Introduction à la cartographie avec QGIS
Apprenez à réaliser une carte avec le très populaire logiciel open source et gratuit QGIS. Nous verrons en quoi consiste l'information géographique, où la trouver, comment résoudre les problèmes de projections et, surtout, comment construire une carte à insérer dans un article ou un rapport.

Learn how to make a map with the popular open source and free QGIS software. We'll see what is geographic information, where to find it, how to solve projection problems and, most importantly, how to build a map to insert into an article or report.

Animé par Pierre Racine  ()
Professionnel de recherche, Université Laval
Pierre Racine est professionnel de recherche pour le CEF à l'Université Laval depuis 2006. Il est expert de ArcGIS, QGIS et PostGIS et programme dans de nombreux langages depuis plus d'une trentaine d'années.

Apprentissage d’outils afin d’évaluer les relations climat-croissance
Cet atelier est une introduction à la dendrochonologie et climatologie à travers des approches utilisées pour analyser les relations climat-croissance. Je présenterai des techniques simples et avancées pour interpréter les anneaux d'arbre et leurs associations avec des données climatiques en utilisant plusieurs logiciels, notamment Coorecorder, CDendro, ClimateNA, Climatic Research Unit Standardisation of Tree-Ring data, dplR, et treeclim.

Learning practical tools to assess climate-growth relations This workshop is an introduction to dendrochronology and climatology via methods used to analyse climate-growth relations. I will present basic and advanced techniques to interpret tree-rings and their associations with climate using several applications including Coorecorder, CDendro, ClimateNA, Climatic Research Unit Standardisation of Tree-Ring data, dplR, and treeclim.

Animé par Raphael Chavardes  ()
Postdoctorant, Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue
Raphaël s’intéresse aux perturbations et dynamiques forestières, ainsi que la dendrochronologie et la climatologie. Il est postdoctorant à l'Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue et un coordinateur du groupe de recherche sur les forêts froides (https://forets-froides.org/). Raphaël a compléter ses études (MSc et PhD) en écologie des feux de forêts et interactions feux-climat dans la Faculté de Foresterie à l'Université de Colombie Britannique (University of British Colombia, Faculty of Forestry).

Apprentissage profond appliqué à l'observation de la Terre
L'évolution des capteurs d'observation de la Terre a permis d'obtenir des images satellites de résolutions décimétriques (30 à 50 cm) et des images aériennes (acquises par drones) de résolutions millimétriques. Les algorithmes traditionnels de traitement d'images de télédétection ne permettent pas d'exploiter ces images à leur plein potentiel. Le recours aux nouvelles approches de vision par ordinateur, notamment celles basées sur les réseaux de neurones convolutifs profonds, a permis d'améliorer les performances de plusieurs applications d'observation de la Terre utilisant ces images et d'en créer des nouvelles. L’atelier en apprentissage profond appliqué à l'observation de la Terre comportera un exposé des bases théoriques qui permettront aux participants de comprendre le domaine, ainsi que des exercices pratiques visant à appliquer les techniques liés aux réseaux de neurones convolutifs dans des applications concrètes. Ainsi, le contenu théorique nécessaire sera présenté, il sera complété par l'application des bibliothèques classiques d’apprentissage profond, par des présentations de scripts et de stratégies d’entrainement, etc. L’atelier s’adresse principalement aux étudiants (priorité aux cycles supérieurs) et aux professionnels de l’information geospatiale qui ne sont pas encore familiers avec l’apprentissage profond. Des connaissances en programmation Python (débutant / intermédiaire) sont requises.

Animé par Yacine Bouroubi ()
Prof, Université de Sherbrooke
Yacine Bouroubi est professeur de traitement d'images au département de géomatique appliquée de l'Université de Sherbrooke. Après des études universitaires en génie électrique, il a réalisé un doctorat en télédétection à l'Université de Montréal. Il a travaillé durant 10 ans (2003-2013) comme assistant de recherche (doctorant et postdoctorant) à Agriculture et Agroalimentaire Canada et durant 5 ans (2013-2017) dans l'industrie de l'information géospatiale. En 2017, il a rejoint l'Université de Sherbrooke, où plusieurs de ses travaux de recherche portent sur l'application de l'apprentissage profond à l'analyse des images d'observation de la Terre à très haute et à ultra-haute résolutions.

Apprendre à utiliser les modèles de croissance forestière Artémis, CroiRePlant, Natura et SaMARE sur Capsis.
Les modèles de croissance permettent de simuler l’évolution de la forêt. Ils peuvent aider les professionnels du milieu forestier à prendre des décisions éclairées en lien avec la sylviculture et l’aménagement forestier durable ou peuvent être utilisés par les chercheurs pour simuler l’évolution des caractéristiques des arbres et des peuplements forestiers dans le cadre de leurs travaux de recherche. Les différents modèles de croissance de la Direction de la recherche forestière du ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs ont chacun leurs particularités. Artémis et SaMARE permettent de simuler individuellement la croissance de chaque arbre et d’effectuer des simulations de coupes partielles. Natura simule la croissance à l’échelle du peuplement en prenant compte de l’âge. CroiRePlant est, quant à lui, un modèle spécifique destiné à simuler la croissance des plantations. Ces quatre modèles sont intégrés à la plateforme Capsis pour en faciliter leur utilisation. Cet atelier d’une demi-journée sera divisé en deux parties. Une première partie théorique présentera les caractéristiques et les fonctionnalités des différents modèles de croissance. Lors de la deuxième partie, les participants s’initieront à l’environnement Capsis et réaliseront individuellement des exercices avec les quatre modèles. Ainsi, les participants devront apporter un ordinateur portable avec Capsis préalablement installé (ftp://ftp.mrn.gouv.qc.ca/Public/Drf/CAPSIS/Formation_Modeles_DRF/).

Animé par:
Isabelle Auger ()
stat., M.Sc., MFFP-Direction de la recherche forestière
Isabelle Auger est statisticienne, diplômée de l’Université Laval en 1995. En 1997, le même établissement lui décerne un diplôme de maîtrise ès sciences. Depuis 1999, elle travaille à la Direction de la recherche forestière du MFFP au sein de l’équipe de biométrie. Ses principaux champs d’expertise sont la modélisation de la croissance forestière et du rendement des forêts, la planification d’expériences et l’analyse de variance, les modèles mixtes et les modèles linéaires généralisés.

Hugues Power ()
ing.f., Ph. D., MFFP-Direction de la recherche forestière
Diplômé de l’Université Laval en 1998, Hugues Power est ingénieur forestier. Il obtient en 2013 un doctorat en biologie de l’Université du Québec à Montréal (UQAM). Travaillant à la Direction de la recherche forestière au MFFP depuis 2012, ses travaux portent sur les modèles de croissance. Il est responsable du développement du modèle Artémis, un modèle à l’échelle de l’arbre particulièrement utilisé en forêt feuillue et mixte.


Filip Havreljuk ()
ing.f., Ph. D., MFFP- Direction de la recherche forestière
Filip Havreljuk est ingénieur forestier, diplômé de l’Université Laval depuis 2008. Il a obtenu un doctorat en sciences forestières en 2015 portant sur la qualité des arbres feuillus. Depuis 2013, il travaille à la Direction de la recherche forestière au MFFP à titre de chercheur en modélisation de la croissance. Ses travaux portent principalement sur le développement des modèles liés à la croissance et la qualité des arbres et peuplements feuillus, notamment le modèle SaMARE.

Manipulation et exploration des bases de données sous R à l’aide du tidyverse
La manipulation de bases des données (nettoyage, restructuration, agrégation, recodage des variables…) est un prérequis à tout travail de recherche. Il s’agit toutefois d’un ensemble de tâches souvent fastidieuses, redondantes et complexes, pouvant en cas d’erreurs de manipulation mener à une corruption des données. L’objectif principal de cet atelier est donc d’aider les utilisateurs dans ces tâches sous l’environnement de travail R en recourant à un ensemble de bibliothèques (ou packages) regroupées sous l’appellation tidyverse (https://www.tidyverse.org/). Ce terme – contraction de tidy et de universe – regroupe une collection de bibliothèques conçues pour fonctionner de concert, fondées sur une philosophie commune et incluant des fonctions ayant une syntaxe cohérente. Dans le cadre de cet atelier, il sera proposé aux participants d’explorer les principales fonctions permettant de créer, de modifier, d’agréger et d’explorer des bases de données au moyen du tidyverse, mais aussi de se familiariser avec le format de base de données tibble et l’opérateur %>% (pipe) facilitant l’application en chaine de fonctions à un même jeu de données. En outre, cet atelier pourra constituer une introduction à l’atelier “Programmation fonctionnelle sur R” animé par Valentina Buttò en optimisant des jeux de données en vue de l’application de principes de programmation fonctionnelle.

The manipulation of databases (cleaning, restructuring, aggregating, recoding variables...) is a prerequisite for any research work. However, these tasks are often tedious, redundant and complex, and can lead to data corruption in case of manipulation errors. The main objective of this workshop is therefore to help users in these tasks with the R environment by using a set of packages grouped under the name tidyverse (https://www.tidyverse.org/). This term - a contraction of tidy and universe - encompasses a collection of packages designed to work together, based on a common philosophy and including functions with a coherent syntax. In this workshop, participants will explore the main functions for creating, modifying, aggregating and exploring databases using tidyverse, as well as becoming familiar with the tibble database format and the %>% (pipe) operator facilitating the application of a string of functions to a single dataset. Furthermore, this workshop can be an introduction to the \Functional Programming on R\ workshop led by Valentina Buttò by optimizing data sets for the application of functional programming principles.

Animé par:
Maxence Martin  ()
Postdoctorant, Université du Québec à Chicoutimi
Maxence Martin est stagiaire postdoctoral au laboratoire d’écologie végétale et animale à l’UQAC. Ses travaux portent principalement sur la diversité et la dynamique des vieilles forêts boréales ainsi que sur les microhabitats arborescents. Maxence Martin est aussi le directeur de ”Symphonies boréales”, projet de médiation scientifique utilisant l’art pour sensibiliser aux enjeux liés aux vieilles forêts boréales. Avec Valentina Buttò et Vincent Arnaud, il anime un atelier hebdomadaire de discussion, de partage et d’entraide autour du logiciel R à l’UQAC.

()
Professeur-chercheur, Université du Québec à Chicoutimi
Vincent Arnaud est professeur-chercheur en linguistique au Département des arts et lettres de l’UQAC. Ses travaux portent principalement sur l’analyse acoustique de la parole humaine en lien avec les caractéristiques des individus (caractéristiques sociales, conditions physiologiques…) et sur la perception des faits de variation phonétique. Associé à la Chaire en éco-conseil de l’UQAC et au laboratoire « Dynamique du langage » (CRNS - Université Lyon 2), Il collabore à différents projets en fouille de textes et en bioacoustique.

Introduction au traitement des données géospatiales dans R
Cet atelier présente une vue d'ensemble des principaux packages R pour le traitement, l'analyse et la cartographie de données géoréférencées (y compris les packages sf, raster et mapview). Nous verrons comment effectuer dans R les opérations typiques des systèmes d’information géographique (SIG) et comment ces fonctions sont intégrées au cadre général d’analyse des données de R. Un ordinateur portable avec une version récente de R et RStudio installée est requis pour cet atelier.

This workshop presents an overview of the main R packages for processing, analyzing and mapping georeferenced data (including the sf, raster and mapview packages). We will see how to perform in R typical operations of geographic information systems (GIS), and how these functions are integrated with R’s general data analysis framework. A laptop with recent versions of R and RStudio installed is required for this workshop.

Animé par Philippe Marchand  ()
Professeur, Université du Québec en Abitibi-Témiscamingue
Philippe Marchand est professeur en écologie et biostatistiques à l’Institut de recherche sur les forêts de l’UQAT. Ses travaux de recherche portent sur la modélisation de processus qui influencent la distribution spatiale des populations, incluant: la dispersion des graines et l'établissement des semis, le mouvement des animaux, et la propagation des épidémies forestières. Il enseigne actuellement un cours d’Analyse des données complexes à l’UQAT (https://pmarchand1.github.io/ECL8202/) et est l’auteur de trois packages R, dont 'rslurm' qui facilite l’exécution de fonctions R en parallèle via l’ordonnanceur Slurm.

Programmation fonctionnelle sur R
La possibilité de travailler avec des bases de données des plus en plus grandes et nécessitant des analyses toujours plus complexes pose de nouveaux défis aux chercheurs. C’est pour cette raison, que des compétences en programmation fonctionnelles sont désormais nécessaires dans la plupart des domaines de recherche. Les participaient auront l’occasion d’apprendre les bases pour écrire de fonction sur R afin d’automatiser au maximum les processus d’analyses nécessaires à la production scientifique. Dans la cadre de l’atelier, les fonctions apply, sapply, mapply et l’intégration des fonction customisées avec le package purr seront explorés à travers des exemples pratiques.

Animé par Valentina Butto' ()
Étudiante au doctorat, UQAC
Mes recherches portent sur l’étude des facteurs intervenant dans la formation des cernes de croissance dans la forêt boréale et de l’influence de leurs variations sur les caractéristiques finales des cernes. Sur la base de différentes approches de modélisation, j'évalue l'effet de la dynamique temporelle sur les caractéristiques des cellules afin de déterminer dans quelle mesure les facteurs environnementaux et de développement affectent le processus de formation des cernes. Mes domaines d’expertises vont de l'extraction et de la manipulation des données d'anatomie du bois à l'analyse des larges bases de données avec R.

Introduction au dessins vectoriels pour la publication scientifique - Inkscape 101
Inkscape est un logiciel libre et gratuit de dessin vectoriel. Ce logiciel permet d'éditer des graphiques et figures issues de R, de les sauver dans un format léger, sans perte de qualité et adapté aux formats utilisé par les éditeurs scientifiques.

Animé par Michael Belluau  ()
Postdoc, UQAM
Michael Belluau est un jeune chercheur en écologie fonctionnelle et écophysiologie végétale. Il a réalisé un doctorat au sein du laboratoire de Bill Shipley à l'université de Sherbrooke. Au cours de son doctorat et plusieurs contrats de recherche, il a utilisé, de façon approfondie, le dessins vectoriel (Corel-Draw et Inkscape) couplé au logiciel R pour réalisé des figures, schémas et graphiques pour la publication d'articles scientifiques.

Introduction to Optical Satellite data using RSToolbox in R
This beginner level training is intended for all those wishing to be introduced to the Satellite Remote Sensing with R programming environment. This training focuses on basic introduction of R programming concepts to handle optical satellite datasets such as Landsat, Sentinel-2 and other high spatial resolution data. Several topics will be addressed during this half day training such as how to download Landsat data from USGS website, getting remote sensing data into R (Raster / Vector), basic data manipulation (crop, mask and extract), basic plotting of Raster data, histogram generation, stretching, generation of spectral indices and basic Introduction of RSToolbox-1. The techniques will be illustrated with the help of examples for different optical satellite datasets. No experience with R is required for this training,https://cran.r-project.org/ ) as well as a recent version of the RStudio Desktop Editor (free license version, https://www.rstudio.com/products/rstudio/download2/ )

Animé par Siddhartha Khare  ()
Postdoctoral fellow, University of Quebec at Chicoutimi (UQAC) Canada
Siddhartha Khare is working as a Post-Doctoral Fellow at UQAC, Canada with an interest in contributing to a deeper understanding of satellite remote sensing based methods to determine the effect of phenology, soil and climatic conditions on the growth of black spruce, a species of great ecological and economic interest for Québec. This is a collaborative projet of and Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs (MFFP) Quebec. He has developed routines in R programming to carry out the dense time series analysis of phenology, invasive plant species identification, mapping and biodiversity assessment.

Méta-analyse 101
Les méta-analyses et les revues de littérature systématique sont de plus en plus populaires, mais peu de chercheurs ont reçu une formation pour réaliser de telles études. Dans cet atelier, les participants apprendront les premières étapes d’une méta-analyse, soit de la définition d’une question de recherche jusqu’à l’extraction des données. Le contenu de l’atelier couvrira également les revues de littérature systématique. Les participants utiliseront un exemple fictif ou leur propre question de recherche pour réaliser différents exercices. Des concepts de base en statistique seront discutés. À la fin de la formation, les participants devraient être capable de démarrer leur projet de méta-analyse en suivant les règles de l’art. Le contenu de l’atelier sera basé sur des ouvrages de références dans le domaine ainsi que sur l’expérience en la matière de l’animatrice. Un ordinateur portable sera requis pour les exercices et le logiciel R pourrait être utilisé.

Meta-analyses and systematic literature reviews are more and more popular, but few researchers have received the training to realize such studies. In this workshop, the participants will learn the first steps of a meta-analysis, from the definition of a research question to the extraction of data. The content of the workshop will also cover systematic literature reviews. The participants will use a fictional example or their own research question to realize several exercices. Basic statistical concepts will be covered. At the end of the workshop, the participants should be able to start their meta-analysis project, following accepted standards. The content of the workshop will be based on reference books and on the experience of the presenter. A computer will be required for the exercices and the software R could be used.

Animé par Emilie Champagne ()
Chercheuse postdoctorale, Direction de la recherche forestière MFFP
Emilie Champagne est actuellement une chercheuse postdoctorale à la Direction de la recherche forestière (MFFP). Elle a effectué un baccalauréat, une maîtrise et un doctorat en biologie à l’Université Laval et se spécialise dans les relations plantes-herbivores. Emilie Champagne a réalisé plusieurs projets de méta-analyse et de revue de littérature systématique.

Introduction to Big Data in R - the data.table package
The use of “big data” is becoming increasingly prevalent in ecology. Using these big data sources requires ecologists to be familiar with data management software and best practices. This training will introduce the package data.table in the R statistical software program which enables data management and processing of big data from the R program with similar speed and efficiency to data management specific programs. In this training, you will be able to install and call the primary data.table functions. You will become familiar with the syntax used to operate data.table and learn strategies to load large data sets into R without the use of high performance computers. You will learn how to summarise big data and perform sanity checks to ensure that data has been entered and read in correctly. You will also learn how to manipulate and join big datasets efficiently and to convert data between long and wide formats easily. The training will focus on using the Maine forest inventory as a real-world example to achieve these learning objectives through creation of a site-level productivity table and a species abundance table. Basic knowledge of R is required.

Animé par Eric Searle  ()
Postdoctorant, Centre d'étude de la forêt, UQAM
Eric Searle received his PhD in Forest Science in 2019 from Lakehead University in Thunder Bay, ON. His doctoral research focusses primarily on using permanent sample plot networks from across Canada to investigate how forest ecosystem dynamics have responded to global environmental change. He has also investigated possible methods to mitigate negative outcomes of global environmental change on forest function with a focus on maintaining and promoting tree diversity. At UQAM he is working with Alain Paquette to examine underlying mechanisms of the tree biodiversity-ecosystem functioning relationship.

Introduction au traitement d'imagerie drone appliquée au milieu forestier
Cet atelier vise à introduire les concepts et les étapes reliés à l'utilisation de drones pour réaliser des projets de télédétection en milieu forestier. Il abordera notamment : les principes fondamentaux de télédétection par drone, la planification d’une mission d’acquisition d’imagerie par drone ainsi que le prétraitement et traitement d’imagerie visible-infrarouge acquise en milieu forestier. L’atelier aura lieu dans un laboratoire informatique et inclut des présentations magistrales ainsi que le traitement d’un jeu de données sur Pix4D. Une connaissance de base en SIG est souhaitable.

Animé par Jérôme Théau  ()
Professeur, Université de Sherbrooke
Jérôme Théau est professeur au Département de géomatique de l'Université de Sherbrooke. Il est également chercheur au Centre d'applications et de recherches en télédétection (CARTEL) ainsi qu'au Centre de la science et de la biodiversité du Québec (CSBQ). Pionnier dans le domaine au Québec, le professeur Théau cumule plus de 10 ans d'expérience dans l'utilisation des drones appliquée à l'environnement. Ses recherches portent notamment sur l'agriculture de précision ainsi que la conservation et l'inventaire faunique.

Données et produits de l’inventaire écoforestier et quelques jeux de données de la Direction de la recherche forestière du MFFP
Le MFFP investit des efforts considérables pour acquérir de l’information sur les forêts et leur environnement. Cette formation s’intéressera dans un premier temps aux travaux de la Direction des inventaires forestiers. Le Québec méridional a été inventorié complètement à quatre reprises et le cinquième inventaire s'est amorcé en 2015 dans la région de l'Outaouais et devrait se terminer en 2025 avec les données de la Côte-Nord. Grâce aux développements technologiques, ces informations ont pu être colligées en jeux de données qui sont maintenant disponibles sur le site Internet du MFFP, Données Québec et la carte interactive Forêt ouverte. Dans un deuxième temps, la Direction de la recherche forestière présentera le réseau d’étude et de surveillance des écosystèmes forestiers. Ce réseau, mis en place il y a 30 ans, compte à ce jour 45 places d’étude distribuées dans tout le Québec et trois bassins versants forestiers représentatifs des grands biomes forestiers du Québec. En terminant, il sera question des données issues des réseaux de placettes mis en place pour étudier les effets réels de divers traitements sylvicoles, que ce soit en plantation ou en forêts naturelles.

Animé par:
Anne Théodorescu ()
ing.f., MFFP-Direction des inventaires forestiers
Anne Theodorescu est ingénieure forestière, diplômée de l’Université Laval en 2014. Elle a débuté sa carrière en foresterie urbaine et a par la suite travaillé en forêt privée pour un groupement forestier en Beauce. Aujourd'hui, elle occupe le poste de responsable en transfert de connaissances pour la division de la diffusion et du soutien à la clientèle de la Direction des inventaires forestiers.

Mélanie Major ()
ing.f., M. Sc.,, MFFP-Direction des inventaires forestiers
Mélanie Major est ingénieure forestière, diplômée de l’Université Laval en 2007. En 2010, le même établissement lui décerne un diplôme de maîtrise en sciences forestières. Depuis 2009, elle travaille à la Direction des inventaires forestiers du MFFP, au sein de l’équipe d’écologie. Récemment, elle a intégré la division de la diffusion et du soutien à la clientèle, où elle s’occupe des dossiers en lien avec la diffusion des données écoforestières, au moyen notamment de la carte interactive Web.


Louis Duchesne ()
ing.f., M. Sc., MFFP- Direction de la recherche forestière
Louis Duchesne, ing.f., M. Sc., occupe un poste de chercheur expert au sein du créneau de recherche sur les écosystèmes et l’environnement à la Direction de la recherche forestière, où il supervise les activités de suivis environnementaux de bassins versants forestiers menés par le ministère des Forêts, de la Faune, et des Parcs depuis plus de 30 ans. Ses travaux spécialisés dans l’étude de la croissance et de la nutrition des forêts visent principalement à mieux comprendre et à anticiper les impacts des facteurs de stress environnementaux sur la dynamique forestière.


Stéphane Tremblay ()
ing.f. M. Sc., MFFP-Direction de la recherche forestière
Stéphane Tremblay est ingénieur forestier diplômé de l’Université Laval en 1993 et il a obtenu une maîtrise dans la même institution en 1996. Depuis 2000, il est chercheur à la Direction de la recherche forestière au MFFP. Ses projets portent sur les principaux traitements sylvicoles appliqués ou en développement en forêts résineuses. Ses travaux visent à caractériser les effets de ces traitements sur la production ainsi que les attributs des arbres et des peuplements.