavior of many aquatic and terrestrial animals. Autonomous recording units now facilitate the collection of audio recordings in the field. These records are then analyzed to extract and classify animal vocalizations. However, analysis of acoustic data remains a challenge, especially when it comes to automate this process to avoid long periods of auditory or visual inspection records. Most of software that can perform these tasks are based on commercial solutions, but free and publicly available implementations are difficult to find.

This workshop will focus on the use of bioacoustics, a R package designed for the automated detection and extraction of acoustic signals in audio recordings. We will show how this package can be used in combination with classification tools available on R (keras, randomForest) to perform an automated analysis adapted to the species you are studying. We will also show some concrete examples of possible applications in ecology.

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Francois Fabianek  ()
François s'est spécialisé depuis 2005 en bioacoustique avec l'étude des chauves-souris. Il est titulaire d'une maîtrise en biologie de l'Université du Québec à Montréal (2008) et d'un doctorat en sciences forestières de l'Université Laval (2015). Au cours de son cursus universitaire, François se tourne rapidement vers la programmation sur R et développe un penchant pour l'apprentissage machine. Il a contribué au développement du package seewave, de l'application web Bat Bioacoustics Online et du logiciel CallSeeker. Il est membre du conseil d'administration d'une ONG vouée à la conservation des chauves-souris et membre du comité de rétablissement des chauves-souris du Québec.

et

Jean Marchal  ()
Jean est titulaire d’une maîtrise (2010) et d’un doctorat en sciences forestières (2017). Durant son cursus universitaire, Jean a développé des compétences en traitement et en analyse des données, en apprentissage machine, ainsi que dans divers langages de programmation. Jean a contribué au développement du package seewave, de Bat Bioacoustics Online (2015), une application Web qui identifie automatiquement les cris d'écholocalisation de chauves-souris à partir d'enregistrements audio et CallSeeker un logiciel entièrement écrit en C++, destiné à l’analyse automatisée de longs enregistrements audio à la recherche de cris de la Grive de Bicknell (Catharus bicknellii).

GAM 101
Les liens entre les variables explicatives et les variables réponses ne sont pas toujours linéaires ou associés à une forme fonctionnelle connue. En fait, ils ne le sont pas souvent! À cet effet, les modèles additifs généralisés (GAM, generalized additive models) sont très utiles puisqu'ils permettent de modéliser des relations dont la forme fonctionnelle est inconnue et/ou complexe. Au cours de cet atelier, nous étudierons brièvement la théorie derrière ces modèles flexibles pour mieux les comprendre et nous verrons comment les utiliser avec quelques exemples et exercices concrets.

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François Rousseu  ()
Professionnel de recherche au CEF depuis l'hiver 2017, François est intéressé par tout ce qui touche l'analyse de données, que ce soit en ce qui a trait aux statistiques ou à la programmation R. À la base, il est biologiste spécialisé dans les oiseaux.

Introduction à GitHub et à la création de packages avec RStudio
GitHub est un système en ligne de contrôle de version offrant plusieurs avantages pour quiconque travaille avec du code. Il permet notamment de conserver un historique des différentes versions d'un projet et facilite grandement la collaboration et le partage de code entre collaborateurs et/ou utilisateurs.

Il est également très facile d'héberger un package R sur cette plateforme. La création d'un package personnel présente également plusieurs avantages puisqu'elle permet de regrouper et de documenter en un même endroit différentes fonctions pouvant être utiles pour soi ou pour des collaborateurs.

Au cours de cet atelier d’une demi-journée, nous verrons les principaux éléments de bases permettant de travailler avec GitHub sous RStudio (création d'un compte, d'un projet, commit, push, etc.) et nous verrons également comment créer et héberger un package simple sur cette plateforme.

Animateur

François Rousseu  ()
Professionnel de recherche au CEF depuis l'hiver 2017, François est intéressé par tout ce qui touche l'analyse de données, que ce soit en ce qui a trait aux statistiques ou à la programmation R. À la base, il est biologiste spécialisé dans les oiseaux.

Introduction aux techniques de mesure d'anatomie du xylème et élaboration des données en R - COMPLET
Dans le domaine de l’anatomie du bois, la complexité des mesures a toujours été une limite. Le développement de nouveaux outils d’analyse d’image ainsi que la puissance de calcul croissante de nos ordinateurs permettent maintenant de surmonter cette limite. Ces progrès technologiques permettraient, sur le long terme, la production de grandes bases de données. À travers l’implémentation de celles-ci, il serait possible d’appliquer de nouveaux modèles statistiques et également réaliser des analyses plus solides. Dans la cadre de l’atelier, nous proposons un aperçu des outils d’analyse d’image les plus utilisés pour les caractéristiques du bois, tel que Roxas (Von Arx, G., & Carrer, M. 2014), WinCELL (Regent Instruments Inc.) et ImageJ (Schneider, C. A., Rasband, W. S., & Eliceiri, K. W. 2012). Les participants auront l’occasion d’apprendre les procédures les plus récentes de préparation des échantillons de bois, et de se familiariser avec les logiciels disponibles pour l’analyse d’images. Dans un deuxième temps, nous introduirons quelques concepts et quelques exemples d’élaboration des outputs de ces logiciels avec l’aide du logiciel statistique R.

In the domain of wood anatomy, the laboriousness of measures has always been a limit in many studies that new technologies could allow to surpass. The development of image analysis tools and the improvements of the computing capacity of computers give us the possibility of processing a huge quantity of measures and elaborate them. This new wave of progress could lead to the production of big dataset that can be useful to improve new kinds of analysis and to employ new statistical models to our researches. In this laboratory, we propose an overview on the most popular systems of anatomical image analysis and we will introduce some concept about the elaboration of the outputs produced with the statistical software R. In particular we will focus on three sofwares: Roxas (Von Arx, G., & Carrer, M. 2014), ImageJ (Schneider, C. A., Rasband, W. S., & Eliceiri, K. W. 2012) and WinCELL (Regent Instruments Inc.). Workshop attendees will have the possibility to appreciate strong and weak points of each of these software through the use of images provided by the workshop’s holder.

Animateurs

Valentina Butto  ()
Valentina Buttò est étudiante au doctorat en science de l'environnement à l'Université du Québec à Chicoutimi. Ses études portent sur la croissance intra-annuelle de l'épinette noire le long un gradient alti-longitudinal au Quebec.

et

Sergio Rossi  ()
Sergio Rossi, professeur à l’UQAC en écologie végétale, s’intéresse principalement à la phénologie des méristèmes et à la dynamique intra-annuelle de formation du xylème chez les arbres des écosystèmes froids et de limite altitudinale à travers l’hémisphère boréal.

La communication scientifique... pour être vu et compris!
« Le scientifique cherche et pose des questions, la solution pour lui c’est de trouver d’autres questions toujours plus pointues. Le journaliste cherche des réponses, du concret, des explications simples, des solutions sans trop d’exceptions. » (Kugler, 1995) Cette citation semble dater déjà, mais elle conserve pourtant toute son actualité! En cette ère de surabondance de communications et de sollicitation, toute personne ou organisation désirant avoir un minimum de visibilité dans la sphère publique doit faire preuve de créativité et, surtout, savoir attirer l’attention et « connecter » avec son public. En tant que chercheur, partager le savoir scientifique est une nécessité, mais aussi une responsabilité, et cet exercice n’est pas toujours simple! Cet atelier propose d’explorer la communication scientifique sous l’angle des médias en portant une attention particulière à la « mise en scène » des connaissances et à la vulgarisation de façon à être vu, entendu et compris : Comment faire des relations médias? Comment rédiger un communiqué? Comment attirer l’attention des médias? Comment être compris de son auditoire? Comment mettre à profit la technologie et les médias sociaux? Des trucs simples et des exercices pratiques vous seront proposés afin de vous aider à mieux partager le fruit de vos recherches auprès de publics plus ou moins sensibilisés ou experts.

Animateur

Nathalie Gagnon  ()
Nathalie Gagnon est doctorante en sociologie et détentrice d’une maitrise en communication publique de l’Université Laval sur l’usage des médias sociaux par les commissions scolaires. Ses recherches actuelles portent sur l’évolution des pratiques de relations publiques dans les organisations et la mutation des rapports de pouvoir entre relationnistes et membres du management. Elle collabore actuellement en tant qu’auxiliaire de recherche à deux projets, l’un portant sur le rapport au travail des cadres du réseau de la santé et l’autre sur la formation discursive des discours publics portant sur les contenus télévisuel canadiens entre 2013 et 2017. Avant d’entreprendre une carrière en recherche, Nathalie Gagnon œuvre depuis 2004 en relations publiques au sein de différentes organisations dont Radio-Canada, le Bureau d’audiences publiques sur l’environnement, la Commission scolaire des Navigateurs et Desjardins Assurances où elle a travaillé comme conseillère stratégique et coach en communication et en gestion du changement auprès des gestionnaires. Elle poursuit également en parallèle une carrière de musicienne professionnelle qui l’a conduite en Europe de 1998 à 2003 pour des études de perfectionnement, des concerts et des concours internationaux.

SpaDES, not “just another model” Part 1: Introducing a modular simulation platform for non-programmers
SpaDES – Spatial Discrete Event Simulator – is a modular simulation platform that bridges the gaps between ecologists, modellers, practitioners, managers and even the general public. SpaDES makes creating simulation models easier, by using multiple interchangeable pieces (modules) that can be developed by different authors, and facilitates the exchange, testing, validation, and update of models as data and methodological improvements arise. SpaDES also makes use of current and accessible tools to build apps that can be used by anyone to visualise simulation results/outputs. Since SpaDES is written in R, simulations are tightly coupled with data, and with the analysis of results/outputs. This enables a continued exchange of knowledge, tools, and methods among ecologists and across disciplines.
This workshop will introduce the SpaDES architecture, its general functioning and potential uses. We will provide working examples of how SpaDES can bring together different ecological processes to develop models and forecasts at large landscape scales. We will show how SpaDES can be used to understand the feedbacks between fire and vegetation, and how wild life move, use the landscape and are affected by landscape changes. Finally, we will demonstrate that these models can be made visual and accessible to a wider public using interactive apps.

Animateurs

Ceres Barros  ()
Ceres’s research is driven by her passion and curiosity for understanding ecosystem stability and resilience to drivers of global change. During her PhD, she investigated ecosystem stability to climate and land-use changes, across spatial and trophic scales. She is now working towards developing mixed-severity fire regime models to understand climate, fire and vegetation dynamics and their interactions in the Alberta Foothills forests.

et

Mario van Telgen  ()
During his master in biology at Wageningen University (The Netherlands), Mario primarily studied herbivore-plant interactions and vegetation dynamics on the landscape scale in African savannah ecosystems. He developed an interest in spatial simulation modelling and programming in R, which brought him to Canada. In 2016, Mario started his PhD in Forest Science at Laval University (Québec), working on developing spatial simulation models that integrate natural and anthropogenic disturbances and climate models to forecast the development of caribou landscapes in the Northwest Territories.

Introduction au dessins vectoriels pour la publication scientifique - Inkscape 101 - COMPLET
Inkscape est un logiciel libre et gratuit de dessin vectoriel. Ce logiciel permet d'éditer des graphiques et figures issues de R, de les sauver dans un format léger, sans perte de qualité et adapté aux formats utilisé par les éditeurs scientifiques.

Animateur

Michael Belluau  ()
Michael Belluau est un jeune chercheur en écologie fonctionnelle et écophysiologie végétale. Il a réalisé un doctorat au sein du laboratoire de Bill Shipley à l'université de Sherbrooke. Au cours de son doctorat et plusieurs contrats de recherche, il a utilisé, de façon approfondie, le dessins vectoriel (Corel-Draw et Inkscape) couplé au logiciel R pour réalisé des figures, schémas et graphiques pour la publication d'articles scientifiques.

SpaDES, not “just another model” Part 2: Getting started with SpaDES in R
This practical workshop will prepare participants to create their own spatial simulation models using SpaDES – a modular simulation platform that bridges the gaps between ecologists, (ecological) modellers, practitioners, managers and even the general public.
During this workshop we will get into the details of SpaDES architecture and functioning by creating a simple simulation model that integrates different ecological processes operating across spatial and temporal scales. Detailed instructions will take participants through the process of creating interchangeable model components (modules), initializing simulations, simulating alternative scenarios, and visualizing and analysing simulation results/outputs. After this workshop participants will be able to create their own simulation models in a way that facilitates their exchange, testing, validation and updating, as data and methodological improvements arise.
To participate in this workshop, it is essential to have ample experience in using R (e.g. experience with basic R data types (lists, etc.); spatial data types (raster, sp); and debugging in R) and RStudio, and it is strongly recommended that anyone unfamiliar with SpaDES participates in the first workshop 'SpaDES, not “just another model”: introducing a modular simulation platform for ecologists', which will take place prior to this workshop during the morning session.

Animateurs

Mario van Telgen  ()
During his master in biology at Wageningen University (The Netherlands), Mario primarily studied herbivore-plant interactions and vegetation dynamics on the landscape scale in African savannah ecosystems. He developed an interest in spatial simulation modelling and programming in R, which brought him to Canada. In 2016, Mario started his PhD in Forest Science at Laval University (Québec), working on developing spatial simulation models that integrate natural and anthropogenic disturbances and climate models to forecast the development of caribou landscapes in the Northwest Territories.

et

Ceres Barros  ()
Ceres’s research is driven by her passion and curiosity for understanding ecosystem stability and resilience to drivers of global change. During her PhD, she investigated ecosystem stability to climate and land-use changes, across spatial and trophic scales. She is now working towards developing mixed-severity fire regime models to understand climate, fire and vegetation dynamics and their interactions in the Alberta Foothills forests.