Introduction à R - Exploration, visualisation de données et création de bloc-notes R
Cet atelier vise un public de niveau universitaire désireux de s’initier au fonctionnement de l’écosystème du logiciel R (R Core Team, 2018) et à l’interface de l’éditeur Rstudio.

La première partie sera consacrée à l'importation, la manipulation, l’exploration et la correction de jeux de données. Les fonctions de base, les principaux types d'objets, les opérateurs mathématiques et logiques utilisés par R seront présentés aux participants. Les fonctionnalités de quelques bibliothèques permettant d’étendre les possibilités de base de ce logiciel (statistiques descriptives, cartographie, etc.) seront également explorées.

La seconde partie sera dédiée à la visualisation de données à l’aide de la bibliothèque ggplot2. Outre la création de diagrammes classiques (boites à moustache, histogrammes, etc.), les participants apprendront à exporter ces graphiques en haute résolution.

La troisième partie explorera la création de bloc-notes au format R Markdown. Ces documents combinent les écrits de l’auteur, les fragments de code source R et le résultat de la compilation de ces derniers, qu’il s’agisse d’analyses statistiques, de figures ou de cartes. Il en résulte un unique fichier (exportable en différents formats, HTML, PDF, etc.) rendant compte des choix méthodologiques adoptés et des résultats obtenus, favorisant ainsi la reproductibilité du processus de recherche.

Animateurs

Maxence Martin  ()
Maxence Martin est doctorant au laboratoire d’écologie végétale et animale à l’UQAC. Ses travaux portent principalement sur la diversité et la dynamique des vieilles forêts boréales ainsi que sur les microhabitats arborescents. Maxence Martin est par ailleurs membre du CEF depuis 2014 et participe à l’animation d’un atelier hebdomadaire de discussion, de partage et d’entraide autour du logiciel R à l’UQAC avec Vincent Arnaud et Valentina Buttò.

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Vincent Arnaud  ()
Vincent Arnaud est professeur-chercheur en linguistique au Département des arts et lettres de l’UQAC. Ses travaux portent principalement sur l’analyse acoustique de la parole humaine en lien avec les caractéristiques des individus (caractéristiques sociales, conditions physiologiques…) et sur la perception des faits de variation phonétique. Associé à la Chaire en éco-conseil de l’UQAC et au laboratoire « Dynamique du langage » (CRNS - Université Lyon 2), Il collabore à différents projets en fouille de textes et en bioacoustique.

Introduction à la cartographie avec QGIS
Apprenez à réaliser une carte avec le très populaire logiciel open source et gratuit QGIS. Nous verrons en quoi consiste l'information géographique, où la trouver, comment résoudre les problèmes de projections et, surtout, comment construire une carte à insérer dans un article ou un rapport.

Learn how to make a map with the popular open source and free QGIS software. We'll see what is geographic information, where to find it, how to solve projection problems and, most importantly, how to build a map to insert into an article or report.

Animateur

Pierre Racine  ()
Pierre Racine est professionnel de recherche pour le CEF à l'Université Laval depuis 2006. Il est expert de ArcGIS, QGIS et PostGIS et programme dans de nombreux langages depuis plus d'une trentaine d'années.

Selection of indicator species - Introduction to the R package "Indicspecies"
Due to the association of species to particular habitats, certain organisms can be considered as indicators of certain biotic and abiotic conditions. In this way, these species can be used as a tool for evaluating and monitoring these conditions for conservation and/or management purposes. This is how the identification of these species is an important step to achieve these objectives.

The Indicspecies R package is a tool for identifying indicator species. This package provides a series of functions that include statistical values, with which it is possible to evaluate the relationship between species and a specific environment.

In this workshop, through a practical case step by step, the participants will know the type and structure of data necessary for the identification of indicator species and will learn to manage, interpret and know the potential uses of the basic functions of the Indicspecies package.

Based on the way the course will be taught, it is not necessary to have a thorough knowledge of the R program by the participants, so we invite anyone interested in this area to participate.

Animateurs

Enrique Hernández-Rodríguez ()
Since his master's studies in Ecology at the Michoacán University of San Nicolás de Hidalgo (Mexico) Enrique has been interested in knowing the effects of human activities on biodiversity, especially on bryophytes. This led him to become interested in identifying mosses (bryophytes) as indicator species of disturbed temperate forests for those responsible for their management in southern Mexico. In this way, Enrique intends to integrate these tools into his current research project, which consists of knowing the effects of the fragmentation of boreal forests on his diversity of bryophytes in Quebec.

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Carlos Cerrejón Lozano ()
Carlos is a Ph.D. student in environmental sciences interested primarily in the conservation of biodiversity. His previous works, both taxonomic and phylogenetic, have always been focused on the study of bryophytes. His current project consists of the development of predictive models of different aspects of bryophyte biodiversity in boreal forests using remote sensing data for conservation purposes. The tools shown in this course will be developed in your project to model the presence of rare bryophyte species in the boreal forests.

Introduction à GitHub et à la création de packages avec RStudio
GitHub est un système en ligne de contrôle de version offrant plusieurs avantages pour quiconque travaille avec du code. Il permet notamment de conserver un historique des différentes versions d'un projet et facilite grandement la collaboration et le partage de code entre collaborateurs et/ou utilisateurs.

Il est également très facile d'héberger un package R sur cette plateforme. La création d'un package personnel présente également plusieurs avantages puisqu'elle permet de regrouper et de documenter en un même endroit différentes fonctions pouvant être utiles pour soi ou pour des collaborateurs.

Au cours de cet atelier d’une demi-journée, nous verrons les principaux éléments de base permettant de travailler avec GitHub sous RStudio (création d'un compte, d'un projet, commit, push, etc.) et nous verrons également comment créer et héberger un package simple sur cette plateforme.

GitHub is a version control system offering several advantages for anyone working with code. Among other things, it allows to save an history of the different versions of a project and it greatly facilitates collaboration and the sharing of code between users.

It is also really easy to build and to host an R package on this platform. The creation of a personal or a working group R package can be really useful for storing functions and documentation and sharing tools with others.

During this workshop, we will briefly study the different aspects of working with GitHub under RStudio and we will learn how to build a simple R package and host it on GitHub.

Animateur

Francois Rousseu  ()
Professionnel de recherche au CEF depuis l'hiver 2017, François est intéressé par tout ce qui touche l'analyse de données, que ce soit en ce qui a trait aux statistiques ou à la programmation R. À la base, il est biologiste spécialisé dans les oiseaux.

Scientific writing - How to better read and write journal articles
This workshop will include analysis of a published article and both individual and group exercises to criticise texts and practice writing. The goal is to develop critical thinking about how to present material to make it more accessible to the reader and how to structure a scientific article.

Cet atelier portera sur la rédaction scientifique et incluera des analyses d'articles publiés et des exercices individuels et en groupe de redaction et de critique de textes. Les articles et textes utilisés seront en anglais mais la discussion pourra être binlingue selon la composition du groupe.

Animateur

Emma Despland  ()
This workshop is based on a session on scientific writing that I have been giving in my Techniques in Ecology class since 2004.

Analyse de données compositionnelles, biostatistiques et autoapprentissage avec R
Les données compositionnelles sont des données intrinsèquement multivariées qui font partie d'un tout. Qu'il s'agisse d'un ensemble de variables concentrations ou de proportions occupées par des espèces, ces données doivent subir un prétraitement préalable aux biostatistiques et à la modélisation afin d'éviter certains biais méthodologiques. Lors de l'atelier, nous verrons comment effectuer les prétraitements pour les données compositionnelles, comment en dégager de l'information statistique et comment les intégrer dans un flux de travail d'autoapprentissage.

Compositional data are intrinsically multivariate data which are part of a whole. Whether analyzing concentration matrices or proportions of species, these data need to be preprocessed before conducting biostatistics or modelling to avoid some methodological biases. During this workshop, we will see how to perform adequate transformations on compositional data, how to extract statistical meaning from them and how to integrate them in a machine learning workflow.

Animateur

Serge-Étienne Parent  ()
Ingénieur écologue, enseignant et chercheur, je suis motivé par le développement des connaissances en exploitation des bioressources et en paysages de l'Anthropocène dans l'objectif d'une civilisation viable. Je suis intéressé à saisir les nombreuses opportunités offertes par le calcul scientifique pour ouvrir des nouvelles applications en analyse et modélisation de systèmes vivants. Mes recherches sont en ce moment vouées à l'application de l'écologie mathématique à l'agriculture, en particulier la construction d'agroécosystèmes comme moteur de biodiversité, la nutrition des plantes et la conservation des sols.

Introduction aux modèles spatiaux avec R-INLA
Le package R-INLA (Integrated Nested Laplace Approximation) offre une alternative aux méthodes par MCMC pour l'estimation de certains types de modèles hiérarchiques bayésiens. Il s'agit d'une méthode permettant d'estimer beaucoup plus rapidement certains types de modèles comparativement aux méthodes par MCMC. Cette méthode est particulièrement utile lorsque des effets spatiaux ou temporels doivent être inclus dans une analyse.

Dans cette courte introduction, nous ferons un bref survol des modèles spatiaux et nous aborderons très brièvement la théorie derrière INLA et les différentes possibilités offertes par ce package. Nous apprendrons d'abord comment utiliser le package et comment estimer des modèles simples à l'aide de cette méthode. Nous apprendrons par la suite comment intégrer des effets spatiaux dans des modèles plus complexes en utilisant l'approche par SPDE.

Pour cet atelier, vous aurez besoin d'un ordinateur portable avec les versions les plus récentes de R et de R-INLA. Ce dernier n'est pas disponible sur le CRAN et doit être téléchargé à l'adresse suivante: http://www.r-inla.org/download.

The R-INLA package is a faster alternative to MCMC for fitting certain types of bayesian hierarchical models. This method is particularly useful when incorporating spatial or temporal effects in hierarchical model.

In this quick introduction, we will first look at the main types of spatial models and we will briefly look at the theory behind INLA and at the possibilities offered by this package. We will then learn how to use the package to implement simple models. We will finally learn how to implement slightly more complex spatial models by using the SPDE approach.

For this workshop, you will need a portable computer with the latest R and R-INLA versions. The package R-INLA is not available on CRAN, but it can be downloaded at the following address: http://www.r-inla.org/download

Animateur

François Rousseu  ()
Professionnel de recherche au CEF depuis l'hiver 2017, François est intéressé par tout ce qui touche l'analyse de données, que ce soit en ce qui a trait aux statistiques ou à la programmation R. À la base, il est biologiste spécialisé dans les oiseaux.

Introduction to Satellite Remote Sensing Data with R
This beginner level training is intended for all those wishing to be introduced to the Satellite Remote Sensing with R programming environment. This training focuses on basic introduction of R programming concepts to handle optical satellite datasets such as Landsat 4, 5, 7 and 8 and other high spatial resolution data. Several topics will be addressed during this half day training such as how to download Landsat data from USGS website, getting remote sensing data into R (Raster/Vector), basic data manipulation (crop, mask and extract), basic plotting of Raster data, histogram generation, stretching, generation of spectral indices and basic Introduction of RSToolbox-1. The techniques will be illustrated with the help of examples for different optical satellite datasets. No experience with R is required for this training, but participants will need to bring a laptop with a recent version of R previously downloaded to their Windows, Mac or Linux system (https://cran.r-project.org/ ) as well as a recent version of the RStudio Desktop Editor (free license version, https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/ )

Animateur

Siddhartha Khare  ()
Siddhartha Khare is working as a Postdoctoral fellow at Département des Sciences Fondamentales of Université du Québec à Chicoutimi, Canada. His research interest is to analyse forest diversity using multi-source, multi-temporal satellite remote sensing data. He has developed routines in R programming to carry out the dense time series analysis of phenology, invasive plant species identification, mapping and biodiversity assessment of moist deciduous forests in the Western Himalaya, India

Méta-analyses 101
Les méta-analyses et les revues de littérature systématique sont de plus en plus populaires, mais peu de chercheurs ont reçu une formation pour réaliser de telles études.

Dans cet atelier, les participants apprendront les premières étapes d’une méta-analyse, soit de la définition d’une question de recherche jusqu’à l’extraction des données. Le contenu de l’atelier couvrira également les revues de littérature systématique. Les participants utiliseront un exemple fictif ou leur propre question de recherche pour réaliser différents exercices. Des concepts de base en statistique seront discutés. À la fin de la formation, les participants devraient être capable de démarrer leur projet de méta-analyse en suivant les règles de l’art.

Le contenu de l’atelier sera basé sur des ouvrages de références dans le domaine ainsi que sur l’expérience en la matière de l’animatrice. Un ordinateur portable sera requis pour les exercices et le logiciel R pourrait être utilisé.

Meta-analyses and systematic literature reviews are more and more popular, but few researchers have received the training to realize such studies.

In this workshop, the participants will learn the first steps of a meta-analysis, from the definition of a research question to the extraction of data. The content of the workshop will also cover systematic literature reviews. The participants will use a fictional example or their own research question to realize several exercices. Basic statistical concepts will be covered. At the end of the workshop, the participants should be able to start their meta-analysis project, following accepted standards.

The content of the workshop will be based on reference books and on the experience of the presenter. A computer will be required for the exercices and the software R could be used.

Animateur

Emilie Champagne  ()
Emilie Champagne est actuellement une chercheuse postdoctorale Mitacs (collaboration U. Laval, Ouranos et Direction de la recherche forestière). Elle a effectué un baccalauréat, une maîtrise et un doctorat en biologie à l’Université Laval et se spécialise dans les relations plantes-herbivores. C’est au cours de son doctorat qu’Emilie a publié sa première méta-analyse.

Anatomie quantitative du bois et de la xylogenèse. Partie II : mesures et analyses des sections anatomiques
Cet atelier sur l’anatomie quantitative du bois est la suite de la partie I, et portera sur l’analyse des traits anatomiques du bois. Des images digitalisées de coupes anatomiques seront analysées à l’aide du logiciel WinCELL (Regent Instruments Inc.) pour produire une base de données qui sera utilisée pour extraire les mesures anatomiques les plus utilisées dans le domaine. En particulier, pour les échantillons des conifères, il sera possible d’obtenir les variations le long du cerne (tracheidograms) de la surface des cellules, de leurs diamètres et de l’épaisseur de paroi cellulaire. Des informations plus génériques (taux de porosité, taille moyen des vaisseaux) seront obtenues pour les échantillons de feuillus.

Toutes les analyses seront réalisées avec le logiciel R et différentes applications des résultats obtenus seront discutées en fonction de l’intérêt des participants et de leur besoins. La responsable fournira les images utilisées pour les analyses à tous les participants ainsi que tous les outils théoriques et techniques nécessaires à la réalisation des analyses et l’interprétation des résultats.

Animateur

Valentina Buttò  ()
Mes recherches portent sur l’étude des facteurs intervenant dans la formation des cernes de croissance dans la forêt boréale et de l’influence de leurs variations sur les caractéristiques finales des cernes. Sur la base de différentes approches de modélisation, j'évalue l'effet de la dynamique temporelle sur les caractéristiques des cellules afin de déterminer dans quelle mesure les facteurs environnementaux et de développement affectent le processus de formation des cernes. Mes domaines d’expertises vont de l'extraction et de la manipulation des données d'anatomie du bois à l'analyse des larges bases de données avec R.

Anatomie quantitative du bois et de la xylogenèse. Partie I : échantillonnage, coupe et préparation des sections anatomiques
L’anatomie quantitative du bois comprend l’observation des caractères anatomiques du xylème et la mesure des traits fonctionnels de cellules qui se développent graduellement en générant le cerne de croissance. Les variations anatomiques du xylème contiennent des informations utiles à la recherche et à l’explication de traits macroscopiques du bois, telles que le volume, la densité et les caractéristiques technologiques.
Dans la cadre de cet atelier, les participants pourront se familiariser avec les plus récentes techniques de préparation des échantillons pour la mesure de traits anatomiques. Quelques principes de base du suivi de la croissance du bois (xylogenèse) seront aussi présentés.

Cette partie de l’atelier est réservée à un maximum de 5 personnes afin de permettre à chaque participant de produire des sections anatomiques à partir de carottes de bois. Les échantillons seront fournis par la responsable de l’atelier, mais les participants sont invités à amener leurs échantillons, à condition d’informer la responsable au moins une semaine en avance pour planifier le travail. Les analyses des traits anatomiques seront traitées dans la deuxième partie de l’atelier ayant lieu dans l’après-midi. Veuillez noter que l’inscription à la deuxième partie de l’atelier est séparée par celle-ci.

Animateur

Valentina Buttò  ()
Mes recherches portent sur l’étude des facteurs intervenant dans la formation des cernes de croissance dans la forêt boréale et de l’influence de leurs variations sur les caractéristiques finales des cernes. Sur la base de différentes approches de modélisation, j'évalue l'effet de la dynamique temporelle sur les caractéristiques des cellules afin de déterminer dans quelle mesure les facteurs environnementaux et de développement affectent le processus de formation des cernes. Mes domaines d’expertises vont de l'extraction et de la manipulation des données d'anatomie du bois à l'analyse des larges bases de données avec R.

L'analyse des sédiments: à la chasse aux écailles de papillons et aux charbons
L’atelier aura pour but de décrire et exposer les gens aux méthodes d’identification des écailles de papillons et ensuite à la détermination d’événements de population élevée de la tordeuse à bourgeons d’épinette et de feux. Un survol sur les méthodes de laboratoire (déflocculation, tamisage, préparation du culot) sera présenté. Ensuite une pratique de préparation de lame, compte et identification d’écailles sera effectuée.

Une deuxième présentation sera donnée sur CharAnalysis et l’isolation des pics (soit les événements de population élevée). Cette présentation aura pour but d’expliquer, de façon vulgarisée, la théorie sur laquelle le programme est basé et comment distinguer un pic. Une session pratique sera effectuée pour exposer les gens au logiciel CharAnalysis ayant pour but d’explorer les différentes options d’analyse et comment celles-ci influence les résultats.

Animateurs

Marc-Antoine Leclerc ()
À complété un BSc. en science forestière et un MSc. en science à l'Université de Colombie-Britannique concernant l'effet du plan d'aménagement du cerf mulet sur les perturbations dans les forêts semi-arides de la Colombie-Britannique. Poursuit présentement un doctorat en paléoécologie à l'UQAC cherchant à caractériser la variabilité naturelle des régimes de perturbations et leurs interactions dans la sapinière à travers l'Holocène.

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Hugues Terreaux de Félice ()
Etudiant diplômé d'une licence en Biologie, Environnement et Science de la Terre et d'un Master en Chrono-Environnement et Paléo-écologie à l'Université de Montpellier (France). Actuellement au doctorat en Biologie à l'UQAC, avec pour projet la reconstruction des épidémies de la tordeuse des bourgeons de l'épinette et de l’interaction avec les feux en pessière noire durant l'Holocène.

Introduction aux méthodes d'analyse des durées de survie: application à l'écologie
La particularité des méthodes d'analyse de survie est que la variable à analyser (variable réponse ou dépendante) correspond à la durée d'un processus ou à une durée avant la survenue de l'événement étudié. L'événement étudié pouvant être:

*La mortalité des arbres ;
*La survenue d'un feu de forêt ;
*La sortie d'un rat d’un labyrinthe;
*Etc.

Pendant cet atelier, nous verrons sommairement la théorie qui sous-tend ces modèles afin de mieux les comprendre et nous verrons également comment les utiliser avec quelques exemples concrets sous R. Des exercices pratiques seront également proposés. Ainsi, les participants devront apporter un ordinateur portable avec une version récente de R (https://cran.r-project.org/) préalablement installée sur leur système d'exploitation ainsi qu'une version récente de l'éditeur RStudio (version gratuite, https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/).

Animateur

Hermine Nguena  ()
Hermine Nguena est professionnelle de recherche au CEF (UQAT) depuis septembre 2018.

Premier pas sur des serveurs de Calcul Québec
Utiliser un superordinateur peut être une expérience plutôt déroutante pour un débutant. Plusieurs défis doivent être relevés avant de pouvoir bénéficier pleinement de la puissance d’une telle installation. Le but de ce cours est de faire sauter ces barrières une à la fois et d’amener les participants à lancer leurs premiers calculs sur les serveurs de Calcul Québec.

Animateur

Julie Faure-Lacroix ()
En tant qu'agente de liaison scientifique, son travail consiste à contacter des chercheurs universitaires pour leur montrer à quel point les supercalculateurs peuvent les aider dans leurs recherches. Elle travaille sur divers projets allant des modèles statistiques en R aux analyses géospatiales dans ArcGIS.

Introduction et expérimentation des méthodes participatives pour la conciliation des usages et la gestion durable de la forêt
Cette formation de niveau débutant est destinée à tous ceux et celles désirant s'initier par l’expérimentation aux méthodologies participatives appliquées au contexte forestier. L'intégration de processus participatifs dans la gestion des ressources naturelles permet de mieux intégrer les enjeux sociaux et environnementaux dans les politiques et pratiques forestières, pour ainsi contribuer à une plus grande acceptabilité sociale.

Les ateliers participatifs et collaboratifs permettent de libérer la parole et d’impliquer les participants dans le processus de réflexion et de décision, dans une logique de coopération et de co-construction. Ils favorisent la compréhension partagée des problématiques et des possibles solutions. La participation facilite la concertation et l’implication de l’ensemble des acteurs du territoire forestier (propriétaires, gestionnaires, décideurs locaux, usagers des biens et services, etc.) dans les décisions de gestion et d'aménagement de ces territoires. Les processus participatifs renforcent le dialogue et la collaboration entre le secteur forestier et les autres secteurs concernés dans la gestion de l’environnement forestier (eau, agriculture, énergie, tourisme, environnement, aménagement du territoire, etc.)

Cet atelier est proposé comme un exercice pratique de la mise en œuvre d’une démarche participative, concrétisant ses principaux avantages et défis. Quelques éléments théoriques seront présentés, mais l’accent sera mis sur l'expérimentation d’activités participatives. Une équipe d’éco-conseillers accompagnera les participants dans la démarche.

Animateur

Maria Isabel Canovas Abril ()
Maria Isabel est doctorante en sciences de l'environnement et détentrice d’une maîtrise en science sociales appliquées à l'environnement et une deuxième maîtrise en développement humain durable et intervention sociale. Sa recherche actuelle porte sur la gouvernance de forêts de proximité et l'aménagement durable de la forêt boréale.