Sequencher  - Sequencher 4.7 (2004) est un logiciel d'analyse de séquence d'ADN très complet pour MAC et Windows. Malgré son prix élevé (environ 2500$), Sequencher est puissant et facile à utiliser. Il offre plusieurs options d'édition ainsi que la possibilité d'importer de nombreuses séquences de référence de Genbank . (AG)

MySQL  - Un incontournable pour les gens désirant développer des bases de données à l'aide d'un logiciel OpenSource. Toute la documentation ainsi que les produits téléchargeables se retrouvent sur le site. (DL)

ArcGIS  - ArcGIS 9.3 est la nouvelle génération (Après Arc/INFO et ArcView) du système d'information géographique de ESRI. De loin l'un des package GIS les plus complet sur le marché, ArcGIS a su s'imposer dans les universités et les services gouvernementaux. C'est le logiciel de SIG le plus utilisé dans le monde après MapInfo. ArcGIS vient avec un module de gestion de fichier (ArcCatalog), un module d'édition de carte (ArcMap), un module de geoprocessing (ArcToolBox), un module de visualisation 3D (ArcScene) et un viewer gratuit (ArcReader).

Ses points forts sont:

• Standard de fichier: le format shape (inventé par ESRI) est de loin le format vectoriel d'information géographique le plus utilisé. Le nouveau format geodatabase, qui remplace le format coverage, offre quant lui beaucoup de possibilité d'expression de modélisation.
• Conversion de données: ArcGIS comprend beaucoup d'outils très puissants pour manipuler les objets géographiques.

Ses points faibles sont:

• Pseudo SQL: Contrairement à MapInfo, ArcGIS supporte seulement la partie WHERE du SQL. Il ne permet pas de faire des requètes complexes avec GROUP BY, sur plusieurs tables ou incluant seulement quelques champs.
• Séparation des opérations géométriques de l'interface d'édition: Les outils de géoprocessing ne sont pas très bien intégrés dans l'interface d'édition de carte (ArcMap).
• Son prix; Le module ArcMap se détaille à environ 2000$ et la suite complète (avec les extensions) à environ 20000$.

Pour les étudiants de l'UQAM, l'université possède une license institutionnelle pour la suite ArcGIS. Pour que le programme fonctionne, l'ordinateur (portable ou de bureau) doit être connecté au réseau de l'UQAM. Pour obtenir une license, contactez Luc Lauzon ou Mélanie Desrochers.


Ressources ArcGIS sur le web

• ArcGIS dans Wikipedia 
• Forum ArcGIS  - Le forum oficiel de support pour ArcGIS chez ESRI. Pour poser les questions les plus pointus. (PR)
• Extension Et GeoWizards et Et GeoTools  - Deux extensions partiellement gratuites qui simplifient les conversions des shapefiles de points en lignes, des lignes en polygones, permet le calcul des aires, des périmètres etc. Cette extension permet surtout de sauver beaucoup de temps !!! Attention, il reste que la version gratuite est limitée dans le nombre de données qu'elle peut traiter. (SB)
• Hawths analysis tools  - Cette extension permet de faire des calculs reliés aux localisations animales ainsi que tout le processus de choix d'échantillonnage. Cette extension est gratuite et très utile. Attention elle ne supporte pas les différences de projections, si vous avez plusieurs shapefiles affichés dans des projections différentes vous serez obligés de les convertir afin qu'ils soient tous visibles dans la même. (SB)
• Jenness Enterprises  - Cette compagnie a développé un nombre d'extensions pour ArcView au départ et est en train d'en développer d'autres pour ArcGis. Quasiment toutes ces extensions sont gratuites et non limitées. (SB)
• Xtools Pro  - Cette extension est partiellement gratuite, elle vous donne accès à des fonctionalités que les autres extensions ne vous offrent pas forcément (aller voir sur le site leur liste sous l'onglet Tools). La version d'essai de 30 jours vous donne accès à toutes les fonctionalités, par la suite, certaines restent actives d'autres non. (SB)

DNR Garmin  - Ce petit programme permet de télécharger vos points GPS Garmin vers un shapefile (ArcGIS) ou de uploader des points vers le GPS. Guide d'utilisation DNR Garmin  voir chapitre 9: Transfert de données (MD)

Logiciel pour conversion entre coordonnées géographiques (lat/long) et UTM  - Voici un outil développé par Ressources naturelles Canada (à télécharger ou à utiliser en ligne) qui permet de convertir des coordonnées UTM en coordonnées géographiques (degrés, minutes, secondes ou degrés décimaux) et vice-versa. L'application à télécharger est un peu rébarbative (interface DOS), mais une fois qu'on la connaît un peu, elle fait bien son travail. (Commentaire transmis par L.-D. Aubin-Fournier à MM)

Antidote RX  - Antidote RX (2006), de la firme québecoise Druide informatique, est une mise à jour (69$) de la série Antidote. Ce populaire logiciel de correction de la langue française prend de plus en plus de place sur le marché et ruine la concurrence. À ma connaissance, comme aide textuelle, je ne connais pas meilleur logiciel. Pour un mot en particulier, consultez la liste des synonymes ou antonymes, des locutions, des analogies, des anagrammes ou des mots de même famille. Découvrez ses citations, sa conjugaison complète ou encore l'univers inédit de ses cooccurrences, et appréciez l'interaction intelligente entre tous ces ouvrages. Avec sa richesse incomparable, son interface intuitive et sa vitesse foudroyante, Antidote repousse les limites des dictionnaires du français. Sur Mac, Antidote RX s'installe aussi bien sur les systèmes PowerPC qu'Intel, et sous Windows sur processeurs 64 bits. Attention, Antidote n'est pas à toute épreuve, il faut quand même posséder une base en français. Ne vous attendez pas à ce qu'il réécrive votre texte, mais plutôt à ce qu'il vous fournisse tous les outils pour le rédiger. (AG)


Ressources Antidote sur le web

• Antidote dans Wikipedia 

SAS/STAT  - Ce puissant logiciel est le fruit du SAS Institute . Le produit SAS/STAT se dévoue à l'analyse statistique, bien que plusieurs autres composantes soient disponible dans la gestion des données.

Quelques points forts:

• Grande flexibilité de programmation pour effectuer plusieurs analyses statistiques et opérations matricielles
• Macros disponibles pour effectuer des opérations ou analyses moins conventionnelles
• Plusieurs livres et documents techniques sur l'utilisation du logiciel

Quelques points faibles:

• Pas d'interface graphique
• Nécessite une bonne connaissance du langage SAS
• Le coût élevé à l'achat
• Le coût de la licence annuelle
• Le coût des mises à niveau

(Note: plusieurs universités paient pour une licence annuelle qui leur permet d'offrir SAS gratuitement à leur personnel chercheur et étudiant)


Ressources SAS sur le web

• SAS dans Wikipedia 
• Karl Wuensch's SAS Programs Page  - On peut retrouver plusieurs programmes pratiques sur ce site web d'un professeur de la East Carolina University. (MM)
• Codes SAS tirés de livres SAS  - Ce site fournit plusieurs jeux de données et codes utilisés dans un très grand nombre de livres illustrant l'utilisation du logiciel SAS. Fortement recommandé à quiconque veut reproduire les analyses figurant dans les publications SAS dans le but de mieux comprendre la syntaxe SAS et son application. (MM)
• Codes et trucs SAS de York University  - Vous trouverez ici plusieurs ressources pratiques sur la programmation dans SAS utiles autant pour le débutant que pour les utilisateurs plus avancés. (MM)
• Codes et trucs SAS de UCLA  - Ce site est riche de codes SAS, documents, macros, et conseils pratiques à quiconque désire optimiser son utilisation du logiciel SAS/STAT. (MM)

SPSS  - Avec ce logiciel développé originalement par SPSS Inc.  pour les sciences sociales, l'utilisateur peut effectuer plusieurs analyses conventionnelles à l'aide des menus et sous-menus Windows.

Quelques points forts:

• Logiciel générique facile d'usage et adéquat pour plusieurs problèmes conventionnels
• Bonne interface graphique
• Convivial

Quelques points faibles:

• Limite du types d'analyses possibles avec ce logiciel
• Plusieurs analyses non conventionnelles ne sont pas disponibles
• Faible coût à l'achat, mais coût additionnel pour les mises à niveau

Ressources SPSS sur le web

• SPSS dans Wikipedia 
• SPSS tools  - On peut trouver ici plusieurs ressources, dont un nombre impressionnant de trucs de syntaxe, macros, et scripts pour les utilisateurs de SPSS. (MM)

MARK  - Ce logiciel polyvalent a été développé spécifiquement pour une multitude d'analyses incorporant la probabilité de détection pour des populations ouvertes ou fermées. On peut télécharger gratuitement la plus récente version sur le site. On peut également y consulter plusieurs documents techniques de capture-marquage-recapture.

Quelques points forts:

• MARK est un logiciel assez convivial (avec menus Windows), et on peut l'utiliser à l'aide de menus et sous-menus
• MARK supporte une grande variété de modèles de capture-marquage-recapture
• Utilisation de matrices de design pour plus de flexibilité
• Permet de simuler des données à partir de la valeur des paramètres estimés

Quelques points faibles:

• MARK nécessite énormément de mémoire et il faut donc garder le nombre de fenêtres ouvertes de Windows au minimum, sinon le programme peut devenir instable
• Nécessite une bonne connaissance des modèles de capture-marquage-recapture afin d'éviter des erreurs dans la modélisation
• Nécessite un grand écran lorsqu'on a de très grandes matrices de design

Ressources MARK sur le web

• www.phidot.org  - On y trouve plusieurs ressources dont l'excellent ouvrage "Program MARK: A gentle introduction" qui s'avérera un document indispensable à quiconque désire utiliser le programme MARK. On peut également accéder à un forum de questions d'analyses de marquage-capture-recapture très utile. (MM)

SURVIV  - Ce puissant logiciel, extrêmement polyvalent et précurseur de MARK, est encore utilisé aujourd'hui dans une multitude d'analyses de capture-marquage-recapture. On peut le télécharger gratuitement sur le site.

Quelques points forts:

• Sa grande flexibilité en fait encore un logiciel utilisé aujourd'hui
• Certaines analyses ne peuvent être effectuées qu'avec ce logiciel

Quelques points faibles:

• Environnement DOS et FORTRAN
• Nécessite une très bonne connaissance de programmation et de la théorie derrière les modèles de capture-marquage-recapture
• À déconseiller aux néophytes

Canoco  - CANOCO (pour CANOnical Community Ordination) est un logiciel spécialisé en analyses exploratoires multivariées telles que les analyses de correspondances (simples, partielles, detendancées, canoniques), les analyses en composantes principales et les analyses de redondances. Il vient avec un module appelé Canodraw qui prend en charge la présentation visuelle des résultats (ordinations).

Les utilisateurs intéressés devraient prendre note que les versions antérieures à la version 4.5 ne sont pas très flexibles avec l'importation de données d'autres logiciels et la présentation visuelle avec Canodraw est très limitée.

Marti Jane Anderson  a créé un ensemble de gratuiciels pour les statistiques multivariées fonctionnants sur Windows et Mac. Chaque programme permet d'effectuer des tests de permutation -- pour l'analyse canonique des coordonnées principales (programme CAP, qui fait aussi des correlations canoniques et des analyses de fonctions discriminantes canoniques ou Canonical Discriminant Function Analyses), pour MANOVA (programmes PERMANOVA et DISTLM), MANCOVA (programme DISTLM), et des regressions multiples multivariées (DISTLM et DISTLM_forward, le dernier étant pour les régressions "stepwise"). XMATRIX vous permet de construire la matrice de design pour l'ensemble des ANOVA ou des modèles de regression, en plus des matrices pour des tests spécifiques d'effet principal, d'interactions et de contrastes -- Je préfère toutefois les créer moi-même en texte dans EXCEL.

Lorsque vous calculez des indices de similarité dans des échantillons, vous pouvez soit choisir parmi un large éventail d'indices ou utiliser les distances euclidiennes. Les programmes sont idéalement utilisés avec des jeux de données qui contiennent plusieurs variables mais avec peu de rangées (Marti a aussi inclus le programme PCO, un programme basé sur les permutations et qui permet d'obtenir une solution en coordonnées principales) et pour les jeux de données qui ont peu de chance de se conformer à la supposition de normalité multivariée ou univariée et d'homogénéité de la variance parmi les traitements. En rapport avec la dernière supposition, elle a aussi écrit deux programmes pour évaluer l'homoscédasticité multivariée (PERMDISP et PERMDISP2 - extensions multivariées du test de Levene). (BP)