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1 - Génétique et biologie du génome des CMAs
La génétique des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) a été notoirement difficile à évaluer en raison de leur état multinucléé perpétuel, leur dépendance envers leurs hôtes végétaux et l'absence de reproduction sexuée observable. Je présenterai ici des travaux collaboratifs qui associent la génomique, l'analyse d'un seul noyau et la capture de la conformation de la chromatine, et discuterai comment ces travaux ont remodelé notre compréhension de la génétique des CMA et le potentiel (para)sexuel et ont révélé des interactions génétiques complexes entre ces champignons et leurs plantes hôtes.
\\The genetics of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) have been notoriously difficult to assess due to their perpetual multinucleated state, obligate plant biotrophy, and lack of observable sexual reproduction. Here, I will present recent collaborative work that combines AMF genomics, single nucleus analysis and chromatin conformation capture, and discuss how this work has reshaped our understanding of AMF genetics and (para)sexual potential and revealed intricate genetic interactions between these fungi and their plant hosts.

2 - Une technique simple et peu coûteuse pour démarrer des cultures monosporales de champignons mycorhiziens arbusculaires en utilisant un polymère superabsorbant.
Une technique de culture de champignons mycorhiziens arbusculaires (CMA) sur plante entière en conditions non stériles a été développée. Le dispositif de culture utilise des boîtes de Petri bicompartimentées contenant de la vermiculite (compartiment des racines) et un polymère superabsorbant transparent (compartiment du CMA). Aucune technologie dispendieuse ni produit chimique toxique ne sont requis pour la mise en place du système de culture. La technique de culture peut donc être utilisée dans des laboratoires modestement équipés. Cette technique permet d’observer le développement des racines de la plante hôte ainsi que les structures intra et extraracinaires fongiques en tout temps sans perturber la symbiose. Le polymère offre peu de nutriments aux potentiels contaminants ce qui permet de travailler sans stérilité. Cette caractéristique facilite grandement la mise en place, la gestion et le suivi des cultures. La technique a été validée avec la plante "Plantago lanceolata" et sept espèces de CMA ("Diversispora varaderana, Funneliformis geosporus, Gigaspora rosea, Rhizophagus irregularis, R. intraradices, Racocetra fulgida" et "Sclerocystis sp.") appartenant à six genres et trois familles. Les résultats montrent qu’elle permet l’établissement de cultures monosporales avec un fort taux de succès et s’avère donc un précieux outil pour la taxonomie des CMA. Les différentes expériences réalisées suggèrent que la réponse des CMA à cette technique de culture varie grandement selon les espèces.

3 - Characterization of unknown transposable elements families in arbuscular mycorrhizal symbiont Rhizophagus irregularis
Transposable elements (TEs) are repetitive sequences that drive gene function, expression and genome evolution in most eukaryotes. Depending on the main way of mobilization TEs are classified as retrotransposons and DNA transposons and are distributed into families based on sequences similarities. About 50% of the arbuscular mycorrhizal fungus (AMF) Rhizophagus irregularis genome carries repetitive elements. However, about a third of these sequences are still unclassified, hampering our understanding of the diversity and function of TE for this model species. To address this, we used ClassifyTE pipeline to the R. irregularis genome, and found that 8.4% of unknown TEs shared signatures with retrotransposons elements, including SINE elements which were previously unknown in this species. Notably, 91.6% of unknown TEs caries TIR DNA transposons signatures. Analyses of TE landscapes a revealed recent DNA transposon invasion in this species, mostly from Tc1 elements, suggesting that this TE family may play a driving role in generating genome diversity in this model AMF.

4 - A simplified process of biological fertilization by seed coating with mycorrhizal fungal spores and PGPR bacteria in maize and sorghum
We aimed to develop a coating process for maize and sorghum in order to simplify the application of microbial fertilizers and increase seed resistance against insects. The coating is a thin layer of Rhizophagus fasciculatus and Rhizophagus aggregatus spores and Leifsonia sp. applied on the surface of seeds using three Arabic gum solutions (10, 15 and 20%) as glue materials. The germinating capacities of seeds and coated inoculants were followed up to 4 months of storage between 6°C and 25°C conditions. The remaining seed batches were mixed with 5 days aged insects (Sitophilus zeamais and Rhyzopertha dominica). Insect emergences were daily monitored and their damages on seeds were followed. Data showed that coating with a 10% gum solution had no negative effect for maize and sorghum seed germination. Moreover, seeds can be stored for up to 4 months at 6°C without losing their germinability. Nevertheless, coating with 15 and 20% gum decreased the germinating characteristics of sorghum small-seeds. Furthermore, incorporating fungal spores through seed coating did not alter mycorrhizal spores in generating root colonization. Lastly, the coatings decreased significantly the insect emergences with less seed attacks and seed weight losses although no gum dose is able to completely stop the emergence of S. zeamais and R. dominica.

5 - La culture intercalaire de Brassica oleracea et les champignons mycorhiziens arbusculaires en agroécosystème
Il est connu que les Brassicaceae (cultivées ou sauvages) peuvent réduire la densité des populations de champignons à mycorhizes arbusculaires dans le sol. En agriculture, ceci peut nuire à la colonisation des espèces mycotrophes cultivées après les Brassicaceae. La culture intercalaire de plantes compagnes mycotrophes pourrait atténuer ce phénomène. Ici, nous présentons les résultats préliminaires d’une expérience en champ où le chou et le brocoli (Brassica oleracea) sont cultivés avec ou sans trèfle blanc (Trifolium repens) en intercalaire. Nous évaluons l’impact de cette pratique culturale sur (1) la productivité des Brassicaceae et (2) la communauté de champignons mycorhiziens à arbuscules de l’agroécosystème maraîcher. Ceci pourrait accélérer la colonisation des racines d’une rotation de culture subséquente, et en hausser le rendement. Par contre, la présence d’un intercalaire mycorhizien pourrait aussi favoriser la colonisation des racines de crucifères par les CMA, ce qui a le potentiel d’engager les mécanismes de défense plus qu’une symbiose mutuellement bénéfique. Les impacts sur les rendements de crucifères et sur leur susceptibilité aux pathogènes demeurent incertains et sont évalués ici. Contrairement à nos attentes, les racines de brocoli furent parfois colonisées par des hyphes de CMA, que le trèfle soit présent entre les rangées ou non. La productivité des brocolis et des choux ne semble pas particulièrement affectée par le compagnonnage avec le trèfle. Le concept expérimental du projet, ainsi qu’une brève revue de littérature portant sur les CMA en agroécosystème et leurs interactions avec les Brassicaceae seront présentés.

 

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6 - Comment établir un bon reseau de mycorhizes pour ma permaculture
Comment soutenir un verger permaculturel, sur un sol à nu d'un terrain forestier complètement remanié ? Comment améliorer la structure et la fertilité du sol? Pour les endomycorrhizes on envisage de semer des céréales, des fines-herbes, des fleurs comestibles, des graminés et des plantes ornementales. Pour les ectomycorrhizes on envisage d'inoculer plusieurs espèces de champignons comestibles. Quels seraient les espèces à favoriser, ou à éviter? Quelles actions prendriez-vous?
\\How to build mycorhizian networks in bare soil of a newly planted permaculture (fruits trees and bushes) ? How to enhence soil structure and fertility ? To establish endomycorhizian network, we plan to sew cereals, grasses, aromatic herbs, edible flowers and some ormenental plants. To establish ectomycorhizian network, we plan to inoculate several species of edible mushrooms on the ground covered with fragmented rameal wood.What species of plants would you use or not use ? What would you do different?

 

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7 - Inoculants mycorhiziens et microorganismes biostimulants en
agriculture
La production et la formulation d’inoculants mycorhiziens commerciaux représentent un réel défi, afin de livrer aux producteurs un produit de grande qualité, viable, efficace et facile à utiliser. Des essais au champ rigoureux et multiples en conditions réelles de culture doivent accompagner cette offre de produits afin de démontrer la rentabilité pour le producteur agricole. Nous verrons que dans un but de complémentarité de fonctions, l’addition de bactéries spécifiques peut créer une synergie améliorant davantage la croissance végétale, le tout alimenté via le champignon mycorhizien.

Récemment, un nouveau champignon endophyte est maintenant disponible commercialement au Canada dans la culture du canola, le Serendipita indica. Nous poursuivrons en exposant les propriétés remarquables de ce champignon, aux rôles complémentaires à ceux des mycorhizes arbusculaires, le tout accompagné de données d’efficacité venant du champ.

Ce développement d‘inoculants biostimulants représente une voie d’avenir pour le développement d’une agriculture durable, où l’utilisation d’intrants chimiques est vouée à une réduction significative au cours des prochaines années.

 

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8 - L’inoculation ectomycorhizienne : un allié de taille pour la correction de la carence en fer des plants en pépinière forestière
La mycorhization figure parmi les pratiques culturales qui contribuent de façon significative à l’amélioration de la qualité morphophysiologique des plants en pépinière forestière, de leur survie et de leur croissance en site de reboisement. Les effets positifs de la mycorhization sont plus apparents en présence de stress environnementaux très sévères qui limitent la survie, la croissance et la nutrition minérale des plants.

Cette conférence sera axée sur la présentation de certains travaux réalisés au Québec et ailleurs à une échelle opérationnelle dont les principaux objectifs consistent à i) identifier les symptômes de carence en fer; ii) déterminer les principaux facteurs responsables de la carence en fer des plants en pépinière forestières; et iii) passer en revue les techniques culturales utilisées pour la correction de la carence en fer tout en mettant l’accent sur l’utilisation des champignons ectomycorhiziens à une échelle opérationnelle.

L’inoculation des plants résineux à l’aide de spores de Rhizopogon a conduit à une excellente colonisation des racines et à une correction de la chlorose des plants due à une carence en fer. Les plants témoins non-inoculés ont continué à montrer une chlorose des aiguilles. Nous avons également observé une bonne extension de la phase extramatricielle constituée par de cordons mycéliens, une bonne colonisation des racines des plants et une bonne cohésion de leurs carottes.

L’amélioration de la qualité des plants combinée à la mycorhization dans les pépinières forestières a permis d’améliorer de façon significative la survie et la croissance des plants en site de reboisement.

 

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9 - Le caribou et le Matsutaké
À la grande rivière, en septembre 1996, j’ai observé le matsutaké pour la première fois au Québec. Les fructifications récoltées, laissées sur place, ont été couvertes de huit pouces au cours de la nuit. La revue scandinave Reindeer fait un résumé de ce que mange le caribou au cours de l’année. Au début de l’été, il consomme des branches puis des lichens toute l’année. Ayant examiné les champignons, on constate que la consommation débute en août et s’étale jusqu’en novembre; le graphique montre des x tout au long de l’hiver. Ils sont en quelque sorte mis au frigidaire.

Qu’en est-il de notre caribou? Le matsutaké ayant une odeur très forte, ils pourraient les repérer pendant l’hiver. Ce champignon se développe près de la surface du sol, ainsi ses lamelles ne peuvent semer les spores prés de la fructification, où il abonde déjà. Mangées par le caribou, elles sont transportées au loin, dans les défécations, les dispersant ainsi dans tout leur territoire. Les illustrations montrent des fructifications à peine émergées du sol. Le matsutaké très recherché se vend à prix d’or. Les japonais, n’en n’ayant plus chez eux, sont invités en nombres par les autochtones et repartent avec de grandes quantités de matsutaké. Les québécois peuvent dans une journée les vendre plus de $1000. Il serait urgent de conduire une recherche sur l’ensemble de cette problématique; une réelle menace pour les caribous, et examiner la coévolution matsutaké caribou.

10 - Investiguer la spécificité des champignons ectomycorhyziens comestibles: Des résultats préliminaires pour développer la mycosylviculture au Bas-Saint-Laurent
La cueillette de champignons comestibles et la diversification des activités économiques forestières gagnent beaucoup en popularité dans le Bas-St-Laurent. L’industrie a besoin de données fiables sur l’autécologie des différentes espèces afin de développer un nouveau modèle de foresterie intégrant la gestion de la ressource fongique, un modèle appelé « mycosylviculture ». Ce projet vise à qualifier la spécificité symbiotique des principaux champignons comestibles des forêts tempérées nordiques de l’est du Québec.
Au cours des étés 2021 et 2022, des échantillons de sols ont été prélevés au sein de talles de champignons ectomycorhiziens d’intérêt pour l’industrie agroalimentaire dans les forêts de la MRC de Témiscouata. Les racines portant des manteaux d’hyphes mycorhizien (manchons) ont ensuite été prélevées individuellement pour être soumises au séquençage à haut débit à partir de la plateforme « Illumina ». L’espèce végétale et l’espèce fongique associée au moyen de chacun des manchons mycorhiziens échantillonnés ont ainsi été identifiées.
Cette étude fournira de précieuses données pour le développement de la mycosylviculture, puisqu’elle permettra de cibler les essences à privilégier pour favoriser la croissance de champignons d’intérêt.

11 - Caractérisation de l'arôme de truffes (Tuber sp.) récoltées au Québec
Parmi tous les champignons ectomycorhiziens connus pour leurs propriétés gustatives, les truffes (Tuber sp.) sont classées parmi les aliments de luxe les plus dispendieux au monde. Elles ont une disponibilité saisonnière limitée, une faible durée de conservation et sont incluses dans un marché sous approvisionné, mais de façon importante, ce n’est pas seulement leur rareté qui explique leur prix élevé, mais leur arôme complexe et unique.

De nouvelles avancées dans la culture des truffes dans la province de Québec ont permis de cultiver une espèce jamais commercialisée auparavant : La truffe des Appalaches Tuber canaliculatum. Son approvisionnement est présentement très faible, mais ne cesse d’augmenter tout comme son intérêt culinaire. Malgré sa popularité grandissante, aucune étude scientifique n’a portée sur la composition moléculaire de son arôme.

Afin de caractériser l'ensemble des molécules composant l’odeur singulière de cette truffe, nous avons réalisé la première étude du volatilome de T. canaliculatum. L’extrait volatile a été isolé par microextraction sur phase solide de l’espace de tête (Headspace-SPME) et analysé en chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC/MS). Au total, 30 composés ont été identifiés, constituant plus de 98 % du volatilome de T. canaliculatum. Fait à souligner, il comprend également six composés identifiés pour la première fois dans les truffes. La comparaison de l’arôme de truffes du Québec avec des espèces européennes est présentement en cours. La caractérisation par olfactométrie permettra de déterminer la contribution individuelle de chacune des molécules à l’arôme global.
\\Of all the ectomycorrhizal fungi known for their taste properties, truffles (Tuber sp.) are ranked among the most expensive luxury foods in the world. They have limited seasonal availability, a short shelf life and are included in an undersupplied market, but most importantly, it is not just their rarity that explains their high price, but their complex and unique aroma.

New advances in truffle cultivation in the province of Quebec have made it possible to cultivate a species never commercialized before: The Appalachian truffle Tuber canaliculatum. Its supply is currently very low but continues to increase as does its culinary interest. Despite its growing popularity, no scientific study has focused on the molecular composition of its aroma.

In order to characterize all the molecules composing the singular smell of this truffle, we carried out the first study of the volatilome of T. canaliculatum. The volatile extract was isolated by headspace solid-phase microextraction (Headspace-SPME) and analyzed by gas chromatography coupled with mass spectrometry (GC/MS). A total of 30 compounds were identified, constituting more than 98% of the volatilome of T. canaliculatum. It also includes six compounds identified in truffles for the first time. The comparison of the aroma of truffles from Quebec with European species is currently underway. Characterization by olfactometry will make it possible to determine the individual contribution of each of the molecules to the overall aroma.

 

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12 - La culture des champignons mycorhiziens comestibles : avancées et écueils d’un art encore très jeune mais plein de promesses
Il y a quarante-cinq ans, des scientifiques cultivaient pour la première fois la truffe noire du Périgord. Plusieurs autres espèces de truffes ont depuis été cultivées, la truffe blanche d’Italie étant la dernière en date en 2019. Seule une poignée de champignons ont été cultivés de manière similaire, dont le Lactaire délicieux, cultivé pour la première fois en 1984, est l'espèce la plus avancée en termes de technologie et de rendements. Toutes ces réussites reposent sur la maîtrise des étapes suivantes : (1) synthèse mycorhizienne, (2) développement et acclimatation des mycorhizes, (3) plantations des jeunes arbres mycorhizés, (4) début de fructification, et (5) production saisonnière performante de fructifications au champ. Cependant, même pour les espèces mentionnées ci-dessus, toutes ces étapes nécessitent des recherches supplémentaires pour améliorer leur fiabilité et leur efficacité dans le processus de culture.

La cinquième étape, comprendre et optimiser les rendements des fructifications en truffières ou en champignonnières est de loin la moins étudiée et le facteur limitant de la filière. Plusieurs champignons comestibles prestigieux ne sont pas encore cultivables, comme les cèpes, les matsutaké et les oronges. Les scientifiques sont récemment parvenus à l'étape 4 pour les fameuses girolles ou chanterelles.

Cependant, pour toutes ces espèces dites « récalcitrantes », une compréhension de base de leur mode de vie trophique, un mélange éventuel de traits mycorhiziens et saprotrophes apparaît indispensable. Les outils modernes permettent à la jeune génération de scientifiques d'aborder de nombreuses questions, depuis l'amélioration de la culture des espèces partiellement apprivoisées jusqu’à l';augmentation du nombre d'espèces cultivables. L'impressionnante diversité des champignons mycorhiziens comestibles dans le monde est une ressource précieuse actuellement menacée par leur exploitation commerciale en milieu naturel et par les utilisations conflictuelles des terres. Non seulement les champignons mycorhiziens peuvent fournir des revenus importants à ceux qui les cultivent, mais leur production saisonnière durable en association avec des arbres contribue également à fournir des aliments délicieux et nutritifs, au stockage du carbone, à la biodiversité, à l'habitat faunique et à bien d'autres services écosystémiques. Pour toutes ces raisons, il est crucial d'encourager et de soutenir la recherche sur les champignons mycorhiziens comestibles et leurs applications.
\\Forty-five years ago, scientists cultivated the Périgord black truffle for the first time. Several other truffle species have since been cultivated, The Italian White Truffle being the latest addition in 2019. Only a handful of mushrooms have been grown similarly, of which Saffron milk cap, first cultivated in 1984, is the most advanced species in terms of technology and yields. All these successes are based on mastering the following steps: (1) mycorrhizal synthesis, (2) mycorrhiza development and acclimation, (3) out-planting of mycorrhizal seedlings, (4) onset of fructification, and (5) performing tree orchards. However, even for the species mentioned above, all these steps require further research to improve their reliability and efficacy in the cultivation process.

The fifth step, understanding and optimising the yields of fruiting-bodies in dedicated truffières or mushroom orchards is by far the most understudied,and the limiting factor of the industry. Several prestigious edible fungi are not yet cultivable, such as Porcini, Matsutake, and Caesar’s mushrooms. Scientists have recently succeeded up to step 4 for the famous chanterelles.

However, for all these so-called "recalcitrant" species, a basic understanding of their trophic lifestyle, a potential mixture of mycorrhizal and saprobic traits appears essential. The advance of modern tools enables the young generation of scientists to tackle these questions, from improving the cultivation of tamed species to increasing the number of cultivable species. The impressive diversity of EMF worldwide is a precious resource currently threatened by commercial harvesting and conflictual uses of land. Not only can EMF provide significant income to those who grow them but cultivating them sustainably can also contribute to the production of delicious and nutritious food, carbon storage, biodiversity, wildlife habitat and other ecosystem services. For all these reasons, it is crucial to encourage and support research on EMF and their applications.

13 - Les mycorhizes au cœur des interactions de compétition de la molinie sur le jeune chêne
En Europe occidentale, la régénération des chênes est compromise par une herbacée bien connue des forêts tempérées : la molinie. Des études précédentes ont démontré ses fortes capacités dans l’acquisition des nutriments et même son potentiel allélopathique mais il semble que son caractère compétitif implique d’autres mécanismes et d’autres bio-facteurs, comme les mycorhizes. L'objectif de ce travail était d'examiner les effets de la molinie sur le système racinaire et le taux d'ectomycorhization des semis de chêne ainsi que les conséquences sur la teneur en azote du chêne et du sol.

Des plants de chêne et de molinies ont été plantés ensemble ou séparément en pots et sous conditions semi-contrôlées. Après un an, la biomasse des parties aériennes et des racines de chêne était significativement plus faible en présence de molinie. De même, chez ces chênes, le nombre de racines latérales et le taux d'ectomycorhization du chêne étaient beaucoup plus faible que les chênes cultivés seuls en pot et ceci a été observé en parallèle d'une réduction de la teneur en azote.

Ces résultats montrent la complexité des interactions interspécifiques en milieu forestier, notamment pendant la phase de régénération. Les processus en jeu impliquent non seulement les plantes mais aussi la communauté microbienne du sol, soulignant la nécessité d’explorer le concept d’holobionte en écologie.
\\In Western Europe, the regeneration of oaks is compromised by a well-known herb in temperate forests: the moor grass. Previous studies have demonstrated its strong nutrient acquisition capabilities and even its allelopathic potential, but it seems that its competitive character involves other mechanisms and bio-factors, such as mycorrhizae. The objective of this work was to examine the effects of moor grass on the root system and ectomycorrhization rate of oak seedlings and the consequences on the nitrogen content of the oak and the soil.

Oak seedlings and moor grass were planted together or separately in pots and under semi-controlled conditions. After one year, the shoot and root biomass of oak was significantly lower with moor grass. Also, in these oaks, the number of lateral roots and the rate of ectomycorrhization of the oak was significantly lower than in oaks that were alone in pot and this was observed in parallel with a reduction in nitrogen content.

These results show the complexity of interspecific interactions in the forest environment, especially during the regeneration phase. The processes at play involve not only the plants but also the soil microbial community, underlining the need to explore the holobiont concept in ecology.

14 - Les mycorhizes arbusculaires comme indicateurs de la santé des plantes et des successions végétales sur 4 parcs à résidus miniers végétalisés au Québec
La trilogie Plantes-Sols-Microbes est essentielle au bon fonctionnement des écosystèmes terrestres. L’état des sols et de la microbiologie des sols sont souvent directement reliés à la santé des végétaux qui poussent à la surface. Le lien est encore plus direct lorsqu’il s’agit des symbioses microbiennes racinaires, en particulier la symbiose mycorhizienne arbusculaire, universellement répandue depuis 450 millions d’années à la surface du globe terrestre et qui concerne la grande majorité des plantes herbacées.

Sur les résidus des exploitations minières du nord du Québec, le problème de l'érosion éolienne empêche toute végétation de se réinstaller naturellement. Les opérations de végétalisation, qui consistent à réimplanter des végétaux adaptés et particulièrement résilients au vent, au froid, au manque de matière organique et à la sécheresse, sont indispensables au reverdissement de ces immenses étendues désertiques. C'est le travail qu'effectue l'entreprise Irrigation NORCO depuis plus de 20 ans sur les tailings des mines de fer de la région de Fermont.

Depuis 2014, l’étude systématique de la progression des successions végétales et de la mycorhization racinaire des espèces semées puis spontanées a permis de montrer1 que:

1. la mycorhization racinaire s’installe durablement sur les tailings miniers dès la 3ème année avec l’installation des espèces vivaces;

2.la progression des taux de mycorhization suit la diversification des espèces vivaces semées puis non-semées;

3.Rhizophagus et Claroideoglomus sont les deux principaux genres de champignons mycorhiziens arbusculaires, ou gloméromycètes, retrouvés sur les tailings miniers végétalisés, le genre Rhizophagus apparaissant seulement à partir de la 5ème année.

 

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1 - Sélection de milieux de culture pour la croissance mycélienne du tricholome à grand voile (T. magnivelare)
Les matsutakes réfèrent à un groupe de champignons ectomycorhiziens comestibles de haute valeur économique. Au japon, de 1941 à aujourd’hui, les récoltes ont chuté en raison de la dégradation de leurs forêts. Dès lors, environ 95 % des spécimens vendus sont importés de pays étrangers. L’espèce japonaise (Tricholoma matsutake) possède la meilleure valeur marchande et l’espèce nord-américaine de l’Est (Tricholoma magnivelare) lui est très proche parente, ce qui lui procure un avantage économique. Par conséquent, il s’agit d’une excellente opportunité pour développer la culture de T. magnivelare. Néanmoins, la majorité des études a porté sur la culture de T. matsutake, il importe donc d’acquérir des connaissances propres à la culture de T. magnivelare. La première étape de la culture des champignons ectomycorhiziens consiste à synthétiser du mycélium en conditions aseptiques sur un milieu nutritif riche en nutriments. Par conséquent, l'objectif de cette étude était d’identifier les meilleurs milieux nutritifs pour la synthèse de mycélium de T. magnivelare. Pour ce faire, la croissance mycélienne de deux souches a été mesurée sur cinq milieux gélosés (MMN, MNC, BAF, OTHA-TM et GL-TM) après 40 jours d’incubation. Certains milieux avaient des performances similaires, mais les milieux BAF et GL-TM étaient équivalents et meilleurs pour les deux souches. L’utilisation de ces milieux nutritifs permettra d’accélérer la recherche sur la culture de ce champignon. Enfin, cette étude ouvre la voie vers la prochaine étape de la culture de ce matsutake : la synthèse d’ectomycorhizes.

2 - Mycorhization et fructification contrôlée du lactaire délicieux (Lactarius deliciosus) en association symbiotique avec deux espèces de pin (Pinus banksiana, Pinus strobus)
L’importance des champignons dans l’alimentation humaine est en croissance rapide depuis les quarante dernières années. À titre d’exemple, la consommation annuelle de champignons par habitant a presque quintuplé depuis 1997 en passant de 1 kg à près de 5 kg. La plupart des espèces qui présentent un grand intérêt économique en raison de leurs qualités gustatives appartiennent au groupe des champignons ectomycorhiziens comestibles (CEC). L’augmentation de l’intérêt pour les CEC ainsi que la diminution de la disponibilité déjà observée pour plusieurs espèces stimule le développement de techniques de production alternatives à la cueillette en milieu forestier. Les objectifs généraux de ce projet de recherche sont i) d’évaluer la compatibilité entre une souche de lactaire délicieux et deux espèces de pin (Pinus banksiana et Pinus strobus) ii) de mettre sur pied un verger expérimental en milieu naturel afin de monitorer l’évolution du degré de mycorhization des arbres et iii) de mettre au point un itinéraire technique opérationnel qui permet la fructification du lactaire délicieux en conditions contrôlées. Ce projet de recherche constitue une étape essentielle au développement de l’industrie de la production de champignons forestiers en serre, en pépinière ou en vergers à champignons.

3 - Exploring the metagenome of Geosiphon pyriformis - the only known fungus with a photosynthetic endosymbiont
Geosiphon pyriformis is the only Arbuscular mycorrhiza fungi (AMF) (subphylum Glomeromycotina) that forms a unique symbiosis with cyanobacteria Nostoc punctiforme, which survives within a bladder structure that protrudes from the mycelium. Recent studies produced a genome sequence of this fungus and conducted various analyses; however, our knowledge of its metagenome is still lacking. To address this, we used available Illumina sequence data from G. pyriformis to extract sequence information on its endosymbionts. Using a metagenomic approach, which bins reads based on their k-mer frequency, we were able to assemble complete genomes for the Nostoc and Mollicutes/Mycoplasma-related endobacteria present in its bladder, as evidenced by the BUSCO and gene annotations. This work provides a first glimpse into the genome diversity of endosymbionts in early branching AMF.
\\Geosiphon pyriformis est le seul champignon mycorhize arbusculaire (AMF) (sous-embranchement Glomeromycotina) qui forme une symbiose unique avec la cyanobactérie Nostoc punctiforme, qui survit dans une structure de vessie qui dépasse du mycélium. Des études récentes ont produit une séquence du génome de ce champignon et mené diverses analyses; cependant, notre connaissance de son métagénome fait encore défaut. Pour résoudre ce problème, nous avons utilisé les données de séquence Illumina disponibles de G. pyriformis pour extraire des informations de séquence sur ses endosymbiontes. En utilisant une approche métagénomique, que les bacs lisent en fonction de leur fréquence k-mer, nous avons pu assembler des génomes complets pour les endobactéries apparentées à Nostoc et Mollicutes/Mycoplasma présentes dans sa vessie, comme en témoignent les annotations BUSCO et génétiques. Ce travail fournit un premier aperçu de la diversité du génome des endosymbiontes dans l'AMF à ramification précoce.

 

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4 - La collection canadienne des champignons mycorhiziens arbusculaires
Le centre de recherche et développement d'Ottawa (Agriculture et Agroalimentaire Canada) héberge la collection canadienne de champignons mycorhiziens à arbuscules (CCCMA). Environ 70 espèces de CMA sont maintenues en continu en conditions in vivo et in vitro. En plus de préserver une grande diversité de CMA, la CCCMA développe de nouvelles méthodes de cultures, de nouvelles racines transformées par Ri T-DNA et les protocoles de cultures in vivo et in vitro de CMA sont mis à la disposition des mycorrhizologues via le site internet de la collection. Cette affiche a pour objectif de présenter les ressources de la collection canadienne des CMA, ce que la collection peut faire pour vous et ce que vous pouvez faire pour la collection.