Cours intensif en génétique des champignons

Date et lieu

11 au 15 juin 2012
Salle 1324, pavillon Gene-H.-Kruger, Université Laval
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Description

Les champignons jouent des rôles clés dans la dynamique des écosystèmes forestiers à titre de décomposeurs, de symbiotes, d’endophytes ou de pathogènes. Ce nouveau cours thématique du Centre d’étude de la forêt (CEF) offre un panorama des développements récents dans l’étude de la génétique des champignons. Par le biais de conférences et d’ateliers, on y présentera les apports de la génomique, de la transcriptomique, de la métabolomique et de la biologie intégrative à la caractérisation du génome des champignons, à la compréhension des interactions entre les champignons et leur environnement, ainsi qu’à l’étude de la biodiversité fongique.

Présenté selon la formule École d’été, le cours inclura des conférences, des ateliers et des périodes de discussion pendant 5 jours consécutifs. Des spécialistes du Québec, de d’autres provinces canadiennes et de la France offriront la formation. Le cours est financé par le CEF-Laval, par le Conseil franco-québécois de coopération universitaire, ainsi que par le Fonds France Canada pour la Recherche. Le nombre de participants est limité à 20.

Objectifs

• Connaître les traits biologiques et écologiques importants ou uniques chez les champignons.
• Se familiariser avec les méthodes utilisées pour l’analyse du génome chez l’individu, les populations ou les assemblages d’espèces.
• Se familiariser avec les méthodes utilisées pour l’analyse du transcriptome et du métabolome.
• Évaluer l’état des connaissances acquises dans un domaine au choix de l’étudiant.

Clientèle visée

Étudiants de 2e et 3e cycles inscrits dans des programmes en biologie, environnement, microbiologie et sciences forestières dans les universités québécoises.

Inscription

Les étudiants intéressés doivent s’inscrire au cours gradué de l’Université Laval: FOR-7033 (3cr) Génétique des champignons. Pour les étudiants de l'Université Laval l'inscription est possible via Capsule  (NRC du cours: 55423).

Les étudiants des autres universités doivent s’inscrire via le système d’échange de crédits de la CRÉPUQ .

Formateurs

Les personnes suivantes ont confirmé leur participation au cours:

Nom	Titre	Institution
Kostas Aliferis	Chercheur postdoctoral	Département de phytologie, McGill University
Louis Bernier	Professeur	CEF et Département des sciences du bois et de la forêt, Université Laval
Sylvain Brun	Maître de conférence	Laboratoire Génétique et Epigénétique des Champignons, Institut de Génétique et Microbiologie, Université Paris Sud
Ken Dewar	Professeur	Centre d’innovation Génome Québec et McGill University
Will E. Hintz	Professeur	Centre for Forest Biology, University of Victoria
Mohamed Hijri	Professeur	Institut de recherche en biologie végétale (IRBV), Université de Montréal
Suha Jabaji	Professeur	Département de phytologie, McGill University
Christian Landry	Professeur	Institut de biologie intégrative et des systèmes (IBIS), Université Laval
Fabienne Malagnac	Maître de conférence	Laboratoire Génétique et Epigénétique des Champignons, Institut de Génétique et Microbiologie, Université Paris Sud
Yves Piché	Professeur	CEF et Département des sciences du bois et de la forêt, Université Laval
Julien Ponchart	Candidat au doctorat	CEF et Département des sciences du bois et de la forêt, Université Laval
Nicolas Rodrigue	Chercheur	Centre de recherches de l'Est sur les céréales et les oléagineux, Agriculture et agroalimentaire Canada, Ottawa
Philippe Tanguay	Chercheur	Centre de foresterie des Laurentides, Service canadien des forêts

Contenu du cours

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Exposé	Formateur	Documents d'enseignement
1. Accueil et présentation générale du cours	Louis Bernier
2. Biologie des mycètes avec emphase sur les champignons associés aux plantes (lectures)	Yves Piché	PDF
3. De la génétique à la génomique chez les champignons filamenteux	Louis Bernier	PDF
4. Saccharomyces cerevisiae, un modèle pour la biologie intégrative des eucaryotes (lectures)	Christian Landry	PDF
5. Analyse des données de séquençage à haut débit pour l’étude du génome	Ken Dewar
6. Génomique des interactions plante-pathogène (lectures)	Philippe Tanguay
7. Génomique des champignons impliqués dans les symbioses endomycorhiziennes (lectures)	Mohamed Hijri
8. Génomique de la dégradation du complexe lignocellulosique (lectures)	Sylvain Brun	PDF
9. Éléments génétiques cytoplasmiques : ADNmt et mycovirus*	Will Hintz	PDF
10. Épigénétique et régulation de la physiologie fongique (lectures)	Fabienne Malagnac	PDF
11. Métabolomique: principes et applications à l’étude des champignons phytopathogènes* (lectures)	Suha Jabaji & Kostas Aliferis
12. Études phylogénétiques chez les champignons et les oomycètes (lectures)	Nicolas Rodrigue	PDF
13. Études de la biodiversité fongique à l’aide de techniques de pyroséquençage (lectures)	Julien Ponchart	PDF

*présentations en anglais

Formule pédagogique

Le cours se donnera de façon intensive, selon la formule École d’été.

Les activités pédagogiques prévues sont de trois types:

1. La lecture d'articles scientifiques avant le début de l’École d’été. Les textes recommandés par les formateurs seront fournis aux participants dans les semaines précédant le cours.
2. La participation à des cours et ateliers dans la semaine du 11 au 15 juin.
3. La remise d’un travail écrit permettra à l’étudiant de présenter une synthèse de l’état des recherches sur un sujet pertinent. Dans le cas des étudiants à la maîtrise, le travail consistera en une synthèse écrite d’au moins 8 pages (plus une bibliographie) sur l’un des sujets abordés pendant le cours. Les étudiants au doctorat, quant à eux, prépareront une demande de subvention (selon le modèle du CRSNG) sur un sujet de leur choix (à faire valider au préalable par le professeur responsable).

Évaluation sommative

1. Une évaluation du degré de participation de chaque personne contribuera à 30% de la note finale.
2. Le travail écrit contribuera à 70 % de la note finale et devra avoir été remis au plus tard le 17 août 2012.

Lectures obligatoires

Lectures suggérées par Sylvain Brun:

• Martinez D, Berka RM, Henrissat B, et al. (2008) Genome sequencing and analysis of the biomass-degrading fungus Trichoderma reesei (syn. Hypocrea jecorina).  Nature biotechnology. 26(5):553-60.
• Espagne E, Lespinet O, Malagnac F, et al. (2008) The genome sequence of the model ascomycete fungus Podospora anserina.  Genome biology. 9(5):R77.
• Brun S, Malagnac F, Bidard F, Lalucque H, Silar P. (2009) Functions and regulation of the Nox family in the filamentous fungus Podospora anserina: a new role in cellulose degradation.  Molecular microbiology. 74(2):480-96.

Lectures suggérées par Mohamed Hijri:

• Boon E, Zimmerman E, Lang BF, Hijri M. (2010) Intra-isolate genome variation in arbuscular mycorrhizal fungi persists in the transcriptome.  Journal of evolutionary biology. 23(7):1519-27.
• Lang BF, Hijri M. (2009) The complete Glomus intraradices mitochondrial genome sequence--a milestone in mycorrhizal research.  The New phytologist. 183(1):3-6.
• Nadimi M, Beaudet D, Forget L, Hijri M, Lang BF. (2012) Group I intron-mediated trans-splicing in mitochondria of Gigaspora rosea, and a robust phylogenetic affiliation of arbuscular mycorrhizal fungi with Mortierellales.  Molecular biology and evolution. 1-12.

Lectures suggérées par Suha Jabaji & Kostas Aliferis:

• Aliferis K a., Jabaji S. (2010) 1H NMR and GC-MS metabolic fingerprinting of developmental stages of Rhizoctonia solani sclerotia.  Metabolomics. 6(1):96-108.
• Aliferis K a., Jabaji S. (2011) Metabolomics – A robust bioanalytical approach for the discovery of the modes-of-action of pesticides: A review.  Pesticide Biochemistry and Physiology. 100(2):105-117.

Lectures suggérées par Christian Landry:

• Botstein D, Fink GR. (2011) Yeast: an experimental organism for 21st Century biology.  Genetics. 189(3):695-704.
• Replansky T, Koufopanou V, Greig D, Bell G. (2008) Saccharomyces sensu stricto as a model system for evolution and ecology.  Trends in ecology & evolution. 23(9):494-501.

Lectures suggérées par Fabienne Malagnac:

• Silar FP, Malagnac F. (2011) Epigenetics of eukaryotic Microbes.  In: Handbook of epigenetics. The new molecular and medical genetics. Elsevier; 185-201.

Lectures suggérées par Yves Piché:

• Consultez le site de la British Mycological Society  pour vous aiguiller sur les concepts de base en mycologie.

Lectures suggérées par Julien Ponchart:

• Buée M, Reich M, Murat C, et al. (2009) 454 Pyrosequencing analyses of forest soils reveal an unexpectedly high fungal diversity.  The New phytologist. 184(2):449-56.
• Huse SM, Welch DM, Morrison HG, Sogin ML. (2010) Ironing out the wrinkles in the rare biosphere through improved OTU clustering.  Environmental microbiology. 12(7):1889-98.

Lectures suggérées par Nicolas Rodrigue:

• Ebersberger I, de Matos Simoes R, Kupczok A, et al. (2012) A Consistent Phylogenetic Backbone for the Fungi. Molecular biology and evolution.  29(5):1319-1334.
• Yang Z, Rannala B. (2012) Molecular phylogenetics: principles and practice.  Nature Reviews Genetics. 13(May).

Lectures suggérées par Philippe Tanguay:

• Jones JDG, Dangl JL. (2006) The plant immune system.  Nature. 444(7117):323-9.
• Raffaele S, Kamoun S. (2012) Genome evolution in filamentous plant pathogens: why bigger can be better.  Nature Reviews Microbiology. 10(6):417-430.
• Saunders DGO, Win J, Cano LM, et al. (2012) Using hierarchical clustering of secreted protein families to classify and rank candidate effectors of rust fungi.  PloS one. 7(1):e29847.

Photos du cours 2012