Fonctions R

Cette page a pour objectif de rassembler tous les fichiers de fonctions R écrit pour les besoins spécifiques du CEF.

Chaque fichier de fonction peut être chargé dans R en tapant:

Où NomDeLaFonction.R doit être remplacé par le nom de la fonction décrit ci-bas. Il faut ensuite exécuter une des fonctions du fichier comme pour toute autre fonction R.

Vous pouvez télécharger le logiciel R à l'adresse suivante: http://cran.r-project.org/bin/windows/base/ 

FQA_Merge.r

Ce fichier a été écrit pour simplifier la fusion des résultats obtenus avec l'appareil Fiber Quality Analyser utilisé au Pavillon Marchand de l'Université Laval.

 source("http://www.cef-cfr.ca/uploads/Support/FQA_Merge.r")

Généralités
La fonction assume que les fichiers de résultats sont nommés comme le fichier suivant: PO63L0503B43.txt

Les caractères:

• 1 à 4 correspondent au no. d'échantillonnage sur le SLIM (PO63)
• 5 à 7 correspondent au traitement (L05, L06, L08, L15, L17, L26 pour les lignées clonales et TEM pour témoin)
• 8 à 9 correspondent au no. de réplicat (01, 02 ou 03 pour les lignées et 01 à 06 pour les témoins)
• 10 correspond au tissus (B pour branche et P pour pétiole)
• 11 à 12 correspond au no d'entre-noeud (06, 21, et 43)

Les fichiers doivent tous être mis dans un dossier et le nom de ce dossier est passé à la fonction comme premier paramètre.

Il est possible que le processus s'interrompe avec le message suivant:

 Error in scan(file, what, nmax, sep, dec, quote, skip, nlines, na.strings,  : 
        line 2513 did not have 6 elements

Ceci signifie que le fichier source en cours de traitement contient une colonne superflue 16 lignes sous la ligne indiquée. Éditez ce fichier pour enlever la colonne (ou la ligne) fautive et réexecutez la commande. Prenez soin d'enlever la tabulation qui accompagne la colonne. Utilisez un éditeur de texte tel que TextPad  pour éditer les données.

mergeFiles(folderIn, fileNameOut="c:/temp/FQA_merge.csv")

Description
Fusionne ensemble les fichiers contenus dans le dossier folderIn. Les résultats sont écrits dans un fichier CSV (FQA_merge.csv par défaut). Des colonnes spécifiant le type de tissus, le numéro de traitement, le numéro de réplicat et le numéro d'entre-noeud sont ajoutées au fichier résultant. Exemple de fichier résultant:

 Tissue;Treatment;Replicate;InterNodePosition;Length;Curl;KinkIndex;NumberofKink;TotalKinkAngle;Width
 "B";5;1;6;0.437;0.01;0;0;0;25
 "B";5;1;6;0.209;0.03;0;0;0;13
 "B";5;1;6;0.467;0.02;0;0;0;26
 "B";5;1;6;0.113;0;0;0;0;0
 "B";5;1;21;0.328;0.01;0;0;0;13
 "B";5;1;21;0.371;0.02;0;0;0;25
 ...

Notez que seul les chiffres des codes de traitement sont copiés dans le fichier résultant et que "TEM" est remplacé par "01".

Paramètres

Exemple

 mergeFiles("c:/temp/fichiersafusionner", "c:/temp/resultat.csv")

mergeByTissus(folderIn, folderOut="c:/temp")

Description
Fusionne ensemble les fichiers contenus dans le dossier folderIn et ayant le même type de tissus. Les résultats sont écrits dans plusieurs fichiers CSV (r.cvs, b.csv) dans le dossier folderOut.

Paramètres

Exemple

 mergeByTissus("c:/temp/fichiersafusionner", "c:/temp/resultat")